進化論者一直試圖使用『比較解剖學』說明各類生物演化過程。最常聽到的例子之一是就人的手臂骨骼、海豚的肢鰭骨骼、蝙蝠的翼骨骼及鳥的翅骨骼，外形似乎差異很大，但其基本構造類似，只在骨頭的數目、大小或長度上有些不同（如上圖摘自南一高中基礎生物下冊圖5-27）。進化論者認為像這類生物為了適應環境，演化出外觀或功能不同，但基本解剖構造相同的器官，稱為同源構造。而這些同源構造記錄著演化的訊息，擁有同源構造的生物代表源自於某一共同祖先(註1)。然而如果我們使用這種比較解剖學比較各類生物，卻可能為進化理論製造出更多矛盾喔！這些矛盾就如：若以比較解剖學的觀點看『循環系統的相似性』：人類與蚯蚓較為相似。若以比較解剖學的觀點看『神經系統的相似性』：人類與蒼蠅、蟑螂較為相似！

   越比較，生物的進化途徑的矛盾可能越多

  容我問這個問題：人類與蚯蚓有許多相似處，而人類比較高等，所以人類是從蚯蚓這樣的原始生物演化而來的嗎？這個問題看似很好笑，卻值得我們深思。因為如果依照進化理論中「比較解剖學的相似性高可能具有演化上的親緣關係」這樣的論點看來，人類(脊索動物)、蚯蚓(環節動物)與烏賊(軟體動物)的相似性也頗高，具有以下之共同相似性：

1.三者均為「閉鎖式循環系統」(參見以下之生物小辭典1)，不只擁有心臟、動脈、靜脈等構造，並且尚有微血管網密佈全身，紅血球無法流出血管之外。而開放式循環系統則並無微血管之構造，血液與淋巴液混合為一，以血淋巴液循環全身。

2.三者均有較為集中之神經系統。脊索動物有較高等的神經系統，包含腦、脊髓、神經與受器。其中腦與脊髓為含有許多神經細胞的集中式協調中樞。蚯蚓之「咽上神經節」類似原始的腦，為控制感覺與運動之中樞，也有咽下神經節作為神經反射之中樞。烏賊也有腦，神經纖維還因為非常粗，被拿來做生物學研究，章魚則是最聰明的無脊椎動物，腦當然很發達，智慧很高呢！

3.二者(人類與蚯蚓)排出之含氮廢物均含尿素。

若按照進化論「低等演化為高等之比較解剖學」的觀點，以上這些共同特徵應該能證明二者可能有演化上之親緣關係。然而在現行多數生物學者所接受的演化系統，依照各類生物胚胎發生的特徵，人類與蚯蚓卻必需屬於截然不同的兩個演化分支。前者(人類)屬於真體腔的後口動物，(生物小辭典2)而後者(蚯蚓)卻屬於真體腔的原口動物(生物小辭典3)，兩者應完全不屬於同一條演化途徑！然而吊詭的地方在這裡：既是不同的演化途徑，怎麼會演化出相同的構造呢？

進化論者的解釋是：動物發育中胚胎原腸期的胚口變為肛門（後口動物）或嘴巴（前口動物）是更重要的分類特徵，因此他們放棄了人類(脊索動物)和蚯蚓(環節動物)的其他相似性。他們認為哺乳類動物與蚯蚓之間發生了所謂的『趨同演化(Convergent Evolution)』，才會演化出像閉鎖式循環系統這樣的共同構造。然而進化論學者要如何解釋以下這些矛盾：

1.依照演化觀點的『循環系統相似性』看來，應該低等的環節動物(蚯蚓)演化出較高等的脊索動物(人類)

2.依照演化觀點的『胚胎發育的歷程』看來，環節動物(蚯蚓)與脊索動物(人類)卻竟然非常不具有演化上的親緣關係

此一情形說出進化論學者使用「比較解剖學的相似性高可能具有演化上的親緣關係」這樣的演化判定標準其實是會產生邏輯上相當大的相互矛盾。古生物各類生物進化的事實若真實存在，不應有如此不合常理的情況發生才是。

