員工如果有不當的行為，造成公司的損失時，比如破壞公司的機械設備，或是侵佔公司的公款，公司可否直接從工資中扣除公司的損害金額，在把剩下的工資給付給勞工？針對這個問題，可能的情況有三種，第一種是雇主事先就在工作規則規定或勞資雙方在勞動契約中約定，員工如果因為某些行為造成雇主的損失，雇主可以直接由工資中扣除雇主的損害賠償金額或違約金。第二種情況，雇主事先預扣勞工工資作為未來勞工付擔對雇主損害賠償或違約金債務的費用。第三種情況，勞資雙方雖然在勞動契約及工作規則均未規定，雇主可以扣減勞工工資作為損害賠償或違約金，但是在勞工有造成公司損害的行為發生後，雇主直接以對勞工的損害賠償及違約金債權抵銷雇主對勞工所負擔的工資債務，抵銷剩餘的工資才給付給勞工。

對於預扣工資的問題，勞動基準法第26條規定：「雇主不得預扣勞工工資作為違約金或賠償費用。」本條的適用要注意到第一個是，依據勞動基準法第22條第2項規定：「工資應全額直接給付勞工。但法令另有規定或勞雇雙方另有約定者，不在此限。」該條是有關工資給付方式的規定，工資是否全額給付雖然勞資雙方可以另行約定，但工資不得預扣的規定並非有關工資給付的方式，因此不得由當事人的約定加以排除，所以勞資雙方不可以事先在勞動契約或工作規則中規定工資可以預扣，如有約定，仍屬違反強制禁止規定無效。此外，違反勞動基準法第26條的規定，依據勞動基準法第78條之規定處新臺幣9萬元以上45萬元以下罰鍰，不過在勞雇雙方勞動契約有約定或工作規有規定預扣工資條文的情形，因為勞動基準法第78條要處罰的行為，應該是雇主「預扣工資」的行為，而雇主並未實際有預扣工資的行為，並且刑罰也不宜對「約定」的行為作處罰，畢竟約定的行為仍然是基於當事人私法自治所為，如果給予處罰，亦有違比例原則。勞動基準法第26條所稱「預扣勞工工資」，係指在違約、賠償等事實未發生或其事實已發生，但責任歸屬、範圍大小、金額多寡等未確定前，雇主預先扣發勞工工資作為違約金或賠償費用(勞委會（89）台勞動二字第0031343號函)。

但是另有一種情況，必須特別辯明，就是「抵銷」。所謂的抵銷，依民法第334條第1項前段規定：「二人互負債務，而其給付種類相同，並均屆清償期者，各得以其債務，與他方之債務，互為抵銷。」因此雇主在勞工有造成其損害的行為發生後，雇主因為對勞工有損害賠償或違約金的金錢債權，而雇主對勞工本來即負擔的工資的金錢債務，如果二者已屆清償期限，雇主可以依民法規定，對勞工為抵銷的意思表示 (最高行政法院86年判字第1412號)。不過就勞工賴以維生的工資，依強制執行法不得為查封之標的，因此在此範圍內亦不得為抵銷(最高行政法院95年裁字第2515號)。另外基於保障勞工的目的，仍然必須勞資雙方對於抵銷的金額並無爭執，雇主才可以主張抵銷，如果仍有爭議，雇主雙方仍需循訴訟途徑向勞工求償(最高行政法院96年裁字第506號)。

上述三種情形，第一種情形應該認為該勞動契約或工作規則的內容，因為違反勞動基準法第26條規定，依民法第71條規定，無效，需雇主於薪資預定發放期日未全額給付工資，才屬於違反勞基法第22條第2項。第二種情況即為勞動基準法第26條所要處理的典型狀況，因此雇主必須負擔罰鍰責任。第三種情況，只要勞資雙方對損害賠償及違約金的金額無異議，則仍為法律所允許，否則仍可構成勞基法第22條第2項。