貳、撤銷改判部分：
（一）關於國務機要費部分
　　1.如附表2-17所示各項，或與總統執行職務非全然無關，或依卷存證據無法逕認為私人支出，或未經檢察官提起公訴，且行為日在95年7 月1 日刑法修正施行之後，與本院認定附表2-1 、2-2 所示之挪為私用行為，無連續犯之裁判上一罪關係，本院無從併為審究，原審判決就被告陳水扁、吳淑珍、馬永成（或林德訓）、陳鎮慧對於附表2-17各項支出亦有挪為私用，與事實不符。
　　2.被告陳水扁、吳淑珍、陳鎮慧、馬永成、林德訓等人雖推由被告陳鎮慧將領據條領之國務機要費剩餘款或部分金額搬至玉山官邸交付被告吳淑珍，又以不實犒賞清冊（此部分無被告林德訓）、他人發票報領出國務機要費交付吳淑珍（如附表2-9 所示），然嗣均經被告陳水扁使用於機密事項支出，而不具為自己或他人不法所有之主觀犯意，原審判決認該部分係犯貪污治罪條例第4 條第1 項第1 款之侵占公有財物罪、第5 條第1 項第2 款之利用職務上之機會，詐取財物罪，均有未符。(其餘詳判決摘要)
（二）關於收受陳敏薰賄賂部分
1.被告吳淑珍所為貪污、洗錢二罪，應分論併罰，原審論以牽連關係，亦有未洽。
（三）關於南港展覽館部分
1.依貪污治罪條例第11條第4 項後段，犯行賄罪在偵查或審判中自白者，應減輕或免除其刑。被告蔡銘哲、郭銓慶就南港展覽館部分之行賄行為，均於偵查及原審自白，已如前述，原審判決皆漏未依上開規定減輕其刑。
　　2.符合證人保護法第14條第1 項規定者，應減輕或免除其刑。查被告蔡銘哲、郭銓慶於偵查中供述南港展覽館部分行賂及相關洗錢部分等重要關係待證事項，均經檢察官同意適用證人保護法，如前所述，原審判決皆漏未依上開規定遞減其刑。
（四）其餘關於洗錢部分
　　1.如附表2-9 所示由被告陳鎮慧搬至玉山官邸送交被告吳淑珍之條領國務機要費款項、以不實犒賞清冊、私人消費發票領得之單據報領國務機要費款項等，均非重大犯罪所得財物，詳如後述，原審判決認被告陳水扁、吳淑珍、陳鎮慧、蔡銘哲、郭銓慶、陳致中所為就該等款項匯轉之行為，分別構成洗錢犯行，並非適法。
　　2.被告陳致中、黃睿靚2 人與被告陳水扁、吳淑珍間，具有直系血親或同財共居親屬之關係，其等為被告陳水扁（僅龍潭工業區土地部分）、吳淑珍重大犯罪所得財物所為洗錢行為，原審判決俱未依洗錢防制法第12條減輕其刑，尚有未洽。
3.刑法第74條規定宣告緩刑所附之條件，應以行為人顯有履行可能者為限，始符宣告緩刑以啟自新之意旨，被告黃睿靚所涉洗錢犯行之犯罪所得，業經宣告沒收，原審判決未斟酌其資力狀況，命其向公庫支付新臺幣2 億元，難認合乎比例原則。

參、科刑部分
一、科刑及其理由
（一）被告陳水扁、吳淑珍部分
審酌被告陳水扁曾任律師、立法委員，並擔任中華民國第10、11任總統，位高權重，本應為民表率、廉潔自持，並應敦促其家人、親信嚴守公、私之份際，避免以權牟利，以私害公，辱壞官箴，導致社會價值觀及行為觀紊亂，竟對於所專屬並有善用之責之國務機要經費，放任家人公款私用，復藉諸國家經濟科技發展、公股投資民營機構職位，以金錢交易牟利私囊，致主管機關浪費公款以解決私人廠商財務問題、財政部長戒慎恐懼安排私人職位，復將不法所得款項由其家人以繁複手段洗至國外，以圖切斷資金來源及其犯罪所得之性質，逃避追訴、處罰，知法犯法，有違法律人之良知，及背棄人民之託付與期待。另被告吳淑珍曾因意外受有身體上之殘疾，固甚可憫，然其曾任立法委員，當知國家公帑分毫，均源自人民血汗，卻於被告陳水扁獲選擔任總統後，以總統夫人之尊，非但不能力求清廉，謹守份際，反納公為私，公款家用，且藉權勢地位，獲取鉅額私利，又利用金融工具反覆匯洗，意圖掩飾、隱匿，致使檢察機關查緝之困難。被告陳水扁、吳淑珍2 人於95年間總統府國務機要費使用發生爭議後，不知以民意為圭臬，反省自躬，竟對昔日部屬，強施壓力以勾串證據，企圖掩飾犯行，甚屬非是；以及被告陳水扁、吳淑珍2 人行止對司法信譽破壞至深，暨其2 人之素行、生活狀況、智識程度、不法所得、犯罪手段、犯後態度、其等資力、就龍潭工業區土地部分貪污犯罪所得美金1198萬元，已超過貪污治罪條例第5 條第1 項第3 款規定之罰金最多額新臺幣6000萬元，得依刑法第58條規定，就其等所犯龍潭工業區土地部分之罰金刑酌量加重等一切情況，分別科刑如主文第2 項、第3 項所示之刑及減得之刑。
