網路城邦
上一篇 回創作列表 下一篇   字體:
【科研】流行病的起源(下)
2020/04/25 15:29:14瀏覽41702|回應23|推薦22

要探討複雜的科學議題,除了精確嚴謹的邏輯思維之外,也必須對相關事實有專業級廣汎而深入的掌握,對觀測和實驗結果所含的隱性誤差和假設有徹底的瞭解,並且明白專業用語的確實定義,否則外行人想當然爾,要排除自己的主觀偏見,進而做出正確的邏輯推論,基本是不可能的。

新冠疫情的起源,正是如此的複雜專業議題。由於疫情影響極度嚴重,而科學上的研究探討卻仍處於早期階段,各式各樣互相矛盾的説法以及行内專家的主觀臆測充斥媒體版面,一般人自然無所適從,不能取得完整的大局觀。剛好傳染病學史上有一個很類似的案例,在經過許多專家的努力發掘和激烈爭辯之後,纍積了相當豐富的事實根據,而且沒有受到國際地緣政治需要的扭曲左右,依舊花了20多年才蓋棺論定。我想在這裏簡單介紹這段研究的歷史;華語世界的讀者沒有切身的主觀成見,就更方便大家客觀參考案例中的推理過程。

這個老傳染病,就是梅毒(Syphilis),其病原體是梅毒螺旋體(Treponema pallidum),它是一種細菌,但是因爲針對感染哺乳類高度優化,省略掉了很多基因,所以無法在寄主細胞外很好地存活,在這個特性上類似病毒。T.pallidum能導致好幾種疾病,除了梅毒之外,還包括Yaws(熱帶肉芽腫)和Bejel(貝耶病),它們不是性病,而是接觸傳染的皮膚病,流行於赤道非洲;另一類皮膚病Pinta則發生在中美洲。T.pallidum因此可以被歸類為四個亞種。

歷史記錄上第一個梅毒流行疫情,發生在1494年年底,當時法軍圍攻意大利半島的Naples王國,雙方的部隊都以傭兵爲主,營區裏混雜著商販和妓女。梅毒從法軍(含相當數目來自西班牙的士兵)營地起始,很快一發不可收拾,隨即被當地人稱爲“法國病”。然而梅毒的病例,其實在1493年就在西班牙的港口城市被一位資深的醫生記錄並研究,他認定這是一種全新的性病。更早一年,哥倫布的船醫在加勒比海的島嶼觀察到土著普遍有Pinta,然後在回程途中,記錄到西班牙籍船員也顯現出同樣的病症。後世的考古學家,又開挖了許多加勒比海沿岸早於1492年的墓葬,在骨骸和牙齒上一再發現T.pallidum的病徵,所以主流歷史學家把這些證據點連起來,獲得梅毒來自美洲的結論,這被稱爲“Columbian Theory”。

到了1990年代,學術界開始有了反對意見。其後20多年,異見派學者在希臘、奧地利和英國發現了若干早於1492年的骸骨,也同樣具有T.pallidum的病徵。再加上梅毒的症狀多變,很容易被誤診,尤其是和麻瘋類似;而歐洲歷史上有些對麻瘋疫情的描述,以現代醫學的知識來看,反而更像梅毒。傳染病史學家把梅毒源自歐洲本土的學説,稱爲“Pre-Columbian Theory”;它說1494年的疫情爆發於哥倫布囘國後一年,純屬巧合,而各地的醫生對其陌生,是因爲歐洲的活版印刷術是1440年代才發明的,所以更早的病例往往沒有被詳細精確地記錄和傳播。

雖然Pre-Columbian Theory的支持者一直鍥而不捨,但卻沒有説服大多數的歷史學家,這是因爲不但他們所列出證據的質和量都不如主流派,論證的邏輯也漏洞百出:首先,梅毒在1494年後的大流行,範圍極廣、歷時甚長,一直到17世紀,法國國王Louis XIV還因爲慢性梅毒而成了癩痢頭(Syphilitic Alopecia),只好戴假髮來遮掩,這是近代歐洲男性貴族戴假髮的濫觴。幾年後英國國王Charles II同病相憐,於是也引進男用假髮,至今仍是英系法庭的標配(參見香港)。如果真如Pre-Columbian Theory所説,傳染力極强的梅毒在1494年之前就在歐洲流行,怎麽可能在印刷術發明後的50多年間都沒有任何記錄?1495年前後,幾千名在港口城市(亦即有許多水手出入停留的地方)執業的醫生怎麽會異口同聲說這是一個全新的疾病?

