村民自治作為國家基層民主制度的一部分，在將要實行的新農村建設中起著重要作用，對其法理依據的探討也就顯得必要。

　　村民自治的法理依據是《村民委員會組織法》，《村民委員會組織法》的依據是憲法，「根據憲法，制定本法」。問題是憲法中存在兩個條款，而這兩個條款卻是在實質上是對立的。憲法的第一百一十一條的村委會條款和第三十五條的結社自由條款（？原來中國憲法真的有ㄟ 好悲哀啊 徒有表面文章 難怪啦 對中國而言 文章乃經國大事！），依據的是憲法的哪一條，也就是說村民自治的法理依據是結社自由權利還是村委會條款。村委會條款處在憲法第三章國家機構第五節地方各級人民代表大會和地方各級人民政府中，很明顯當初立法的初衷就是要把村委會作為國家機關的延伸，國家權力的延伸和國家控制的一個基層設置。村民自治也就是以國家為主導，國家施恩於民眾，村民必須自治，背後是國家的強制力。村民自治的改革動力源在國家，而不在於村民本身，村民的權利獲得相對於村民而言，是外源性獲得，而非內生性，具有被動性。結社自由條款處在憲法第二章公民的基本權利和義務，屬於公民的基本權利。所謂基本權利就是作為公民本身應該享有的最基礎性的權利，其存在本身就是合理，不需要任何其他的外在證明。結社自由作為基本權利也就是對其規定怎樣行使就可以構成對其權利的限制，也就背離了憲法精神、原則和條文本身。誠如諾貝爾經濟學獎得主阿馬蒂亞·森所言「政治自由和公民權利與避免經濟災難的自由之間的聯繫，這一聯繫的最基本的證據可以來自以下事實，饑荒不在一個民主國家中發生。」「對於民主提供的保障，當一個國家非常幸運地沒有面臨嚴重災難時，當萬事順利時，不大會被想起。但是，由於經濟或其他境況的變化，或者由於來糾正的政策錯誤，喪失這種保障的危險可能就隱藏在看起來是升平的情況後。」

　　憲法的矛盾條款的理論依據是對公民權利行使的恐懼，還有對公民素質的偏見和對政府權力危害的缺乏必要的認識，此源於公民素質現狀與政府權力的危害的片面理解。村民素質的確需要提高需要鍛煉，在行使民主權利時可能會出現一些問題，因而有人就以此為藉口來幫助村民行使權利，而且憲法的村委會條款的制定和村委會組織法的制定都是要保障權利的正確行使。然而問題在於這種思維忽略政府權力的危害，而後者恰恰是最嚴重的問題，不給公民權力或者由政府來代替村民行使權利實質是以油撲火，最終是政府的負面作用最大化。「最壞的自然狀態將會比最壞的國家更可取。」政府權力對公民權利的侵犯的可能性和危害性都沒有減輕的保證下，政府權力的擴大不僅沒有法律的限制反而得到法律正式的授權或者含蓄的默許，結果可以預見。在中國傳統就是政府權力過大，而民眾權利難以得到保障，法律不用權利來制約權力，而是規定在權力的指導下來行使權利，權利可能就成了空中樓閣。基本的人權是「人們僅憑其作為人就享有這些權利，而不論其在國籍、宗教、性別、社會身份、職業、財富、財產或其他任何種族、文化或社會特性方面的差異。」具體說來，「我們稱之為基本的那些憲法權利，如言論自由的權利，應該是在強硬的意義上反對政府的權利。這正是我們的法律制度尊重公民基本權利的可炫耀之處。如果公民享有言論自由的道德權利，那麼，政府如果取消保障言論自由的美國憲法第一修正案，即使它深信如果剝奪言論自由大多數人的境況可能會更好些，它的這種做法也是錯誤的。」基本的權利和自由必須完全的給與不能有任何形式的截流。政府完全是過慮了，「公眾參與未必就意味著公眾控制政府。」因參與本身就具有其巨大的價值，政府不必為此設置不必要的條條框框。「離開了基本人權這一基石，民主將無安頓處，而成為毫無意義和內容的空殼。」中國的現實不是對人權的過度維護，恰恰是對政府權力的放縱，政府權力基本上已經滲透到每個領域。

　　村委會就其本質來說屬於非政府的民間社團組織，其性質是村民自治的實施機構，特點是在政府的主導下生存和發展，獨立性和附屬性同等明顯，那民間組織的生存環境也顯示著村委會的處境。「從東升村民間組織產生和存在的法律環境來看，中國農村民間組織的合法性目前主要來自上級黨政領導機關的黨規定，而不是公開公佈的法律。」「民間組織的發展，存在著來自政府與民間兩個方面的動力。無論是社團組織，還是非營利的市場仲介組織，他們的產生與生存絕大部分來自於政府的職能分化與組織分化，特別是那些成立之初就能對社會發揮巨大影響力的社團組織和市場仲介組織。」「民間組織與政府關係密切，具有明顯的官民兩重性。」「中國的公民社會是一種典型的政府主導型的公民社會，具有明顯的官民雙重性，中國民間組織絕大多數是由政府創建，並受政府的主導，尤其是那些經過合法登記的有重要影響的民間組織，……。政府對重要民間組織的主導始終是中國公民社會的顯著特點。」