隨著一八九五年五月，日軍在鹽寮海岸登陸，日本在台灣的勢力也逐漸發展開來。除了最初登陸的軍隊、官員之外，在結束台灣的鎮壓行動後，許多擁有不同專長的日本人，也紛紛跨海來台，為建設這個日本帝國的新殖民地而努力。

二十九歲的青年伊能嘉矩，生長在日本岩手縣的一個書香世家，他寫信給日本當局，要求前來台灣。他的理由是：如果要統治台灣，一定要了解台灣的居民，而台灣的居民中，以漢人最容易統治，原住民則須先進行詳細調查，再制定因應對策，他自信可以不畏艱難，深入山中調查原住民。或許是伊能嘉矩研究的誠意感動了日本當局，他在一八九五年以陸軍省顧員的身分來到台灣。

來到台灣之後，為了方便與台灣人溝通，伊能嘉矩開始學習福佬話，再透過泰雅族女性朋友的介紹，首次進行泰雅語言的研究。之後，伊能嘉矩將研究的觸角遍及全台的原住民，著手調查台灣各原住民的語言，不但把調查成果編成《台灣蕃語集》，並將原住民語言與馬來語做比較，從中證明台灣原住民語言其實是屬於馬來語系。此外，為了更貼近台灣的原住民，伊能還親自深入台灣山區。除了一八九六年(日本明治二十九年)在台灣北部進行短暫的調查之外，並於一八九七年(日本明治三十年)開始進入深山，進行一次為期兩百多天的調查活動。由於當時台灣的原住民仍有獵人頭的習慣，加上台灣各地仍不時傳來零星的抗日事件，伊能的行動無疑是充滿驚險的冒險之旅。

在這段長達兩百天的調查中，伊能走了將近五百里的路，從北部到南部，從南部到東部，甚至遠赴離島蘭嶼。那時台灣的交通條件還不發達，行旅通常都是遇溪則不畏溪流湍急而涉水，遇山則不畏山勢陡峭而爬山，遇海則不畏海象險阻而乘船。就這樣，伊能嘉矩從一個原住民部落到另一個部落。雖然調查過程非常辛苦，成果有時候也不如預期，但卻不能阻撓伊能嘉矩的腳步。

在這次調查行動中，伊能嘉矩詳細記錄了原住民的語言、宗教、風俗語生活習慣，並開始著手進行研究。當時伊能嘉矩居住在台北的南洋商會旅館，幾乎足不出戶，終日在旅館內進行研究，除了學術的討論，幾乎斷絕與朋友之間的交往。也因為伊能嘉矩不太理人，因此與館森袖海、小泉里平被合稱為「三大怪人」。

伊能嘉矩對於原住民的人類學研究終於有了收穫，他根據語言、體質、風俗、漢化程度等不同指標，將台灣的原住民區分成不同的族群。伊能嘉矩的分類不但獲得總督府的認可，也影響了日後台灣的原住民研究，一般將台灣原住民區分為九族的說法，就是建立在伊能嘉矩的研究基礎上。除此之外，伊能嘉矩也發現原住民的漢化程度與部落的地理位置有關，像台灣北部山區的原住民語外界較難溝通，因此漢化程度較低。至於一些與外界較易溝通的地方，漢化程度就較高，伊能嘉矩發現，清代將原住民分類為生、熟蕃，並不符合科學原則。

為了詳細且科學地調查台灣各地的原住民，伊能嘉矩訂定了相當嚴苛的調查三大原則，例如規定自己就算是生病，也要有始有終地完成調查工作，所以當伊能嘉矩有一次要從鳳山走到打狗(高雄)，途中遭遇了暴風雨，身體與行李都濕透了，並因此感染瘴氣，但他仍然忍著疼痛，在床上整理當天的調查紀錄。

伊能嘉矩的調查工作不但嚴謹，為了追求正確客觀，還不時向日本在台的研究者討教，甚至向在台的傳教士、外國領事、前清的官員等探詢，目的只為了找出最正確的答案。鑒於有許多重要的資料，在台灣人與日本人的武裝衝突中散佚，伊能嘉矩致力於向國外購買與台灣相關的圖書，並四處向台灣仕紳徵求各種珍貴的資料；也利用在台灣各地旅行的機會，探勘古蹟與寺廟，抄寫各地碑文，蒐羅各地契約、字據等，使得不少珍貴的史料得以保存，而伊能嘉矩也根據這些資料，撰寫了《台灣志》，介紹台灣的歷史。

一九二八年(日本昭和三年)，一本涵括伊能嘉矩一生讀書心得的《台灣文化志》終於出版，共分為上、中、下三卷，幾乎包括了台灣所有的歷史。然而遺憾的是，伊能嘉矩無法親眼看到這本書出版，因為他早在一九二五年(日本大正十四年)因病去世，這本書之所以能問世，是伊能嘉矩的妻子在檢查伊能的遺物時，無意中在書房發現了這份書稿，上面並寫了表示已經親自完成校稿的「校了」兩字。

這本台灣史巨著，不但獲得廣大迴響，並奠定了伊能嘉矩在台灣研究中的不朽地位，直到現在，《台灣文化志》仍是從事台灣研究者必須參考的書籍。(謝仕淵、莊天賜、李筱峰)