Pre-Columbian Theory說,早期歐洲的梅毒病例被誤診為其它疾病,特別是麻瘋。但是1494年開始的梅毒,毒性極强,短期致死率達到近30%,歐洲既有的類似疾病,沒有一個能望其項背;例如麻瘋的致死率就低了近一百倍。梅毒在歐洲流行了幾十年之後,毒性才慢慢減弱,致死率跟著下降了一個數量級。我以前曾經解釋過,流行性傳染病的病原體,是在和寄主共同演化,所以隨著時間流逝而纍積的小突變,一般會使得傳染力上升,而致死率下降。17世紀之後已經軟化(Mellow)過的梅毒,或許還可能被誤認為麻瘋;但是15世紀末剛出現時的梅毒毒性極强,如果此前在歐洲傳播,怎麽會被混肴呢?

其實從1494年版梅毒的傳染力和致死率雙高的現象,就可以推斷T.pallidum在那之前不久,剛剛經過了一個重大的突變,所以現代所謂的梅毒,必然是一個全新的亞種,任何此前的版本,都不是完全相同的疾病。這種重大的突變隨機發生的機率很小,一般是被環境變化所壓迫,必須跳躍生態,才不得已而為之。如果像Pre-Columbian Theory所説,梅毒自古就在歐洲流行,那麽千百年都沒有發生的突變,在沒有明顯外因的背景下,剛好在哥倫布的船隊引進了美洲版的同種病菌之後,就忽然爆發,這樣的巧合實在太極端。反之,美洲版的T.pallidum是為熱帶環境下肢體赤裸、皮膚經常隨機接觸而優化的,一旦被帶回陰冷的歐洲,傳統的傳染方式被阻斷,在演化上就會有强大的轉型壓力。

到了21世紀,基因分析成爲廉價方便又可靠的演化歷史研究工具(亦即Phylogenetic Network Analysis,譜系學網絡分析),於是就有學者用它來驗證梅毒的起源理論。先是在2008年(參見https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2217670/),證實了現代所有的梅毒病例都來自15世紀的同一個祖先,然後在2016年(參見https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27918528)確認了那個祖先源於美洲版的T.pallidum。至此,爭論了20多年的梅毒起源問題,終於塵埃落定:歐洲殖民者帶給印第安人許多致命的病原體,印第安人的確以直報怨了一次。

同樣的邏輯,也完全適用於新冠病毒:從2019年底爆發傳染力/致死率雙高的疫情,可以推斷在那之前不久,剛剛發生一個重大的突變;任何此前的冠狀病毒版本,不論是人傳人,還是以某種野生動物為中間寄主,都不是和新冠完全相同的疾病。當然,後者可能性更大,因爲跳躍物種才像是會引發這類重大突變的演化壓力。不論如何,對科學真相的探求,不應該受政治上權宜考慮而影響;如果在公關上必須做誤導,也只是針對敵方,知識分子永遠都須要對自己保持100%的誠實。

【後註一,2023/08/15】剛剛注意到一篇有關蚊子演化進程的論文(參見《Climate and Urbanization Drive Mosquito Preference for Humans》),在此做個簡單介紹。

大部分的蚊子物種是所謂的“Generalist”(“通才”,有叮無類),但一般引發我們煩惱的卻只限於少數幾種特別喜歡針對人類的Specialist。科研界已有共識,這些Specialist蚊子應該是人類農業化、城市化之後的結果。前述論文進一步細化,對其中之一的Aedes aegypti埃及伊蚊及其野生通才祖先做了全面基因調查,確定其關鍵突變發生在5000年前的Sub-Saharan West Africa,亦即Niger的周邊。當時正是Sahara完成從草原轉化為沙漠的最後階段,Generalist蚊子下卵繁衍所依賴的野外樹洞水坑徹底消失,理所當然地被迫突變轉而適應人類居所内外儲存的清水。

