諾曼人建立的白塔

倫敦塔曾被當作堡壘，皇宮，和監獄。其中曾有皇家造幣局，天文台，和皇家動物園。它曾是軍火庫，也是皇室珠寶的保險庫。她和其他皇宮一樣隸屬皇家，所以有皇家警衛。警衛有個綽號叫「吃牛肉的」，因為直到十九世紀初他們一部分薪水是用牛肉支付的。倫敦塔現有十二名皇家警衛，除了守衛任務，平時也兼解說員。

直到詹姆士一世，它是國王和皇后的宮殿。每一個國王在加冕前必須住在倫敦塔，從此處乘馬車遊行，經過倫敦市區，到西敏寺接受加冕。

1554年瑪莉一世在「白塔」內的聖約翰小教堂嫁給西班牙的菲力國王，真正的婚禮則是四個月後在溫徹斯特大教堂舉行。小教堂曾是王室的禮拜堂，Knights of the Bath 騎士勳章授階前夕也必須停留於此。

倫敦塔監獄關過王公貴族，包括伊麗莎白一世。那是她姊姊瑪莉一世在位時，女王決定下嫁哈布斯堡大公爵（後來的西班牙國王菲力二世），引起新教徒的動亂（瑪莉和菲力二世是天主教徒）。叛軍最終被擊潰，首腦在塔丘被處決。伊麗莎白有共謀叛亂的嫌疑，被送到倫敦塔。她是經水路來的，從習稱「叛國者門」的水門進入。

起先她拒絕上岸，宣稱自己無罪。她說：「我不是以一個叛徒身分來的，我和任何人一樣，不過是女王陛下的一個忠實子民。」（”I come in no traitor but as true a woman to the Queen’s Majesty as any is now living."）。她被關在「鐘樓」，每天可以出來活動，但除醫生以外不能有其他訪客，也不准有書籍。她被審問了兩個月，但沒有認罪，之後被送到烏斯塔（Woodstock）。

1558 年瑪莉一世無子而亡，伊莉莎白成了合法的繼承人，並回到倫敦塔。這次她從皇家專用的階梯上岸，短暫停留幾天準備登基。在1559 年1 月15日加冕後，她再也沒有回到這個傷心地。此處不只她被關過，她的母親安．保琳也在塔內被處決。另一方面亨利八世在倫敦蓋了別的皇宮，皇家不需要再住在倫敦塔了，每個國王只有在登基前夕回到這裡準備。

（伊莉莎白就位後，菲力二世也向她求婚，被拒絕了。菲力國王惱羞成怒，派了西班牙的「無敵艦隊」攻打英國，但被打敗，也從此失去了海上霸權。這就是去年的電影《伊莉莎白一世》演的那一段，但電影增添了一些可能不是史實的情節）。

倫敦塔處決犯人的最早紀錄是1388 年，最早設立長久性的斷頭台是1465年愛德華六世在位時。大多數犯人在塔外稱為「塔丘」（Tower Hill）的地方被公開處決，在塔內處決的是皇室成員，並不公開。從亨利八世和天主教鬧翻到他去世後的幾十年間，在塔丘上被處決的包含許多當時的貴族菁英，例如湯瑪斯摩爾爵士（這一段曾拍成電影《A Man for All Seasons》）。