在生物由低等演化至高等演化的歷程中，『寒武紀大爆發』一直是生物進化史上難解的謎。關鍵的點在於寒武紀大爆發在進化的歷史中是根本不應該存在的。按照達爾文的『物種原始』所主張生物演化的歷程中，從單細胞生物至多細胞生物應該有相當完整的化石記錄存在於地球的地層之中，做為生物曾經存在過的『歷史紀錄』，然而這段理應存在過的歷史紀錄卻有著前寒武紀『一大段空白』(約24億年缺乏化石)的矛盾現象，讓達爾文所主張的進化論無法自圓其說。

◎何謂『寒武紀大爆發』？

何謂『寒武紀大爆發』？在維基百科中對寒武紀大爆發有以下之敘述：

  寒武紀大爆發，是指在距今5.3億年前，短短200萬年間，生命進化出現飛躍式發展的情形。幾乎所有動物的「門」都在這一時期出現了。因出現大量的較高等生物以及物種多樣性，於是，這一情形被形象地稱為生命大爆發。

  在世界各地發現的化石群共同印證了這一生命進化史上的壯觀景象，非常多的不同種類的生物幾乎同時在這一時期出現。

  綜合以上所述，寒武紀地層有鉅量化石，其所呈現的相對事實卻是『前寒武紀』極度缺乏化石，也就是『前寒武紀大空白』(約24億年)，因為澳洲發現的藍綠菌化石被進化論學者認為約有30億年的歷史。即使到今日，寒武紀大爆發仍是科學界的一大謎題，尚待更多的考古證據出土，也許就能窺見當時的實際情況，找出真正的原因。

化石的寒武紀大爆發現象與達爾文提出的生物「逐步變異」(flunctuating variations)的演化現象完全牴觸

   什麼是達爾文所說的『逐步變異』呢？ 依照遺傳學的原理，生物代代相傳是符合「種瓜得瓜，種豆得豆」的遺傳表現，生物不可能瞬間自下一代就立即產生巨大的改變，因此達爾文在『物種源始』這本書中提出「逐步變異」的理論，大概來說，就是「生物演化歷程中之大的差異是由微小的變異所不斷累積而成的」。但是，照著這樣的理論來看，生物化石就必須有逐漸演變的「中間型化石」才對。很不幸的，不僅古生物學者沒有在前寒武紀找到逐漸演變的「中間型化石」，連各門的生物理應存在的「祖先」也是寥寥無幾(儘有澳洲發現少數的原核單細胞)，在前寒武紀地層理應存在的鉅量化石「祖先」竟然缺乏至「近乎空白」的狀態！

  舉寒武紀地層最常見的三葉蟲為例，三葉蟲具有複雜的外骨骼與複眼的結構，這些複雜的結構的演化過程應該在前寒武紀地層中清楚地反映出來。外骨骼如何由單細胞生物「祖先」變為多細胞的生物的「祖先」的過程中逐漸特化形成。三葉蟲的複眼也相同，如何由無眼的狀態逐漸特化形成最終複雜的複眼結構，也應該在前寒武紀的地層中清楚呈現。但是這些理應存在的化石演進過程卻完全沒有出現在地層之中，造成有鉅量的三葉蟲，卻完全沒有演化過程的奇特現象。

  前寒武紀缺乏化石的反常的嚴重情況，我們可以分成以下幾方面來敘述：

A.各門的生物為何均『普遍性』缺乏化石？

從化石紀錄可以發現，寒武紀的化石生物種類包括棘皮動物、原生動物、海綿動物、刺絲胞動物、軟體動物、節肢動物等幾乎所有的無脊椎動物各門。在寒武紀大爆發之前，這些地層卻『普遍性』缺乏多細胞生物的化石。若依照進化論的假說，生物是由較構造簡單的生物進化到複雜的動物各門，但這些較複雜的寒武紀生物均普遍性的缺乏演化祖先化石，因此並沒有出現理應存在的「演變的過程」。因此沒有化石紀錄，進化論者卻要相信這些生物是有進化的事實，實在極不合常理。

B.寒武紀的化石並不稀少，數量多達數十億，無法用『化石保存不易』這些理由解釋『寒武紀之前』為何缺乏化石

在寒武紀時期的化石紀錄有許許多多的化石，其數量多達數十億，前寒武紀卻極度缺乏化石，而有些進化論者提出解釋說『前寒武紀地層並不適合形成化石』這彼此也是極度矛盾的。

C.樹枝是由樹幹長出，沒有系統演化樹演化的『主幹』，為何竟有演化末端的『樹枝』？

在前寒武紀時，只有30億年前在澳洲發現的藍綠菌化石。但在寒武紀時，卻已出現了大量的海綿動物和原生動物…等。而這些突然出現的化石都已在進化論者所提出的系統演化樹中處於樹梢(樹枝)的部分！『樹枝』是由『樹幹』長出的，而沒有『演化樹幹』存在，怎麼竟會有『樹枝』的突然出現呢？

D.缺乏化石的時間歷時太過久遠，各門生物演化了『數十億年』，卻都沒有留下化石，這極不合常理。

  前寒武紀時間的間隔這麼大(約24億年)，卻都沒有留下化石，這極不合常理。 

      進化論者亞瑟羅得(D. Axelord)在美國科學雜誌上報導說：

『我們希望在前寒武紀地層中找到寒武紀早期的進化先驅，卻處處撲空，一無所獲。在含有寒武紀最早期化石的岩層下，已發現許多連綿而深厚(超過5000英尺厚)的沉積岩，這些沉積岩與其上含有化石的沉積岩(註：指寒武紀地層)極類似，它顯然也是適於保存化石的，但是，我們卻未在這些岩石中發現化石。』

  由進化論的證據及假說來說，「廣進化」(超過種以上的進化)的解釋是極其牽強的。而如果依化石的證據而言，更是非常不合理的。而此假說被廣泛的應用在生物課本上，它的正確性令人質疑。

  胡適曾經提到科學的精神是『有七分證據，不能說八分話』。因此主張進化論的學者應當正視『前寒武紀地層缺乏生物化石演化過程』的普遍現象，不應將生物的『廣進化』(超過種以上的演化)視為『理所當然發生過的』，在教科書中對進化論的描述也應當更加客觀忠實地呈現前寒武紀『演化了24億年卻沒有化石證據』的現象。至於進化論所主張有關的『廣進化』是否存在，教科書不應過度主導，而應交由大家去自行判斷與抉擇。