美國早年的殖民歷史，引發的困惑，除了哪個城鎮是最早的殖民據點之外，早期去到麻塞諸塞州的兩個英國基督徒團體，也常讓人搞不清，連土生土長的美國人被問到Pilgrims (天路客)和Puritans(清教徒)的差異，有些也是一臉茫然。

他們之間的相似處，都是源自十六世紀改教的約翰加爾文的教導，認為基督信仰訴諸的至終權柄應該是聖經，而非神職人員。聚會的儀式崇尚簡單，脫離繁文縟節，禮拜堂裡不要有聖像。

他們之間的不同，「天路客信徒」認為英國國教(現今稱為聖公會)雖然脫離羅馬天主教，但仍然保持羅馬教會的措施，例如設定教區，信徒只限於參與自己居住教區的教會。還有國王和大主教之間的權限劃分也不清楚，國教的領袖仍然是國王，因此英王治理下的所有臣民也必須是國教會友。

那些信徒認為這不合乎聖經的教導，於是脫離國教，被政府和國教體系認為是「離教(英國國教)叛道者」(Separatists)，因此受到懲治和逼迫，有些人為了信仰自由，只好離開英國移居荷蘭；但是擔心後代忘卻英國文化和語言，加上荷蘭有可能又被信奉羅馬天主教的西班牙統治，因此他們最後選擇到北美的英國殖民地。

清教徒(Puritans)雖然也反對羅馬教會以及英國國教的一些措施，例如聚會不該使用公眾祈禱書，牧師無需穿著聖袍，會眾無需跪著領聖餐等儀式，但他們留在國教體系裡，希冀從中進行革新(purify)。

另一個差異是，離教者多半是英國社會低下階級的人，受少許教育，經濟上較窮困；而清教徒則多半受過高等教育，屬於英國社會的中上階級，是菁英份子，也比較富裕。

1620年9月，離教者搭乘「五月花號」離開英國前往北美，因著風向，沒能去到原先要去的維州詹姆斯鎮，而是在現今麻塞諸塞州的普利茅斯上岸。他們在威廉‧布萊福特(William Bradford)的領導下，訂立《五月花號公約》(Mayflower Compact)，以此為他們在殖民地的生活和管理準則。以後幾年，又有離教者陸續來到，前後大約有兩千人左右。

英國查理一世(1625-1649)時，因為他娶了信奉天主教的法國公主，施政上又強調君權神授，與國會議員和國教負責人有多次衝突。他在位時，許多清教徒選擇離開英國，前往北美。例如1629年，在約翰·溫思羅普(John Winthrop)帶領下，有一千人左右在「麻州灣公司」(Massachusetts Bay Company)授權下，到麻州波士頓和撒冷(Salem)建立殖民地。

離教者前往北美，是為了追求信仰自由，不要政治來干預信仰；更因為是經濟弱勢族群，也無意去建立強大殖民區，祇想自治自足。

清教徒前往北美，則是帶著宣教的使命，希冀按著信仰原則，就是聖經啟示的神治理的法則，建造「山上之城」(City on the Hill)，從而成為他們的家鄉英國、北美其他殖民地，甚至全世界其他地區的楷模。

因著清教徒陸陸續續來的人數眾多，很快就建立蓬勃的殖民城鎮，而且逐漸擴展，甚至在十七世紀後期就併了人數本來就不多的離教者建立的普利茅斯鎮。

由清教徒建立的城鎮，在政治和信仰上比較粘連，因為英國國教本身就是政治性的產物，慣於用政治力量來實施信仰規則，或是反向運作。例如在麻州殖民地，必須是教會會友才有投票權，選舉政治領袖，例如總督或議員；而政治領袖的責任之一，就是督導所轄的居民恪守教會規則。

十七世紀中期之後，新英格蘭地區的清教徒對於北美文化有諸多貢獻，例如為了讓信徒都能閱讀聖經，而開始啟蒙教育制度，讓孩子從小就受教育；他們也設立了北美第一個高等教育學院：哈佛大學。生活上鼓勵人們要勤勞工作，因之而有的經濟富裕乃是神的獎賞。他們認為人們的吃喝作息，一切皆是為著主基督而行。

