特別費因為具有「實質補貼」之「薪資」性質，所以立法院在２０１１年５月３日增訂會計法第９９條之１，同年月１８日總統公布施行。其立法理由為：「一、本條新增。二、近年來，各級政府機關首長特別費問題，受到各界高度矚目，也產生諸多爭議，除影響政府形象外，司法機關之偵審，外界亦有不同聲音，已對社會造成巨大的衝擊。三、特別費歷經數十年的報支及核銷等程序，已形成行政慣例，參與此項業務之相關人員如各該機關長官或其授權代簽人、報支人、承辦人、經手人、業務之主管或主辦人員、主辦會計人員或其授權代簽人、主辦出納事務人員、製票員及登記員等，對此處理方式已產生信賴，並依例辦理相關事務。因此對該等人員按照行政慣例之行為，需給予善意信賴保護。四、為杜絕社會各界之爭議及給予解除相關人員之責任，爰增訂本條文對九十五年十二月三十一日以前，前述辦理特別費報支、經辦、核銷、支用及其他相關人員之財務責任均視為解除，不追究其行政及民事責任；如涉刑事責任者，不罰。」，立法切割時點顯然經過朝野協商認可，以「九十五年十二月三十一日」劃分全面除罪與論罪的時間界線。此謂「馬英九條款」，可歸因馬市長第二任任期至九十五年十二月二十五日止，以台北市長的任期切割除罪時間點，難謂毫無量身訂做之可能。至於由十二月二十五日延展至十二月三十一日，這是配合政府會計年度（參照預算法第12條）的起迄，難掩刻意除罪的修法意圖。