（二）被告馬永成、林德訓部分
　　　審酌被告馬永成、林德訓均為被告陳水扁之重要幕僚，長久跟隨被告陳水扁競選、擔任公職，深獲被告陳水扁之信任，其2 人分具臺灣大學政治系、政治研究所之高學歷，領用國家高薪俸祿，本應遵守法律、奉公守法，卻囿於私誼，惑於官位、權勢，對於國家經費未能善加把關，聽從被告陳水扁、吳淑珍之指示，任由被告陳水扁、吳淑珍及其家人，將國務機要費挪為私人用途，破壞國家體制，更為被告陳水扁、吳淑珍2 人拒絕外部審計、司法偵查，以掩飾本案犯罪，實有非是；惟其2 人並無前科，素行良好，本案遭侵占之國務機要費，均為被告陳水扁、吳淑珍及其2 人家人所私用，被告馬永成、林德訓2 人並未因此有何實際所得，及其2 人生活狀況、犯罪之手段、犯後態度等一切情況，分別量處
（三）被告陳鎮慧部分
　　　審酌被告陳鎮慧長久受僱於被告陳水扁、吳淑珍，得渠等信任，始能進入總統府服務，因而配合被告陳水扁、吳淑珍之指示而為前揭貪污、偽造文書等犯行，另斟酌被告陳鎮慧迭於偵查、審理時，盡其所知將製作之支出明細表及收支總表內容予以交代，有助釐清本案始末，使關於國務機要費之重大貪污行為得以呈現，復使被告陳水扁、吳淑珍、馬永成及林德訓等人所為之犯罪得以明朗，並受司法之訴追；又被告陳鎮慧參與本件犯行，係礙於長官即被告陳水扁之總統權力、總統夫人即被告吳淑珍及總統辦公室前後任主任即被告馬永成、林德訓之指示，而單純完成工作上之任務，其行止雖不足取，但本案遭侵占之國務機要費，均為被告陳水扁、吳淑珍及其家人所私用，被告陳鎮慧並未因此而有任何實際獲利或不法所得，另審酌被告陳鎮慧之犯罪動機、情節、涉犯行為之危害程度，及其坦白承認之犯罪後態度，暨檢察官當庭關於量刑之意見，就其所犯有關貪污治罪條例相關罪名部分，均依證人保護人法第14條第1 項之規定，諭知免除其刑。至於其所犯偽造文書罪部分，諭知緩刑。
（四）被告蔡銘哲部分
　　　審酌被告蔡銘哲以被告吳淑珍助理自居，以破壞官箴之手段，視國家政策及工程為私人生財工具，從中獲利，惡行非輕，本應處以重刑，惟念及其於偵查中即已坦承所為，於原審及本院審理時亦自白不諱，並繳回其個人犯罪所得，及其犯罪所生之危害等一切情狀，並諭知緩刑及向公庫支付一定之金額。
（五）被告李界木部分
　　　審酌被告李界木身為科管局局長，執掌科學工業園區設置、用地徵購與編定、廠商入區投資引進、投資申請評估、審查、廠商建廠規劃及各項園區行政業務管理等事項，至關國家經濟發展，原應就上開事項敬謹從事，妥慎評估；其竟曲從上命，為解決私人廠商財務困境，利用裁量權限，使各共犯獲取鉅額賄款，辱及官箴，亦有負其專業智識及國家所託；惟念及其於偵查及原審審理中已坦承收賄，並繳回其個人部分之犯罪所得，於本院審理中復為全部認罪之表示等一切情狀，並諭知緩刑及向公庫支付一定之金額。
（六）被告郭銓慶部分