順便提一提論文之外的相關常識:氣候變化是推動舊物種滅絕、新物種演化的最大動力之一。非洲大陸因爲地理割裂嚴重、生態系統複雜,其氣候又對地球的幾個公轉和自轉進動章動周期特別敏感,所以素來是生物演化的熱點區域。尤其地跨赤道及兩邊的熱帶和亞熱帶,方便微生物和無脊索動物孳生繁衍,所以病蟲害也就格外嚴重,例如Ethiopia的首都Addis Ababa幾千年前發展為城市,主因就是爲了選址在山腰高地、埃及伊蚊的活動上限之上。近年來因全球暖化,這個活動上限向高海拔擴展,導致蚊子大批攻入城區,是當地必須面對並解決的全球暖化後果之一

( 不分類不分類 )
回應 推薦文章 列印 加入我的文摘
上一篇 回創作列表 下一篇

引用
引用網址:https://classic-blog.udn.com/article/trackback.jsp?uid=MengyuanWang&aid=132785990

 回應文章 頁/共 3 頁  回應文章第一頁 回應文章上一頁 回應文章下一頁 回應文章最後一頁

pedagogicM
等級:3
留言加入好友
中国疫情现状
2022/12/20 10:44

在所有流行病中,儿童和老人都是易感人群,即使大陆要放开,为了避免医疗挤兑,哪怕是为了经济复苏都应该尽可能减少这两类人群的感染机会,普通人无论是在家照顾老人还是儿童都是劳动力的损失,不知博士是否同意。

目前北京甚至要求在元旦前后恢复中小学线下考试,这点令我非常担忧,现在已经有不少儿童感染,如果在目前的感染高峰期间聚集,极容易造成儿童的反复感染,即使是成年人短时间内感染两次都十分痛苦,特别是连续发热这类症状对儿童的发育存在不利影响。

请问王博士在最近节目中没有详述的黑天鹅是否是指政策失误导致这两类人群反复感染导致中青年为了照顾这两类群体而导致经济无法按时恢复?


王孟源(MengyuanWang) 於 2022-12-21 01:49 回覆:
黑天鵝就是事先無法預期的隨機事件;你討論的是可以預期的事,而且在嚴重性上,並沒有達到會影響整體國家執政的程度,只是一個戰術性的問題。

criteria
等級:3
留言加入好友
2022/07/24 15:59
王先生,最近的monkeypox其传播途径虽然和covid-19传播途径并非完全相同,但是在较短时间内突然在欧洲各地爆发,是否可以推断其DNA出现了较大突变(虽然DNA病毒的突变概率小于RNA病毒),至少具有更高的传染性?现在除中国外对covid-19的共存策略让人极为担心在将来也会套用到monkeypox上,而如果在今年第三至第四季度同时叠加两种疫情和能源危机,整个欧洲的惨烈程度是难以名状的。
王孟源(MengyuanWang) 於 2022-07-24 23:23 回覆:
人類破壞原始生態,侵占野生動物的生活空間,是農業興起之後就持續發生的事,而且其規模和效率成指數成長,到了19、20世紀,終於突破臨界點,古代數百年一次的zoonotic瘟疫,間隔步步縮短,現在是幾年就來一個。這不但可以簡單預期,而且實際上也的確被有識之士反復警告,只不過一般愚民事先置若罔聞、事後再編造陰謀論,反過來栽贓拉響警報的人(例如Bill Gates)。
Monkeypox其實是新發現時有誤解、以致取錯名字的又一個科學案例:它的真正原始寄主並不是猴子,而是鼠科動物。Zoonotic疾病當然要求病毒針對新寄主做出基因優化,一旦擴散開來,突變的機會更多,優化的速度也就越高。
不過Monkeypox和新冠有個很大的差別:它是接觸傳染的,所以傳播的速度和方式不一樣,接近我以前在博文討論過的梅毒和艾滋;換句話説,比較慢,而且相對容易隔離。當然,以歐美政府近年的表現,自己拿槍打自己的例子太多,“相對容易”可能還是不夠的。

