〈「國土分區圖」集體遲交 地方政府無奈淪發展劊子手〉報導提到，一名嘉義的農民說，《國土計畫法》實行後，「特定農業區」土地多數劃成高度監理的「農1」。然而，目前特農區現況卻有不少農地工廠，令地主不滿的是，部分縣縣市政府願意妥協，在審議時將現有工廠畫成「農2」，正視土地管理現況較有彈性，卻有不少政府人員只坐在辦公室依地籍圖直接畫設為「農1」，昧於土地現況當然引起民眾跳腳。

但就我所知，工廠不管是在什麼非都市土地使用分區，只要是在農牧用地、林業用地、養殖用地、水利用地、國土保安用地、生態保護用地，都違反《非都市土地使用管制規則》第6條第3項附表1的規定，不因為在特定農業區、一般農業區、風景區、森林區、河川區、工業區、鄉村區或特定專用區而有不同，都是土地違規使用，只是《工廠管理輔導法》第28-1條為民國105年5月19日以前的既有違章工廠開了扇免罰的方便門。

目前非都市特定農業區上的農地工廠，可能部分就是符合《工廠管理輔導法》第28-1條規定之要件，進而依據第28-5、28-6條或第28-7條第3項規定及《特定工廠登記辦法》取得特定工廠登記，而受《工廠管理輔導法》第28-8條規定保護的「既有未登記工廠」，這種工廠，縱使未來《國土計畫法》全面實施也罰不到，因為照該條規定，取得特定工廠登記的「既有未登記工廠」，不適用《國土計畫法》第38條列示的土地違規罰則。

不過國土功能分區的劃設，我也覺得不能光看土地登記謄本、地籍圖就決定，至少還要上內政部國土管理署城鄉發展分署的【國土規劃地理資訊圖臺】，查閱、參照農業部林業及自然保育署航測及遙測分署最新航照圖，還有Google的最新街景圖來決定，特定農業區內那些現況作非農業、非自然生態保育的土地，就不要再劃進農業發展地區，但當中有《農業發展條例施行細則》第2條定義之農業用地的違規使用情事者，還是要依照《區域計畫法》、《都市計畫法》或《國家公園法》的規定處理。

另外，我認為將來內政部也應比照《區域計畫法》之區域計畫與非都市土地使用編定、《建築法》之建築管理全面實施之前，那些就已存在的既有固定基礎建物設施之「從來之使用」的認定那樣，針對《國土計畫法》之國土功能分區的實施做相關函示，以保障現況非法定農業用地而合法作非農業使用，如開設合法的工廠，後續卻仍被劃進農業發展地區之地主與使用人的權益。