話說1895年中日甲午戰敗，日本正式佔據台灣。率軍佔領台灣的日軍征台統帥叫作北白川宮能久親王。能久親王是伏見宮邦家第九子，明治天皇之叔，皇權繼承第二位。5月29日登陸澳底之後，一路遭遇台灣各地反抗軍的頑強抵抗，戰況陷入膠著，消耗日軍達五個月之久。10月28日能久親王去世，日本官方說法是染患瘧疾薨斃於台南。但台灣民間傳說則大相逕庭。雲林地區傳說能久在濁水溪南岸巡查時被砲擊重傷；嘉義方面則說反抗軍刺客躲在路旁林投樹裡，用採檳榔的長竿鎌刀，劃頸割頭而死；彰化地區則傳說能久是在八卦山會戰中被八卦山砲台砲擊身亡。文史工作者黃榮洛先生則斷定能久是於新竹牛埔山中彈身亡。而後來在彰化、嘉義和台南出現的是他的替身，也就是能久的弟弟。

日本為了紀念這位海外去世的日本皇族。明治34年(1901年)於台北劍潭山(圓山)山頂，建立了台灣神社，並訂10月28日為國祭日，放假一天。

台灣神社建成時，劍潭古寺仍在原址，只是近300歲的古剎已經遮不住歲月的痕跡。光緒34年(1908年)，第六代住持耀立(俗名莊信修)募捐，辜顯榮樂捐修建中殿；之後，陸陸續續有增建、改建，1914年(民國3年)莊嚴的大廟宇才全部完成，並聘請辜顯榮為管理人。到1924年(民國13年)改建完工的劍潭寺，除前殿及正殿全改為新的形式外，兩側增建鐘鼓樓。據說這時候的劍潭古寺香火鼎盛，每年全島各地前來燒香信徒數以萬計，甚至吸引頗多日本人前來參拜，香火猶勝於相鄰、位階極高的台灣神社。

「臥榻之側，豈能容人酣睡」，台灣神社旁一座香火遠勝於己的中國古剎，「是可忍，孰不可忍」。到了1937年(民國26年，就是日本發動大規模侵華戰爭的那一年），日本殖民政府乃藉擴建台灣神社之名，迫令劍潭古寺遷移，劍潭古寺的恢弘格局只得遁入歷史。3年後，古寺在大直復建，但僅恢復部分後殿，至於前殿、正殿及鐘鼓樓均未復建，恢宏寺廟的整體格局頓失，香火不再。