小昭寺門口有售票亭（20元/人），不過參觀小昭寺的遊客較少，檢票的喇嘛並不是很認真。小昭寺熱鬧不如大昭寺，是有其歷史背景的－曾經盛極一時的小昭寺，在松贊干布死後，曾一度冷落。芒松芒贊執政時期（西元650—676年），聞知唐高宗將派兵進藏，疑奪釋迦牟尼銅像，便將佛像從小昭寺遷移於大昭寺南廂秘室中。同時，「所有住在拉薩惹謨伽寺（小昭寺）等處的和尚，一律驅逐出境。」

 赤德祖贊（西元704—755年）即位後，於西元710年迎娶唐朝金城公主。金城公主到吐蕃後，把被封藏在大昭寺的文成公主帶到吐蕃的佛像供奉於大昭寺，又取尺尊公主所攜之釋迦牟尼佛像，供奉於小昭寺。朗達瑪即位後（約西元九世紀中葉），對佛教採取了摧殘的態度，強迫出家人改裝還俗，「不願還俗者多遭殘殺，經典或埋或焚，或投河中，毀大昭寺、小昭寺釋迦牟尼像，封桑鳶寺，餘者多毀」。

不久，吐蕃各地又暴發奴隸起義，蔓延到王朝統治下的大部分地區。奴隸暴動一直持續九年（西元869—877年），吐蕃王朝從此崩潰，西藏分裂為許多小部落，互相征戰不已，佛教也一蹶不振，只有少數僧侶在家中秘密傳習佛法，小昭寺亦遭到破壞。這種混亂局面一直延續約兩個世紀，到十一世紀四十年代，印度僧人阿底峽來藏講經說法，翻譯佛經，佛教才又重新抬頭，小昭寺也得到維修保護。

元明時期，由於對佛教採取扶持政策，小昭寺又重新興盛起來，並進行大規模的維修擴建。清代史料中，對小昭寺就有介紹：「小昭在大昭北半里許，地名喇木契，坐西向東，背布達拉，樓高三層，上有金殿一座，唐公主建。公主悲思中國，故東向。內供墨珠多爾濟佛，或云內有塑像，乃唐公主肉身，座上書默寂能仁四字。鳥革翬飛，范金作瓦，殿上金瓦光輝奪目。蓮花地湧，罘鐵為簾。門前掛鐵網以為簾」。乾隆二十五年，御賜額曰：「耆闍真境」木匾。

小昭寺旁是次巴拉康寺，路邊有許多藏族人在賣桑草，寺前煨桑台冒著青煙（焚香祭祀是多種祭祀中的一種，藏人謂之「煨桑」，就是煙祭。「桑」是藏語的音譯，其意「煙」或「煙火」。至於「煨桑」，較確切的譯法應是「煙火祭祀」或譯為「煙祭」。佛經上說，神靈是不食人間煙火的，只要聞到桑煙之香味便宛如赴宴，藏語稱其為「智薩」（即食味）。所以僧俗民眾總是到寺院、山頂煨桑祭神，給神靈以美味，給自己精神解脫。煨桑材料有扁柏、小葉杜鵑、艾、青松、糌粑等物品。

對於佛祖8歲、12歲等身像，依藏族史書《柱間史》(又稱《松贊干布遺訓》)記載，佛祖釋迦牟尼在世時，弟子想使師尊的音容留存後世。佛祖同意以他8歲、12歲、25歲時的模樣造像；聖像造成後，佛祖親自開光加持並宣稱：「我的替身造像將與世長存，一如我釋迦牟尼將與世長在，造像所安立之處，便是世界的中央，外道邪說將被它鎮伏，佛教正法將長盛不衰。凡被迎請所到之處，佛的聲聞弟子及登地 菩薩們，就會像日光中的遊塵一樣，密密麻麻地聚集在聖像的周圍。這三尊佛像所供之處，大乘佛法便會自然而然地弘揚光大。」

釋迦牟尼佛涅槃後，公元7世紀兩尊佛像不約而同地匯聚到雪域高原。為感謝北朝後秦皇帝姚興資助擊潰入侵者，便將釋迦牟尼佛12歲等身像送給中國皇帝供養；後來釋迦牟尼佛8歲等身像也流入。公元633年，年僅17歲的藏王松贊干布征服青藏高原，建立強盛的吐蕃王朝，為了鞏固政權，決定與相鄰的大唐和尼泊爾聯姻。於是，尼泊爾的赤尊公主和大唐的文成公主相繼與松贊干布締結婚姻。