abanker
等級:5
留言加入好友
2020/05/31 23:47
王博士想請教,因為不止一次跟朋友或看到網路上有人辯論台灣為何不採取普測,為什麼不採取亞洲各國的封城,他們這些認為政府防疫做的好的,沒有社區感染,就是一直扯因為防疫很好所以不需要,但是實際上台灣的隔離也非在專門地方做,只是在家裡。在今年2月到3月,這種辯論就變成一種結果論,因為多說無益,儘管看到酒店小姐沒有傳染人,以及軍艦上去跟女友親熱都沒傳染的荒謬,我只能等4.5月有沒有大爆發(我承認這樣對我自己住的地方看笑話的心態很不對),可惜的是,還真的結果論是沒有大爆發,看似民進黨的宣傳是對的,我是錯的。但是,依照國外跟中國的經驗,這不符合流行病學,實在不知道該怎麼說,難道只是人民非常具有防疫意識(其實只有都會區比較有持續戴口罩),真正的英雄是人民不是陳時中可以解釋?(看到如此腦殘的相信政府卻好像他們是對的,有時真不是滋味)或許您有小弟無法想到的緣由,懇請惠賜卓見。
王孟源(MengyuanWang) 於 2020-06-02 07:46 回覆:
目前對新冠的研究還在進行之中;這是一個很不尋常的病毒,一方面靠飛沫傳染,像流感,另一方面攻擊對象卻是人體内很關鍵的細胞受體,能夠產生嚴重的病理後果,像HIV。學術界對各國疫情發展的不同情勢,並沒有完整的解釋。我覺得熱帶和南半球,因爲在過去幾個月日照充足,沒有維生素D欠缺的危險,人群對新冠自然有較高的抵抗力,這可能是台灣、越南、印度、印尼、澳洲、紐西蘭和非洲在防治上相對輕鬆的原因之一。當然,像是巴西和墨西哥這樣積極作死的國家,一樣不能幸免。

我們對人對事,必須堅持科學、客觀、理性的態度,不讓既有成見矇蔽事實和邏輯。台灣控制疫情成功有多方向的證據,尤其新冠能成指數散播,光靠撒謊遮掩,不可能撐上幾個月,那麽即使造成這個成果的確實機制仍屬未知,只要沒有明確違反邏輯之處,就必須接受它是事實,至少是暫定的事實。所以這裏的結論是,民進黨政府的行政水平顯然高於巴西和墨西哥,可能不低於越南、印尼和南非。

狐禪
等級:4
留言加入好友
2020/05/31 15:37
防洪的概念,中國政府與民間都有,投錢興建堤防都沒問題。而防疫如防洪的概念,也許今後可以建立了。平時就該收集病毒,開發疫苗,花錢的目的就是保平安。
王孟源(MengyuanWang) 於 2020-06-01 01:21 回覆:
非洲豬瘟已經是個提醒:自然界這次還算客氣,只製造經濟損失,沒有影響人命,但是中國畜牧業濫用抗生素的事,依舊沒人提。唉。

苟利国家公园
等級:3
留言加入好友
2020/05/24 10:52

我看到有朋友再提李文亮,我想提出一个视角,就是中国各个地方治理水平的差距也是很大的。在武汉市发生的事情,在北京广东上海我认为基本不会发生。家中有不少人做医生。王博批评过疾控的上报机制,其实在日常是可以发挥作用的。比如说一个病房里面同时发生3个或以上病人发热,是必须上报并且全国联网然后全科室封闭一周。这是16年的事情。后来证实不是由于传染病引起的。这是我家里人经历过的事情,所以我比较有把我把握提出我的结论。

新冠疫情初期在武汉的蔓延,是一件必然性兼具偶然性的事情。离不开当地cdc的脱序,但同时更主要也是这次病毒的狡猾。家里人其实也日常吐槽卫计委的人都不少是只读过卫生管理的本科,没有接触过一线,政策时常离地。但是不能一棍子打倒整个中国官僚体系。至少目前来看,在蓝星还是可以称得上数一数二。为了走得更远,也希望有初心的大陆青年加入体制,不问前程,就为了对得起自己一颗红心呀。