然而，另一方面，為著應付教會的「行為檢查」(behavior codes)，信仰逐漸從心態的真敬虔變成外表的守律法或教義，教規也從嚴謹變得嚴苛。

當年清教徒受國教高層抵制時，他們希望教會能寬容看待他們；等到他們建立自己的社區，也同樣不能容忍與之不同的人，同樣陷入意識形態的偏執和狹隘。特別是堅持自己教義正確的激進理想，很容易會變成殘酷迫害異己的可怕動力。

從1680年代中期，麻州灣殖民區的特許狀被信從羅馬天主教的英國國王查理二世吊銷，讓他們遴選自己總督的權益變得懸而未決；而後天花流行，到1691年底的冬天特別嚴寒漫長，在在使得清教徒認為他們可能失去神的祝福而覺得憂懼。

與神的關係若不是建基於信賴祂的愛，信靠祂的帶領；而是出於恐懼，擔心觸犯祂，只想避開祂的懲罰，就會找代罪羔羊來消弭祂的忿怒。

離波士頓約20英哩的撒冷鎮，在1690年左右開始有分裂情況，西邊的農業區和東邊的商業區，在生活模式上趨於不同，西邊的居民認為東邊的變得世俗，逐漸遠離清教徒的社區公義維持，而走向個人主義。東區的居民則抵制西區聘請的牧師撒母耳•普利斯(Samuel Parris)，不肯交稅，以支付牧師的薪水。再者普利斯牧師本人的嚴酷清教徒作風也加增撒冷鎮居民的分裂。

1692年2月，普利斯牧師的女兒和外甥女出現歇斯底里的症狀，被認為是受女巫蠱惑。清教徒相信巫術是撒旦的伎倆，行巫術的就是撒旦的黨羽，必須剪除。

有幾個婦女被指控是女巫而入獄，她們都是平時幾乎不參加教會聚會的人。隨後被指控的人數越發加增，大抵居民之間有嫌隙的，舉發者就趁此按捺對方這個罪名；法院的審理過程非常粗糙草率，而且凡是對審理者有異議的人也被逮捕。

到1693年5月，入獄的兩百多人中，有19個被絞死，5個在獄中過世，幾乎全是冤獄案子。

撒冷的審巫事件，讓當地的經濟大受影響，入獄者無法照顧自己的農地或房舍，審判過程又讓人心惶惶。

審判過後，撒冷鎮許多地區荒蕪，有些入獄者的房舍被政府徵收充公，有些農地誤了春耕，有播種的，可能又誤了照顧和收成期。撒冷鎮的禮拜堂變成廢墟。

接後幾年，撒冷的農產欠收，疫疾蔓延，使得清教徒更覺得是遭受天譴，1697年1月13日，他們為此禁食禱告，懇求神的赦免。

在當年審巫的法官中，有一個人叫約翰·霍桑(John Hathorne)。他的曾孫就是美國著名作家，拿但業•霍桑，他把自己的姓氏加了一個W， 改成Hawthorne， 以作區隔。霍桑的小說《紅字》(The Scarlet Letter)，對於激進清教徒的偽善，對罪人的冷酷對待，有深刻描述。

日後，「獵巫」(Witch Hunter)成了莫須有指控的同義詞。二十世紀中葉，當美國與蘇聯冷戰時，有些人被指控是共產黨徒，在美國社會也引發不少驚恐和騷動。美國劇作家亞瑟•米勒，以當年撒冷獵巫事件寫了一個劇本：煉獄(The Crucible)。

審巫事件是新英格蘭清教徒殖民歷史晦暗的一章，但也幫助後來美國法治體系的建立。當年的誣告和逼供，讓法庭審理失控。以後美國的法庭必須排除那些不經呈證程序檢驗的證據，排除非法取得的證據，被告必須享有專業律師為之作反辯的權利。再者，法庭審理的基本原則是，寧可放過十人，也不願錯殺一人。

此外，即使美國開國元勛，有一些是原本英國國教會友，或是其他宗派的基督徒，但美國從獨立開始就採取政教分立（類似三權分立），政治不干涉人民信仰，教會無法再借用政治力量推動信仰章程，強迫人民一定要參與禮拜聚會，神職人員不像歐洲一些國家是政府發薪的公務員。這些反而讓人民真正享有信仰自由，清楚自己的信仰，主動參與教會。這些，都是當年想建立「山上之城」的清教徒無法預期的。