雇主以扣薪作為勞工遲到的處罰方式的適法性，行政機關認為，工資應該按工時的比例給予，也就是勞工工作8小時，雇主就應該按8小時的比例給工資，所以勞工如果遲到9分鐘，雇主只能扣勞工按9分鐘計算的工資，而行政機關引用作為處罰的條文，是勞動基準法第22條第2項，工資應全額直接給付勞工之規定，換言之，遲到扣薪如果未按缺勤時間扣錢，而有多扣的情況，行政機關是會處罰。

員工遲到的行為其實就是一種債務不履行的態樣，因為勞工並未依勞動契約按時的提供勞務，因此雇主如有損害，可以依民法債務不履行的規定，要求勞工負擔損害賠償的責任，也有人直接援引「no work no pay」的法理認為，勞工未提供勞務，雇主本來就不必給付工資給勞工，所以員工遲到，雇主扣除按遲到時間比例計算的工資，在法律上是許可的。但是如果雇主扣的薪水，比按遲到時間比例計算的還多時，則必需要考慮的情況就不一樣。

如上述，員工遲到既然是一種債務不履行的態樣，其實雇主也可以依據民法的規定，和勞工約定違約金，則勞工因為遲到所被扣的薪資，其性質就成為違約金，因此要考慮的反而是，違約金約定的金額是否過高而不相當，比如遲到1分鐘扣半天的薪水，這樣的違約金金額即不相當，如果在約定不相當的情況下，法院有權去酌減違約金。

另一方面，如果從雇主對勞工懲戒權的角度來看，對於懲戒權的性質多數學說及法院見解也認為，雇主的懲戒權是來自於契約所賦予，因此懲戒的規定必須在勞動契約或工作規則中有明定，才會對勞工產生拘束的效力，不過對於某些對勞工影響重大的懲戒方式，必須有勞工明確的同意或是在勞動契約中明定，才會發生效力，減薪是一種懲戒的方式，並且對勞工權益影響重大，因此以減薪做為懲戒方式，必須勞工同意或是勞動契約中明定，當然懲戒的規定也必須要符合比例原則，所以雇主如果將扣薪做為懲戒勞工遲到的一種方式，只要懲戒的方式經過勞工同意或是在勞動契約中明定，並且懲戒的內容符合比例原則，適當對勞工遲到行為扣薪，並無不可。