　　　審酌被告郭銓慶為營造公司負責人，對於工程案件本應公開競標，卻不思正途，利用被告蔡銘哲與被告吳淑珍認識之機會，以行賄手段標獲工程，有損社會風氣，且明知為他人不法所得財物，仍共同參與洗錢，有礙真實發現，均有非是；惟念及被告郭銓慶於偵查中就行賄及洗錢等與案情重要相關之待證事項及攸關同案被告吳淑珍、余政憲、蔡銘哲等其他共犯之犯罪事證均為明確之供述外，復主動提交借供被告吳淑珍使用之郭淑珍瑞龍銀行及摩根史坦利銀行等國外帳戶明細資料，使檢察官能迅速掌握海外洗錢全貌，並查出南港展覽館、龍潭工業區土地等部分相關被告之收受、交付賄賂犯罪情節與事證，對追訴及審判各該部分被告陳水扁、吳淑珍、蔡銘哲、共犯余政憲等人之犯行，助益匪淺；被告郭銓慶復能認罪悔過，於原審審理中主動捐款新臺幣3000萬元予公益團體，有其所提出之匯款申請書影本可憑，足見悛悔，本院審酌其犯罪動機、情節，及其犯行之危害程度，與其犯罪後之態度，暨檢察官於起訴書及上訴意旨書關於量刑部分均請求予以免刑等意見，就其所犯洗錢、貪污等罪名，均依證人保護人法第14條第1 項之規定，諭知免除其刑。
（七）被告陳致中部分
　　　審酌被告陳致中為被告陳水扁、吳淑珍之子，受有高等教育，以其智識程度，明知其所獲取之財富乃係被告陳水扁、吳淑珍憑藉總統職位所獲取之不法所得，竟為協助父母切斷該等重大犯罪所得財物之資金性質及來源，透過繁複之手段以跨國掛名公司設立海外帳戶，層層挪移，圖為掩飾，並為收受、寄藏，涉入非淺；然其於原審及本院審理中，均坦承犯罪，念其並無前科，素行尚佳，及其生活狀況、所生之損害，及犯罪後態度尚稱良好，並審酌其資力，及犯罪所得之利益美金859 萬1850.11 元，已超過洗錢防制法第11條第2 項規定之罰金最多額新臺幣500 萬元，得依刑法第58條規定就罰金刑部分酌量加重等一切情況而科刑。
（八）被告黃睿靚部分
　　　審酌被告黃睿靚為被告陳水扁、吳淑珍之媳，以其智識程度，已堪認知其所從事洗錢之財物乃係被告陳水扁、吳淑珍憑藉總統職位所獲取之不法所得，竟囿於人媳，處處配合，掩飾、收受、寄藏重大犯罪所得財物，妨礙重大犯罪之追查或處罰，有所不當；惟其於原審及本院審理中，已坦承犯罪，念及其尚有家庭需要照顧，且其犯罪之手段、參與之程度，及犯罪後態度、尚稱良好，並審酌其資力，及犯罪所得之利益美金859 萬1850.11 元，已超過洗錢防制法第11條第2 項規定之罰金最多額新臺幣500 萬元，得依刑法第58條規定就罰金刑部分酌量加重等一切情況，並諭知緩刑及向公庫支付一定之金額。
二、緩刑之宣告
　　又查，被告陳鎮慧、蔡銘哲、李界木、黃睿靚4 人，前均未曾受有期徒刑以上刑之宣告，分別有本院被告前案紀錄表附卷可稽，且：（一）被告陳鎮慧因擔任代為請款之行政工作而涉上開偽造文書之罪，犯後坦承犯行，深知悔悟；（二）被告蔡銘哲雖為謀己私利，穿針引線，致犯本罪，惟犯後坦承犯行，供述攸關共犯之犯罪事證，使偵查機關得以迅速掌握海外洗錢全貌，顯見其深知悔悟；（三）被告李界木於推動政府以先租後購方式將龍潭工業區土地納入科學園區之際，已知相關廠商將於事成後支付對價，僅因認其當時本身無收受賄款之意，即未周顧官箴，致涉本罪，犯罪後已坦承所為，且交代前述在官邸向被告吳淑珍、陳水扁報告龍潭工業區土地以先租後購方式納為科學園區之困難、在總統府參加相關會議等情，有助案情釐清，經檢察官於後案起訴書載明因其供述，因而查獲被告陳水扁、吳淑珍等犯行，請求減輕或免除其刑等情，及被告李界木年事已高，亦自動繳付其本身分得之犯罪所得，應已知所悔悟。（四）被告黃睿靚惑於親情，致犯本罪，犯後已坦承犯行，承諾願為公益奉獻，應已深知悔悟。綜上，本院認被告陳鎮慧、蔡銘哲、李界木、黃睿靚4 人經此次偵、審及科刑之教訓後，均當知所警惕，而無再犯之虞，因認被告陳鎮慧偽造文書罪部分所受宣告之刑、被告蔡銘哲、李界木、黃睿靚3 人所受宣告之刑，皆以暫不執行為適當，爰分別依刑法第74條第1 項第1 款之規定，併予宣告被告陳鎮慧偽造文書罪部分緩刑2 年，被告蔡銘哲緩刑3 年、被告李界木緩刑5 年、被告黃睿靚緩刑4 年，以啟自新，另依該條第2 項第4 款之規定，審酌被告蔡銘哲、李界木、黃睿靚3 人資力，命被告蔡銘哲、李界木2 人各向公庫支付新臺幣300 萬元、被告黃睿靚向公庫支付新臺幣1000萬元。