對歷史的鍾愛使沙畹尤為注重古代史，但這並不妨礙他在中國之行後涉足現代中國的研究。他研究了1894年的朝鮮戰爭、1895年的中日甲午戰爭、1900年的光緒皇帝、1901年的義和團運動，甚至1906年的鐵路。

然而，他主要還是在古代和中世紀中國的研究上發揮自己的才幹，尤其是中國邊疆地區及對外關係問題。在某種程度上，他屬於那種從邊緣入手研究中國歷史的西方傳統派漢學家。依靠歷史資料和碑銘文獻，他撰寫了多篇有關雲南地區的文章：首先是一份有關南詔王國的碑銘（1900年），隨後是其他幾份有關彝族（盧鹿）的碑銘，其中一份漢文鳳詔家譜（1906年），或與爨氏家族相關的碑銘（1909年），最後是一篇有關麗江歷史和地理文獻的研究（1912年），在這一地區與中華帝國的關係在獨立、自治和歸附之間交替。在這篇分量很重的文章中，沙畹首先把1841年木氏宦譜的手寫本和《西藏圖考》中的七條路線譯成法文，隨後對資料進行分析，並與《明史》中的相關內容對照，文後又附上1548年和1561年兩份刊刻在石鼓上的碑銘譯文。他依據的大部分碑銘拓片和照片，來自傳教士、官員或像Henri d’Ollon進行的那種地理、種族考察。他還翻譯了一整套雲南碑銘以及山東和其他地方的碑銘，這些都是元代文物（Inscriptions et pièces de chancellerie chinoise de l’èpoque mongole【《元代碑銘及漢文奏章》，1905-1908】）。

沙畹大部分工作研究的是中國與西域的關係。他首先翻譯的是義淨法師西遊印度的故事──《大唐西域求法高僧傳》，這是偉大的三部曲中的最後一部。第一部由法顯著述，第二部是玄奘的作品，分別由Abel Rémusat（雷慕沙）和Stanislas Julien（儒蓮）譯成法文。他還研究了多本遊記：8世紀的悟空行記（1895年）、6世紀的宋雲和惠生遊記（1903年）、10世紀的繼業遊記（1904年）、旅居中國的5世紀的Gunavarman（求那跋摩）和6世紀的Jinagupta（闍那崛多）遊記，以及與印度學家Sylvain Lévi共同完成的王玄策出使記。（1900年）

中亞一直是沙畹最為關注的問題之一，他曾在有關突厥的作品中予以探討。因此，他依據Charles-Eudes Bonin帶回的拓片，發表了多篇碑文譯文，尤其是敦煌的四篇碑文和在龜茲發現的劉平國墓碑銘文。1900至1901年間，Stein在新疆進行第一次考察，回來後將所得中文資料委托沙畹研究，這些寫於木簡和紙片上的殘卷有些發現於和闐和吐魯番附近，為唐代之物；有些發現於尼雅地區，為3世紀之物；還有一些發現於敦煌地區，為西漢之物。這個不朽巨著直到1913年才出版，然而沙畹已於1905年發表了一篇資料詳實的論文，研究紙發明前的中國書籍。同時，他還翻譯了《魏略》（1905年）和《後漢書》（1907年）中有關西域的記述。