在布達拉宮的白宮門廳內，北面牆面上就有一幅大型壁畫，描繪的就是藏王迎娶兩位公主入藏的整個過程，白度母赤尊公主從加德滿都帶來了釋迦牟尼佛的8歲等身像（明久多吉佛像，意為「不動金剛」）；綠度母文成公主從長安帶來了釋迦牟尼佛12歲等身像（覺臥佛，覺臥：藏語意為至尊、至貴、至聖）。此時，在釋迦牟尼佛涅槃1200多年之後，兩尊佛像又在拉薩奇蹟般的相遇了。

為了安放和供奉兩尊佛像，松贊干布和兩位公主決定修建大昭寺和小昭寺。1300年前，大昭寺原是處天然湖泊，名叫「臥塘湖」；而小昭寺是「臥塘湖」北岸沼澤濕地。當年文成文公主經長途跋涉，快到布達拉宮時，載著釋迦牟尼佛12歲等身像的木車，深陷在濕地中。博學多才的公主通過曆算，得知此處原來是龍宮所在，於是決定將釋迦牟尼佛12歲等身像放置於此，也就是今天小昭寺的位置。

文成公主認為只有這樣才能鎮懾龍威，使雪域高原風調雨順，百姓安居樂業。於是，在文成公主主持下，並由隨同公主進藏的漢族匠師們，在「臥塘湖」北岸建造了小昭寺，正殿大門的朝向特意向東而開，以表達文成公主對故土的思念。佛殿取名為「甲達繞木齊住拉康」，意為「漢虎神變經堂」，後來演變成小昭寺。拉薩當地人管這兒叫做「熱木齊」，意思就是「漢人的」。

先到紅山的赤尊公主，聽說唐朝公主學問淵博，便請求她幫助推算一處風水寶地，以供奉從尼泊爾帶來的釋迦牟尼佛8歲等身佛像。文成公主依據唐代《八十五種行算觀察法》，發現雪域吐蕃的地形猶如一位羅剎魔女仰面朝天而臥的形狀，而羅剎女的心臟部位恰好就是臥塘湖，湖水正是羅剎女心房湧動的血液。於是松贊干布先在羅剎女的左右手心等四肢關節部位，修建鎮魔的昌珠寺等十二所寺廟，然後又在風水惡劣地方修建佛塔、石獅、大自在天雕像、大鵬鳥、白螺等。

當這些鎮妖伏魔之事完成後，終於確定釋家牟尼佛8歲等身佛像的安放地點--大昭寺。公元647年，藏王和兩位公主主持和發動藏、漢、尼泊爾的三國工匠們共同參與，驅使上千隻山羊馱土填湖生地。「山羊馱土填出的土地」藏語稱惹薩，後來演變成今日的拉薩，意思是聖地；這座千年古城也因此而得名，沿傳至今。由於大昭寺建造時曾以山羊馱土，因而最初佛殿曾被命名為「羊土神變寺」。

1409年，格魯教派創始人宗喀巴大師為歌頌釋迦牟尼的功德，召集藏傳佛教各派僧眾，在寺院舉行了傳昭大法會，改名為大昭寺。也有觀點認為早在9世紀時已改稱大昭寺。清朝時，大昭寺曾被稱為「伊克昭廟」。相傳小昭寺與大昭寺同一天開工，同一天竣工，同一天正式開光使用，並沒有大小之分。

據史料記載：小昭寺早期建築幾度遭受火災又幾經修復，原建築早已不存，現在的殿堂是後來建的。最令人痛心的是在1966年其間，供奉在小昭寺的釋迦牟尼8歲等身像，被紅小將們用鋸子從肚子上鋸成兩半，供奉在裡面有2500年歷史的珍寶和佛經就此消失無影。後來十世班禪在天津一個倉庫中尋得上半身，在西藏尋得下半身，才加以修補並重新開光，仍供奉在小昭寺內。但藏族佛教信徒認為佛像已失去原有靈性，不再代表佛主本人，朝拜的人數驟減，小昭寺門庭冷落。

小昭寺的建築：

風格融合了漢藏式建築特點，其前部為庭院，後部是神殿及其門樓、轉經回廓等附屬設施。門樓高三層，底層為寬敞的明廓，有10根大柱（直徑0.8公尺），皆為十六棱形。柱身有三條銅箍，銅箍面上透雕花瓣。柱上半部雕有繁縟的花草紋，柱頭上浮雕寶珠、「回」字紋、花瓣及連續的「六字真言」。前四排大柱的柱栱上浮雕海水雲龍紋。

明廓後部壁上繪有四大金剛（即四大天王）和六道輪迴圖，棕色的兇惡明王抱著一個巨大的車輪，巨齒獠牙銜著輪的上部；大輪分成三層，圓心畫蛇、鳩、豬等，內輪分為六格，即六道，最外層又有十二個畫面，稱「十十緣起支」：即無明、行、識、名色、六處、觸、受、愛、取、有、生、老死）、極樂世界圖等壁畫；門樓二三層是僧房和經堂等。穿過門樓即是繞神殿一周的轉經迴廊。迴廊南、西、北三面豎有木製嘛呢輪，廓壁上也遍繪無量壽佛、白度母等壁畫。

