為了使兩廳院改制為行政法人的典範，政府除了制定單行法（設置條例），鬆綁了公務機關的人事、會計、採購法規外，改制後近五年來，政府也確實依照承諾，大幅增加了兩廳院變革所需的經費，並給予兩廳院各項作為所需的支持。前後這兩項作為，展現了政府無比的決心與誠意，我親歷其境所以全力以赴，也有客觀的事實展現在國人面前；但是，為什麼還是有些人會有「行政法人等於自負盈虧」的疑慮？

       讀者李天申先生撰寫「署立醫院組織變遷之研究」的過程中，接觸過許多醫院、醫生、醫務人員，發現很多人都擔憂，如果署立醫院行政法人化，可能有的醫院會因為沒辦法自負盈虧而被迫關門。李先生在我的部落格回應，提到「『行政法人=自負盈虧』確實已經被根深蒂固了，不止是藝文界，醫界也是一樣，甚至其他曾略聞行政法人者可能都是如此。……『自負盈虧』這四個字，或許是行政法人要背負的原罪吧！」同時，他也提及民國98年兩廳院的預算被立法院刪了5千萬的例子，把預算刪減和自負盈虧做了連結。

        然而，事實上，「審查預算」是立法委員的職責。依照「預算法」第41條第3項的規定，只要是由政府捐助基金累計超過50%以上的（公設）財團法人……都必須依法接受預算審議。

        立法院本來就有替人民把守荷包的監督之責。當政府機關編列的預算送到了立法院，任何單位或機構都有被刪減預算的風險。因此，每次到了預算審查的季節，各個單位無不戰戰兢兢，主動積極地向立委說明，爭取或捍衛所編列的經費。

        改制後的兩廳院也被刪過預算3次，分別是在民國95年的200萬、97年的2000萬和98年的5000萬。儘管是在公務機關時期的兩廳院，仍然會被刪減預算，我在擔任改制前的兩廳院中心主任時，就曾被刪過預算。第一次是立委想要了解兩廳院預算的編列情形及該經費的使用規劃，因而凍結了預算，經過溝通說明後，獲得全數解凍。

        第二次的刪減則是出於善意。立委希望藉少許經費的刪除，提醒兩廳院的同仁在業務上更加把勁。爾後，經努力仍無法在短期內克服這筆經費缺口，對兩廳院的業務執行造成障礙，而向主管機關求助，由主管機關以專案補助的方式補足經費，使兩廳院的業務得以順利執行。也因此，絕對沒有道理也不能把「預算刪減」的法定程序（或法定「戲碼」）一概歸咎在行政法人「制度」上頭。

        我一再呼籲，政府如果真正要推動行政法人，不應該任憑部分官員的消極推動以及各部會官員的各自解讀。應該盡快地由行政院授權組成「推動小組」，積極地整合、歸納、推動、輔導。否則，這麼一個可以大大幫助公務機構轉型提高營運效能及競爭力，極具有前瞻性和理想性的制度，恐將失去其持續發展貢獻（有效率）政府的機會，盡失行政法人原有的理想和美意！