日本據台初期，歷營樺山資紀、桂太郎、乃木希典三任總督。他們認為「臺灣是軍人打下來的戰利品。」一切以軍事掛帥，不談建設。加上臺灣抗日事件層出不窮，使日本改府經營殖民地的能力受到質疑。甚至有日本人主張以一億日圓把臺灣賣給法國或賣還中國算了。但從1898年第四任臺灣總督兒玉源太郎來台與其副手民政長官後藤新平聯手，銳意經營臺灣，自此由日本政府的負債變成資產。整体而言，日治初期除了對反抗軍外，對一般人民是採取安撫的手段，對原有的風俗習俗不加干涉。同時全面展開各種社會基礎建設，為日後日本殖民政府奠下深厚基礎。後藤是留德的醫學博士，1900年起，在臺灣進行大規模的「舊慣調查」，把臺灣的司法、行政法及經濟產業狀況清查得一清二楚，為日本設計殖民地統治，經營施政提供了最翔實的參考。
一、 土地改革
當時進行的一項最大的基礎事業，是對臺灣平原地區進行一次精密的土地測量，進而推動全面性的土地改革。後藤創設臨時臺灣土地調查局，自任局長，派出八百多人，到戰亂頻仍的全島各地丈量，用精密的三角測量繪製地圖，畫出臺灣首度才有的精確地形圖，除了村落、田地，還包括孩童抓魚的小河，家禽家畜走過的小徑。這項精細的死功夫花下去，使得歷年來許多無人繳稅的隱田立即一一曝光。測量前根據劉銘傳那時估計，全台大約有三十六萬餘甲土地，最後統計卻有六十三萬餘甲。增加三億多地租收入。這次土地測量的結果，不但使日本殖民政府精確地掌握了應課稅土地的面積，而且做成了正確的土地登錄。這個土地調查的紀錄，至今仍是臺灣地藉資料的基礎。此外，配合土地登錄制度，殖民政府也導入了近代的土地所有權觀念，由政府保障土地的私有權，這是中國人社會「首次有一個政府以法令保障人民財產所有權，可說是臺灣社會走上資本主義道路的第一步。」
二、交通建設
雖然財政困難，還是以發行公債的方式自1899年起興建縱貫臺灣西部平原的鐵路，使臺灣整個西半部連為一體，形成一個物資的流通圈，為了使物資可以大量輸出，又在縱貫鐵路南北兩端各建高雄、基隆兩大港，成為臺灣產品輸出的門戶。
三、改善衛生環境
日本人初登陸臺灣時，驚駭於這個南方島嶼的不潔與瘟疫。後藤從日本請了一百多位醫生來台，形成公醫制度，沿襲至今成為各地的衛生所。又強制進行疫苗接種，並建設都市的下水道。在台北、萬華之間，比日本國內還早就仿造當時法國巴黎大下水溝的設計，鑄造鋼筋混凝土新式下水道，使汙水經過水門以及半圓溝自然流下，從忠孝西路口、以及成都路口排入淡水河內。單靠一百多位日本醫生，無法建立長遠醫療體系所需人才，所以後藤於1900年成立台北醫學校（台大醫學院前身），寄望臺灣中上家庭的優秀子弟，接手醫療衛生工作，結果成為臺灣知識分子社經地位的最佳出路，也出現社會領袖人物如抗日的蔣渭水。醫學校初創之時乏人問津，創辦人崛內就遍訪各地，勸誘年輕子弟用公費來就讀，不但不收註冊費，還發給帽子、制服、皮鞋，另外每月發伙食與零花費。
四、社會秩序的建立
殖民政府移植日本仔細訂法，嚴格執行的作風，讓臺灣人首次見識到政府權威貫徹的威力。政府訂法嚴謹仔細，讓官員、人民.有共同遊戲規則可循，「人民第一次感受到執政者拿出辦法來做事，不需人民想辦法鑽漏洞來求生存發展。」像「戰時酒精令」，從酒精定義到如何管制，都寫得一板一眼，纖毫必較，使基層文官無需事事請示上級，就能依法規辦事。光是總督府內殖產局之下的礦務課，就有法學與礦學博士，制定礦務政策與相關法令，礦物課長福留精通中文，遍讀史料以搜尋礦源，這樣的一群公務員把臺灣挖掘到顛峰，二次大戰前夕年產煤一百四十萬噸。強烈的守法精神，加上由警察、戶口制度形成的嚴密控制系統，使台灣由一個械鬥頻繁的地區轉變成為治安良好的社會。夜晚睡覺或外出時，家門無需上鎖，不需擔心失竊。警察，是日據時代政府權威的最具體表現。在鄉村，警察地位還在地方名士之上，被稱做『大人』，他們大多數經常拎著鞭子各處巡查，動輒厲聲打罵，使村民驚駭。孩童哭鬧，大人只要恫嚇：「大人來了，再哭就會被抓去。」孩童立即安靜。除施行高壓，打罵剽悍，警察大多負責盡職，是塑造威嚴另一大原因。各重要街角上都有派出所或警察局，他們人數不多，兩三個，但天天梭巡，對地方上大小事與人，都瞭若指掌，並且盡職，「有小偷他抓給你，你不乖他抓你。」天天梭巡，諸事都管，其中一項就是協助延續戶口制度，使殖民政府有基礎繼續其數字管理。此外嬰兒出生一個月內要報戶口，過期才報一定被罰，家人死亡也要申報，否則不發給死亡埋葬證，無法入土為安。戶警合一使殖民政府能牢牢控制治安，並且也掌握了財稅來源，誰家子弟該入學，誰家有壯丁可徵召南洋，都知道的清清楚楚。
五、經濟政策
利用「同化關稅」，就是殖民地台灣和日本之間貿易不課關稅，而外國貨和中國貨因有關稅負擔，自然競爭不過日本商品，台灣市場逐漸被日本商品壟斷。日本佔台第二年（1896），台灣對大陸沿海的貿易還達二千五百萬元，對日貿易不過六百萬元。到了1905年，對日貿易已呈一支獨秀，超越其他地區。日總督府實施專賣制度，把洋行的獨佔權全部由政府收回獨佔，再委託三井、三菱等日資獨家販賣。日俄戰國期間，老百姓被拖往戰場，無法下田工作，甚至連牛、馬等牲畜以及板車，都被徵收供作戰爭之用。日俄戰爭之後，日本國內大企業集團雖然大發戰爭財，但一般人民的經濟能力惡化很多。日本國內市場呈現不景氣。為了增加財政收入，日本加緊在台灣殖產，其中製糖業是日本企業最重要的投資產業。1905年開始，殖民政府只獎勵新式製糖工廠，藉以淘汰台灣本地人經營的糖廠。並在台灣耕地上畫出種甘蔗的區域，同一區域內不准再設舊式糖廠，結果台灣景觀丕變，幾乎全島種蔗。八十萬甲耕地，糖場佔用七十八萬五千甲，三十九萬戶農家，也幾乎全都為機器糖場工作。為了扶植糖業，台灣農民大多數被警察押著強制廉價出售土地，不肯賣地的人就被毆打、拘留。種下後來農民運動的種子。1909年林本源製糖會社事件，就是因為警察利用傳票，召集耕地所有主賣土地，甚至現場臨時開鋪刻印章，設臨時辦事處辦理登記，不使人民有藉口不賣土地，結果引起人民抗議，造成當時民政長官辭職。這種大量廉價收購土地以供日本企業使用的政策，造成富者越富，貧者越貧。土地集中於官方、日本企業及台灣的中、大型地主，反而原來只能尋找無主田耕作的農民，更失去土地依附，貧困加深。大多數臺灣人民，只得為日本企業做廉價勞工，而且同樣職位，台人工資不到日本一半。平均而言，在台的日本工人每日工資2.9日元，台灣工人1.3日元。

