出生於陸奥國胆澤郡塩釜村(今岩手縣奥州市水沢区)，畢業於福島的須賀川醫學校，後來進入當時的內務省衛生局服務。之後曾留學德國兩年，並苦讀得到醫學博士學位。曾任台灣總督府民政長官、東京市長、南滿鐵道會社總裁、外務大臣、內務大臣等要職，1928年封為伯爵。在台灣民政長官任內，輔佐軍務繁忙而無暇他顧的兒玉源太郎總督，奮力治政，實際掌握台灣政治，促進台灣農業、工業、衛生、教育、科學、交通、台灣警政等建設發展，奠定日本治台基礎，也為台灣的近代化作出了極大貢獻。

後藤在擔任台灣民政長官任內，進行土地調查，戶口普查，風俗習慣調查，推展生物學的殖民政策，促進科學與農業、工業、衛生、教育、交通、治安警察等發展，並招撫抗日份子，攏絡台灣門閥士紳，奠定日本在台灣往後的統治基礎。

後藤新平對台灣的建設，可以說開始於醫療、衛生的改善。1895年，他受聘擔任台灣總督府衛生顧問時，就著手規劃關於鴉片政策、衛生、自來水、下水道等建設。

接任民政長官之後，後藤秉持「生物學原則」，開始大規模地進行的調查與建設。後藤常對人說道：「治理台灣的方式絕對不是把成功的日本經驗套在台灣人民身上。我們以生物學上的比目魚為例，比目魚的兩眼長在身体的同一邊。若你一定要把比目魚的眼晴改裝在身体的兩邊，那就是違反了生物學的原則。比目魚眼晴之所以長在同一邊是有生物學上的必要才產生的。在政治上亦同，我們必須先了解台灣人的習性，依據其習性定出一套管理辦法才有效。」

因此後藤掌權後就根據這個「生物學原則」，設立社會科學調查機關的「臨時台灣舊慣調查會」並進行地籍調查和人籍調查。再依據所得的報告設計治台方法及相關的法律。在台灣舊慣、土地，與戶口的調查方面：舊慣調查，為台灣的文化、風俗、民情、律法留下重要的紀錄；而土地及戶口調查的全面與精確，不但成為日本殖民統治與建設的重要基礎，其影響甚至延續到戰後國民政府在台灣的施政。且這部份發揮在消滅台灣義民軍(日人稱為「土匪」)上有極大的幫助。

◎戶口調查：明治29年8月訂「台灣住民調查規則」，歷經近11年訪查，於明治39年元月15日編定戶籍，自此台灣戶籍登記始有公信力；

◎土地調查：明治31年7月訂「台灣土地調查規則」，歷經近8年訪查，於明治38年5月制定「台灣土地登記規則」，自此台灣土地登記始採權利登記制。

後藤新平為了完全了解所殖民的地區人民的行為舉止、道德倫理、風俗習慣，花了大批人力完成了台灣舊慣調查會的報告。在舊慣調查中指出清國奴的弱點是驚死(怕死)、愛錢、愛面子。

可是事實上台灣的土匪(義民軍)並不怕死，為此與心腹古莊嘉門商討，結論是「愛錢是人類的天性，任何族群都有，只是深淺不同，中國的秦始皇他的帝國是用錢買來的，所以驚死、愛錢、愛面子是針對著士紳階層而言。但在台灣這群土匪全都不怕死。漢民族受到異族人即是滿人的入侵，進而統治漢民族，並沒有發出大幅的民族意識抗拒外族，這又是與驚死、愛面子十分有關。」

達成以上的結論後，後藤新平的施政方針即修改為「總督府的策略是運用清國遺下的士紳份子，利用其弱點怕死(驚死)、愛錢、愛面子為出發點，先以怕死及愛錢有如利刃的兩面，將這群士紳死心踏地的制服，再由這群人向不怕死的台灣土匪進行遊說。士紳為了愛面子自然會使出渾身解數，盡出全部力量達成我們的要求。以瓦解運用台灣民族意識來對抗日本人。」後藤新平因此提出「治台三策」，分別為：