如果和王博既往议程有重合请见谅,我比较想分享一下这个经历,也权当抛砖引玉,看看有没有大陆医生朋友关注这个博客。

王孟源(MengyuanWang) 於 2020-05-25 00:54 回覆:
或許不同省份執行起來效率也不一樣?這次武漢有傳言說必須確認傳染病源才能上報;這實在不合理,我懷疑是當地的特別規矩。
瘟疫屬於統計上的Poisson Event,每隔十幾年或幾十年發生一次,預防和準備卻必須年年投入,表面上也就是年年浪費金錢、時間和精力;在中國這種急功近利的社會,很難未雨綢繆,連持之以恆都不容易做到。COVID之後,中方終於做了一些SARS之後就該做的政策改革,卻沒想到下一個公共衛生危機很可能是不懼任何抗生素的超級病菌。這是我多年來反復警告的事,但是中國政府和社會有想要管制畜牧業濫用抗生素的動力嗎?

MAXWELL
等級:5
留言加入好友
2020/05/23 18:44
李文亮医生的死能发酵得这么迅速,除了有些人刻意带节奏之外,背后还有一点就是普通民众对精英的不信任,认为精英不能代表民众的利益只是在维护自己阶层的利益, 之前有一个广州医生因为撰文揭露“鸿茅药酒”涉嫌虚假宣传导致被内蒙古警方跨省拘捕引发舆论哗然,除此之外还有劳工权益过低、政府偏袒企业家,饱受诟病的诸如宠物犬、流浪犬的 管理问题,正当防卫门槛过高问题,对外国人超国民待遇等问题,都是被争论很久但是官方迟迟不作为或少作为。
王孟源(MengyuanWang) 於 2020-05-24 03:19 回覆:
公權力被個人和利益集團濫用,代表全國國民公益時反而和稀泥,這是官僚體制的通病,這任政府已經建立紀委和監察系統,是好的方向。當然貫徹到底需要時間。

Ricola
等級:7
留言加入好友
2020/05/07 15:36

英裔美国历史学者 Niall Ferguson 是 "新冷战(Cold War II)" 概念的倡导者。他对中国问题较了解,在新冷战的胜负上并不认为美国会轻易取胜,他指出美国必须联合欧日等才能有效对付中国。他也批评川普让盟友疏离。(参见2020年1月24日他在Davos的世界经济论坛WEF年会后接受日本记者的访谈  https://www.japantimes.co.jp/opinion/2020/02/14/commentary/world-commentary/historian-niall-ferguson-cold-war-ii/   出版日期为2月14日)  1月底当时疫情还主要影响中国,他就指出从历史的经验看,疫情可能对全球造成全球危机。 

他之前2019年12月还与林毅夫在韩国公开辩论中美经济竞争,他认为中国科技和经济发展的手段不正当。https://www.bbc.com/zhongwen/trad/chinese-news-50675321

他最近在国际上比较活跃,公开撰文质疑中国在疫情上的责任,并把疫情于切尔诺贝利核事故相比。认为中共政权不负责任、腐败和对权力饥渴,这不仅对本国人民,还对全人类构成威胁。此外,他最近正在积极宣扬各国团结抗中,这似乎正是他认为新冷战中获胜的重要手段。https://www.theglobeandmail.com/opinion/article-lets-zoom-xi-he-has-questions-to-answer/ 

值得一提的是,他的著作《The Square and the Tower》比较畅销,知乎上还有人专门讨论 https://zhuanlan.zhihu.com/p/35707140 

我觉得,今天中共是在实践一个前无古人的新政体(即所谓“中国特色社会主义”,或是把中国建设成为富强、民主、文明的社会主义国家),而Niall作为历史学者是局限于传统的西方社会与其他旧政体竞争的视角,因此中共有必要在对改革后的新政体系统阐述,继续挂着旧的共产专政标志,只会让自己因为那些历史上的污名而陷入被动

王孟源(MengyuanWang) 於 2020-05-07 16:09 回覆:
Niall Ferguson比較特別一點,他像是Joseph Nye和Peter Navarro兩人的合體,既要搞軟實力、也要硬懟中國;既有學術地位、也喜歡搞民粹。我覺得他的殺傷力不小,中方最好是要有計劃地摧毀他的公信力和社會地位;不過實際上當然是不可能的。

Ricola
等級:7
留言加入好友
2020/05/06 05:05

看了 BBC 专访 驻英大使 Liu Xiaoming https://www.youtube.com/watch?v=PNv75d0lyGg 

觉得在李文亮问题上,大使先生没有谈到重点(他只是说其他医生才是更早报告疫情的,这需要遵循正常上报渠道)