  人類與蒼蠅是屬不同的演化分支，卻都演化出具有腦部的『集中神經系』

   我們再進一步從神經系統演化來看，類似的問題依然存在。通常較散漫的神經系統(如腔腸動物之水螅，只有神經網路)被認為是較為低等的，較集中神經系統(有腦的構造)則被認為是較為高等的。因此我們是否可以認為有集中神經系統的人類(脊索動物)和有集中神經系統的草蝦(節肢動物)和蝸牛(軟體動物)、可算為是近親嗎？這三者不只有集中神經系統，而且皆有明顯的頭化現象，有明顯的頭部。其實擁有集中神經系統的除了脊索動物(如人類、鳥類)以外、尚有環節動物（如蚯蚓）、部份軟體動物(如蝸牛)、甲殼綱(如螃蟹、草蝦)、昆蟲綱(如蒼蠅、蟑螂)。按照成功大學生命科學系的研究(註1)：螳螂蝦(蝦蛄)是目前已知的生物中，擁有最多不同感光細胞的生物，許多螳螂蝦的眼睛裏有偵測12種不同波段的感光細胞。這數目除了遠超過精確辨識顏色所需，感光細胞接收到的資訊也超過螳螂蝦小小的大腦所能處理。因此這些節肢動物的神經系統與脊索動物的神經系統不只高度複雜，同時也是極為類似的！那麼進化論者為何不能用比較解剖學比較人類與蝦蛄神經系統的相似性而探索至兩者的演化關係呢？再者，照進化論者所主張的比較解剖學的觀點來看，若是擁有集中神經系統可算為近親，那人類應該與蒼蠅與蟑螂是近親才對啊！我們要問的是：既是不同的演化途徑，怎麼會演化出相同的構造呢？這不是進化論者簡單用『趨同演化』這四個字可以含混解釋的。

從比較解剖學來看：人類與蜘蛛、蝸牛都有肺，所以是演化的近親？

   再從呼吸的構造來看，人類(脊索動物，後口動物)、蜘蛛(節肢動物，前口動物)與蝸牛(軟體動物，前口動物)共同具有肺的構造。若單從演化出肺的相似性而言，蜘蛛與蝸牛是否也可算為人類的「演化祖先」？所以此點問題也相同：既是不同的演化途徑，怎麼會演化出相同的構造(肺)呢？

   生物擁有近似生理構造就具有演化上的親緣關係嗎？進化論者用『比較解剖學』想找出找古生物廣進化的軌跡，其實可能反而製造出更多問題。筆者要問的是：生物的演化若真曾發生過，為何生物的分類會如此困難？生物分類上的困難無疑說出：牠們彼此之間或許根本不具有演化上的關聯性。換句話說，這些『A演化為B』的演化歷史可能根本就不曾存在。之所以會有所謂的『系統演化樹』則是因為要讓進化論可以『自圓其說』罷了！進化論者應該要等到更多化石證據呈現出來，才能夠推論生物彼此演化關係。但是不幸的是：寒武紀大爆發(約5.3億年)之前的20多億年的化石極度空缺，卻是對進化論解釋古生物進化軌跡是極為不利的啊！因為這些化石若存在，恐怕就不會有『寒武紀大爆發』這個名詞出現了！

註1 摘自南一高中基礎生物下冊課文第5章『演化與生物多樣性』

註2  A Different Form of Color Vision in Mantis Shrimp. Science 2014.1月

生物小辭典

1.閉鎖式循環系統(closed circulation system)：閉鎖式循環系統為具有微血管網的循環系統，和不具有微血管的開放式循環系統不同。具有閉鎖式循環系統的動物包括環節動物(如蚯蚓)、棘皮動物(如海星)和脊椎動物（魚類、兩生類、爬蟲類、哺乳類與鳥類），他們的血液完全限制在含有微血管的血管系統中流動，與開放式循環系統(血液流出血管外，在體腔內流動)不同。

2. 後口動物(Deuterostomia)：在胚胎發育時，胚胎原腸期的胚口發育為成體的肛門的此類動物，稱為後口動物。牠們包括脊索動物（其中脊椎動物佔大部份）與棘皮動物。

3.原口動物(Protostomia)：胚胎原腸期的胚口發育為成體的嘴巴的此類動物，稱為原口動物，又稱前口動物。牠們的種類較多，包括軟體動物（如文蛤）、扁形動物（如渦蟲）、環節動物(如蚯蚓)與節肢動物(如蝦、蝗蟲)。