一、台灣人貪生怕死，得用高壓手段威脅。

二、台灣人貪財愛錢，可用利益誘惑。

三、台灣人非常愛面子，可用虛名攏絡。

並以此採用「糖飴與鞭」的兩手策略，一方面以嚴刑峻法對待異議人士，另一方面積極致力於建設台灣經濟。

後藤新平召集了台灣舊慣調查會的人員將這疑點提出要求詳盡的解釋。沒有多久另一份報告來說明愛面子的說明。

「支那人推崇儒教，儒教的教義是崇孝尊王，以家庭倫理深深束縛個人的自由意念，進而甘服帝王的獨裁專制。如君臣而言，君是天，臣是地。君要臣死，臣不死則不忠，教臣民做到岳飛式的愚忠。如夫妻而言，夫是天，妻是地，男人七寶之身，女人五漏之體，男人可三妻四妾，女人則必須從一而終。女人在家從父，出嫁從夫，夫死從子，此就是支那人的「三從」。孔子的學說是以孝作為百行的準繩，萬善孝為先，任何作為皆以「孝」為起發點。譬如說： 未仕官前在家時，奉侍爺娘謂之「孝」，出任以後在朝廷輔佐君王也是「孝」(盡忠報國使父母安心)，因此孝的範圍是極大而包羅萬象的。它使家族制度與專制政治糾纏在一起形成一體。支那的歷代君王深知儒教有助政權的鞏固，樂於見到尊孔。滿人入關以後馬上將孔老夫子搬出來，又是開放科舉制度，特別開放博學鴻儒科，漢民族於是變成清國奴二百多年。既然台灣人的舊習慣是依從儒教，所以愛面子成了一項台灣讀書人的弱點。但從另一方面來觀察，沒讀書的人就沒有儒教的束縛，所以弱點的顯示也跟著顯著地減少。」 

在產業上，後藤新平選定了在台灣原本就有基礎的糖業，引進新式製糖技術、經營模式，以及大量資本，促使台灣糖業蓬勃發展。並大力推動鐵路、海港、公路等交通建設。今天的縱貫鐵路，絕大部分就是在他的任內所完成的。在台灣林業史上曾經扮演重要角色的阿里山森林鐵路，亦是後藤新平主導興建的。

後藤新平對當時台灣人民的管理也是利用「生物學」作為統治原則，但做為一位殖民地政府的決策者，後藤新平在台灣所推動的政務與建設，其出發點自然不可能是為殖民地人民謀福利；相反地，殖民色彩相當濃厚。譬如：他所推動的各項交通建設，主要目的可以說是為了建立商品運輸網路，甚或說商業利益剝削網路；阿里山森林鐵路的開闢，其實是著眼於豐饒的森林資源；而大量的日本母國資本投入台灣糖業，則是使得台灣本土的糖商與蔗農遭受不平等的對待。

台灣及台灣人民在後藤新平長達八年的實際統治下，逐步將台灣內外環境，改造提昇成符合現代化的資本主義地區。也將促使台灣財政不用依賴日本的挹注。到了1904年(明治37年)，台灣財政已可完全自主，無須日本中央在行補貼，甚至一些公共建設還比日本內地還要先進，例如當時的台北地下水道覆蓋率以是亞洲第一。國立臺灣博物館入口大廳右邊一龕位原置放其銅雕像，目前已移除改放於頂樓展覽廳與兒玉源太郎銅像一起展示。

後藤新平與孫中山

1900年中國革命黨孫中山計劃在廣東惠州起義，時臺灣總督兒玉源太郎贊同孫中山的計畫。於是兒玉總督命令民政長官後藤新平協助孫中山進行革命。後因日本內閣改組，反對支持革命，導致惠州起義失敗，孫中山於11月10日化名「吳仲」，與後藤新平同行乘「橫濱丸」自基隆啟航返回日本。