显然,大使先生是没有见过李文亮医生当时发布的信息。我恰巧12月底正好见到了那些信息。

实际是,李医生当时的内容是提醒大家“有SARS病例出现了,请大家注意防护” 

李医生被警方找到,是因为当时没有证据表明是 SARS,而且新冠疫情潜伏期长,初期多数症状轻,当时说是 SARS 既不准确,也存在“夸大”的可能。

这么简单的事实,从中央到外交系统,都不能解释清楚,真是让人觉得叹息。

王孟源(MengyuanWang) 於 2020-05-06 05:42 回覆:
我一般不在英文媒體下做討論,因爲寡不敵衆、徒然浪費口舌;不過李文亮的事,兩個多月前曾經忍不住在美國網頁上發言,還好沒有幾個人看到。
當時我說的就是:李文亮是因爲網絡發言不夠完全精確(說病毒是非典)而得到一張“Warning Ticket”(“警告罰單”,亦即是個別警察開的罰單,而且還特別免除罰金,所以沒有任何實際後果);任何歐美百姓都能立刻理解這是稀鬆平常的日常經歷,和迫害扯不到一塊兒。所以很自然的,看到我那個評論的老美不能接受這樣的敘事,只能說我撒謊。
管理14億人的政府,連這麽簡單的公關Framing都搞不定,的確是當代奇觀。

magkey
等級:6
留言加入好友
2020/05/06 01:29

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0924857920301643

最近,法国报告了一例去年12月27日入院的患者,当时认为是普通流感。通过重新检测,发现他所感染的其实是sars-cov-2病毒。这个案例确实是比较令人匪夷所思的,而且由于该名患者并没有中国旅行史,作者们的判断是新冠十二月就已经在法国传播开了

Moreover, the absence of a link with China and the lack of recent travel suggest that the disease was already spreading among the French population at the end of December, 2019.  

这个案例确实从任何角度看都很诡异(我需要强调,这个案件并不改变“病毒起源于武汉依然是基于现有证据应当做出的判断”这件事),可能是法国人搞错了,可能只是小概率事件发生了(比如刚好有一个法国人12月中从武汉回来将病毒带给这个患者),不知道科学界日后会不会给出一个令人信服的解释。

王孟源(MengyuanWang) 於 2020-05-06 05:30 回覆:
已經有人私下問過我,我也覺得證據太單薄,畢竟樣本可以被污染,或者剛好撞上檢測器的盲點(亦即我討論過的specificity問題)。反正他們大可以進一步做基因組排序,看看是否真的是去年底的病毒版本;新冠這類RNA病毒,演化極快,只要看基因組,就可以在時間上定位到前後一周的精度以内。

Ricola
等級:7
留言加入好友
2020/05/04 10:45

本周日,Pompeo 已经公开宣称 “Coronavirus came from Chinese lab, and the best experts seem to think it was manmade. ”

https://www.theguardian.com/world/2020/may/03/mike-pompeo-donald-trump-coronavirus-chinese-laboratory 

各国许多媒体也都刊登了这段访谈。

当然,不少媒体也提出,这些是 unsupported claim (并未出示证据)。

不知国务卿的这番言论,会给之后的国际舆论及疫情反思带来什么后果? 

王孟源(MengyuanWang) 於 2020-05-04 15:13 回覆:
反效果。
你要理解,Trump的談話是很弱智的,西方知識分子都看得出他的甩鍋企圖。他的目標聽衆純粹是佔美國選民35%的紅脖子基本盤,附帶還有一些澳洲和英國的類似人口。Pompeo的發言還要更低一級,他的聽衆只是Trump一個人,因爲他一輩子靠得就是舐癰吮痔、依附權勢來步步爬升。這種行爲,全世界的旁觀者都會鄙夷不屑,所以他其實是在國際論戰裏幫助中方。中國只要繼續回顧過去四個月美方自己的發言歷史,自然能占據道德高地,讓其他國家看美國的笑話。
頁/共 3 頁  回應文第一頁 回應文章上一頁 回應文章下一頁 回應文章最後一頁