◎補遺：五月八日國籍抉擇更換截止日
清日馬關條約中第五條規定：「割讓與日本之地區居民，如欲在被割讓地區之外居住者，可以自由變賣其所有的不動產後遷出。為此自本約批准交換之日起，給與二年寬限期間。但於上述寬限期間屆滿時，尚未遷出該地區之居民，則任由日本國視為日本國臣民。」因此台灣割日後兩年內，台灣人得自由決定去留。又因在一八九五年五月八日煙台交換了馬關條約的批准書。是故日人決定在二年後亦即一八九七年五月八日為國籍更換的最後期限日。留在台灣者將自動取得日本國籍成為日本國民。若選擇離開台灣可將所有財產變賣免付稅而離開台灣，兩者擇取其一。

在日人入侵台灣之初前滿清官員業已爭相逃回中國，例如唐景崧、丘逢甲、劉永福等。其後台灣人知道有這麼一個國籍抉擇日的期限，一時也引起一陣的返回原居地的浪潮。返回原居地的人除台南城內居民之外，其他地區大部分居民極其平靜，好像是此事與自身無關，也因此台灣社會各安其業。儘管當時有許多的武裝抗爭，然而有心觀察者在這二年寬限期間比較日本統治者的施政方針是過去滿清統治者之無法比擬的，因此放棄離台的念頭也為數不少。 

在返回原居地的人物中，有不少【1】是志在滿清科舉功名的生員，因而返回原居地。返回原居地後，向祖籍地方官辦理歸籍手續，在一八九七年春，向泉州府呈報者已達一百六十餘人。是年適逢鄉試之年，五月八日又是台灣人定籍的期限，因此自年初開始，有志於科名的士紳即返歸中國，準備應考，例如台北大稻埕廩生陳廷樞、陳植棋、生員何世琨、陳祚年、陳作塗等。尚有一種人【2】為保留在台灣所擁有的產業，但又不甘心喪失追求滿清科舉功名之機會，於是將姓名寄回中國申報歸籍，而人仍留在台灣經營產業，至考前始返回原居地赴考，日人輿論譏之為「一身兩用」。