2000年總統大選結束，民進黨獲得勝利，陳水扁先生於同年5月20日就任為中華民國總統。但民進黨本身台獨建國的主張所引發的疑慮並未因此而消弭，該黨所提出的「台灣前途決議文」雖然指出「台灣，固然依目前憲法稱為中華民國」，但並未否認未來可以變更的空間，其中在當時為人所忽視的是：在該篇宣言中亦主張「台灣是一主權獨立國家，其主權領域僅及於台澎金馬與其附屬島嶼，以及符合國際法規定之領海與鄰接水域。台灣，固然依目前憲法稱為中華民國，但與中華人民共和國互不隸屬，任何有關獨立現狀的更動，都必須經由台灣全體住民以公民投票的方式決定。」暨「台灣主權獨立的原則到此全面展現其優越性，並獲得結論性的規範力「一九九一年黨綱」(註：該黨綱係指民進黨於1991年6月23日全代會通過「公民投票方式建立台灣共和國」黨綱修正案。)的前瞻性已獲得充份證明。」。因此，陳水扁先生於縱使其於總統就職演說中提出所謂「四不一沒有」的主張，也很難消除各界的疑慮。

在談及這一時期的兩岸關係時，得先了解執政的民進黨對於中國的定義係指「中華人民共和國」亦或「中華民國」？才能夠了解其政策走向暨行為之表現。吾等從民進黨黨綱暨日後「台灣前途決議文」中可以看出等文件中可以看出其所謂的中國係指「中華人民共和國」，這與國民黨或泛藍陣營或一般人民認知的中國是南轅北輒的。而所謂昔日國民黨執政時代基於事務性協商由海基會與海協會所達成「「海峽兩岸都堅持一個中國的原則，努力謀求國家統一。但在海峽兩岸事務性商談中，不涉及一個中國的政治涵義。」(見劉墨 肖之光為「歷史留下公正的注腳──1992年11月兩會共識始末」)也就不為民進黨政府所承認了。故雖然有幾次的接觸，包括了請在野黨的人是前往大陸商談，但因政治因素，故多徒勞無功。雖然如此，但兩岸民間的交流已經如潮水般沛然為之能禦，在氣氛不是很好的狀況下，小三通範圍擴大暨春節包機直航(後有延伸到清明節與端午節)的開放以及台灣赴大陸人數大增的現象卻仍然發生了。 只不過民進黨的主張與島內暨國際實際現勢有著一定的落差，為達其獨立建國的目標在政治部分的過度操弄，不僅僅造成兩岸緊張情勢大幅攀升(如2005年「反分裂國家法 」的制定)、造成外交上的包括美國羞辱性的教訓陳水扁總統...等等的重大挫敗。亦造成台灣內部整體國力大幅下降、產業的大量外移，民眾在對政治無力感的狀況下對政治產生的冷漠，人民實質所得水準的降低以及痛苦指數的攀升，詐騙的橫行甚至外銷......等等諸多負面狀況的產生是這一個時代的產物。

而隨著民眾對民進黨政府治國無方所帶來的反感與無奈，為了確保日後選舉勝利卻保執政的地位，隨著選戰的將近，操弄著抹黑遏制競爭對手、內部族群分化、國家認同暨引發中共文攻武嚇的諸多戲碼再度出籠，倘若大陸政府不能看出民進黨陣營的用心，將重踏昔日成為民進黨陣營免費助選員的情況再度產生，屆時兩岸的關係會愈益嚴峻的情況是預期可見的。