神殿高三層：底層分為門庭、經堂、佛殿三部分。門庭內左右為隔門小房，右間是放吹器的地方；左間是配殿，內供有石榴樹枝做的貢布色懂馬塑像。中間是四柱寬的空廓，傳說原來其中一根柱上掛有文成公主手印的石板，另一根柱上掛有護法畫皮兩張。四柱皆為圓形大柱，大柱小栱兩側各雕一大力士，力士作承托支撐狀。柱頭大栱上雕有獅子和圓形升雲紋、花瓶等。有的柱頭小栱兩則浮雕象徵性的獅子和人像。門上舖首如鈸形，上有二龍戲珠圖案。橫樑上皆寫梵文六字真言。這些雕刻古樸端莊，體現了早期內格特徵。

門庭後面為經堂，進深7間面闊3間，30柱，柱下皆有石柱礎。其中中部4根大柱直通二層之上撐起高敞天窗。柱高6.2公尺，直徑0.46公尺；其餘26根柱子高2.8公尺，直徑0.48公尺。柱頭皆為卷雲紋、寶珠、蓮花紋等雕飾。集會堂天井正對的一排檁頭上原雕有28只臥獅，現存27只，係全雕和半雕；腹腔上有底座，裝飾四瓣或八瓣蓮花。集會堂四壁曾遍繪釋迦牟尼、千尊佛等。西後淨室門口南面供塑有捨利弗與目犍連兩大弟子孫靈塔及高0.4公尺的銅鎏金密集金剛造像、泥塑的傑尊·貢嘎頓珠造像；北面供有高1公尺的吉祥金剛怖和能仁佛、藏巴拉等佛像。

淨室門口兩側還供有四大天王泥塑像。最後部是佛殿，內2柱，無柱礎，面積23.5平方公尺。大柱表面用麻繩纏繞之後又用2～3公分的泥皮塗抹，可能是防腐、防火的措施。柱頭雕有蓮花寶座，柱頭小栱上則無裝飾，具有明顯的早期特點。四壁的壁畫多為線描盤腿坐形象，筆法流暢生動。大殿的牆壁均用大石塊夾小石片砌成，厚1～1.3公尺。殿內供有尼泊爾墀尊公主帶來的銅鎏金不動金剛佛和八大隨佛弟子泥塑像，以及兩大忿怒力士、宗喀巴塑像。

佛殿後部和兩側還繞以密閉回廓，偏窄、較高，具有早期佈局特徵。神殿第二層前前為僧舍，中部為大經堂天井，天井之後為供佛大殿，6柱，內供桑傑魯王甲後、十六尊者及經書；裡面還有一大殿，8柱，內供藥師八如來和《甘珠爾》佛典，北面供奉有救度母及其他佛像。神殿第三層前面為達賴喇嘛到該寺的專用住房，共6間。後部則為金頂殿，殿門向東，面積約54.5平方公尺，內有明柱兩排8根，左右開小窗。殿左右及後部有一周狹窄回廓，以木欄相圍。金頂為漢式風格，屬歇山式，以鬥栱承托；金頂垂脊末端套有羯摩魚頭，是為套獸。殿內門窗壁畫、柱子等則是藏式風格，體現了藏漢建築的巧妙結合。

最後部是佛殿，內有2柱，無柱礎，東西長4.35公尺，南北寬5.4公尺。大柱表面用麻繩纏繞之後，又用2—3公分的泥皮塗抹一層，可能是防腐、防火的措施，而大柱3公尺以上的部分則不包泥皮。從部分脫落泥皮的地方觀察，細麻繩還較結實，而大柱已有腐朽現象。柱頭雕有簡單的蓮花寶座，柱頭大小拱上則無裝飾，似為早期裝飾特點。四壁的壁畫，被油煙熏得一片漆黑，在門框內牆上還依稀可見一些線描施禪定印、指地印、無畏印佛像，筆法流暢生動。

殿門為鐵網，大殿的牆壁均用大石塊夾小石片砌成，規整別緻，牆厚1—1.3公尺。殿內供有尼泊爾赤尊公主帶來的銅鎏金不動金剛佛，還有泥塑八大弟子、兩大憤怒力士和宗喀巴塑像。佛殿後部和兩側還有密閉式迴廊，迴廊窄而高，佈局很有特色。神殿第二層前部主要是僧舍，其中堪布住房位於中心偏裡的套間裡。中部為大經堂天井，天井之後為供佛大殿，大殿內有6柱，明柱敞廳，在其左右各開一小門，內供桑傑魯王甲布、十六位長者及經書等。