許多企業為管控員工加班所增加的人事成本費用，會於勞動契約、工作規則或相關辦法中明定員工加班僅能補休而不能請求加班費；另外也有企業會要求員工申請加班時應於差勤填報資訊系統選擇補休或請求加班費。上述方式其實牽涉到勞基法加班給予的規定可否變更的問題。

勞基法第24條規定，勞工延長工時(加班)雇主應該給付延長工時工資(加班費)的標準，條文中沒任何有關補休的規定，因此有認為，勞基法僅允許給加班費，而不允許補休。在此種前提下，勞僱雙方如果在加班前就約定給補休，該約定即違反勞基法第24條之規定，依民法第71條之規定，應屬無效。另外勞委會100年10月20日勞動2字第1000088319號函釋，勞工於延長工時「後」，可以選擇補休而放棄延長工時工資請求權。勞委會特別在後字加「」號，應該是認為不能在延長工時「前」選擇補休。因為就是不能事前約定，所以才退而求其次認為，勞工在延長工時「後」，因為已經取得加班費的請求權，從而有權利放棄該請求權，另外和雇主約定補休。不過該函釋卻另說明：「事業單位如係於『當次』指派勞工延長工作時，允許由勞工先行選擇延長工作時間後，領取延長工作時間工資或換取補休者，尚不違反前開規定」；換言之，勞委會認為前述的情形並不違反勞基法第24條之規定。如果依勞委會的說法，是否表示勞工事先填報資訊系統選擇補休，就不能改要求雇主給延長工時工資（加班費）。如果認為這是一種勞資雙方在加班前有效的約定，勞工亦受拘束不能改要求加班費，似乎與函文第一段所揭示的原則不符；如果認為這僅是一種事前的諮詢以方便雇主後續補休或給加班費的給予，當然不會有抵觸勞基法第24條規定的問題，因此還是回歸到函文第一段的原則，雇主在勞工加班後，取得勞工的同意，才可主張給補休而非給加班費。不知道勞委會有無意識到其中的差別。該函文第二段會容許這樣的情況，其實也是因為實務上事業單位大都是要求勞工事先選擇加班費或換補休，牽就實務的狀況。而其結果就是函釋間會產生矛盾。

法院實務見解有認為企業於工作規則規定加班只能補補休，既可讓勞工於加班後達到身心休息目的，於員工並無不利之情形，亦未低於勞動基準法所規定之最低勞動條件，且經兩造合意約定，自無違反勞工法令或兩造間勞動契約(台灣高等法院95年度勞上易字第82號判決、臺北地方法院民事判決97年度勞訴字第65號)，但也有直接表明補休對勞工較不利(臺灣桃園地方法院民事判決96年度勞訴字第26號)。

從勞基法第24條的文義以及工資作為勞工維持其生活的主要來源來看，似乎不能事先約定補休說法較可採，但勞動契約、工作規則或相關辦法即便被認為違反勞基法第24條規定而無效，並非表示主管機關可以直接處罰雇主，因為勞基法第24條係賦予雇主給付加班費的義務，必需企業確實有不給付加班費的情形，主管機關才可以處罰，或許是這樣，勞委會才會認為加班時讓勞工選擇補休或加班費並無不妥（如果只約定給補休，應該直接認為抵觸勞基法第24條之規定）。