根據勞委會統計資料顯示，勞基法第24條雇主給付延長工時工資(加班費)、第32條每日及每月延長工時上限及第30條第5項雇主應備置出勤紀錄逐日記載勞工出勤狀等條文是雇主最常違反的規定，雇主如果積欠數個勞工加班費或使數個勞工加班時數違反法定上限規定，主管機關應該處罰雇主一次或數次才適當。依據行政罰法第25條之規定，主管機關對於雇主「一個」違反勞基法的行為，僅能處罰一次，如果雇主有「數個」違反勞基法的行為，主管機關即可對各個違法行為分別處罰。

如何認定雇主違反「一個」或「數個」勞基法的行為，必須就具體個案，依據行為人主觀的違章之意、構成要件之實現、受侵害法益及所侵害之法律效果，斟酌被違反行政法上義務條文之文義等意義、期待可能性與社會通念等因素綜合判斷決定之(最高行政法院101年度判字第588號判決)，此外應考量勞動基準法保障個別勞工權益之立法目的，就個案具體事實判斷，於符合比例原則下裁處。如定有期間者，徵諸其立法原意，對於雇主違法之行為，依其法定作為義務之期間屆滿時，即屬違反一個行政法上義務之行為；事業單位連續2個月均違反勞動基準法第32條第2項有關一個月延長工時上限之規定，因其違反法定作為義務之期間不同，故分屬不同行為(勞委會102年勞動2字第1020131923號)。

雇主如果使勞工連續二個月加班時數超過勞基法第32條第2項上限之規定，可被認為是二個違法行為，主管機關可分別處罰。如果雇主積欠不同勞工相同月份的加班費，因為雇主積欠個別勞工加班費的事實應該認為是一個違法行為，積欠不同勞工加班費應該是不同的違法行為，主管機關可以分別處罰(勞委會102年勞訴字第1010030683號訴願決定)，不過實務上許多地方主管機關，並非採取分別處罰的方式，而是依據各自所訂定之裁量基準於法定額度內裁處罰鍰金額，此種情形其實較有利於雇主。