前節述及增加比福多菌的第一個方法是食用含有比福多菌菌體的製品，這包括攙有比福多菌菌體的奶粉、麥片粉...等食品或直接以比福多菌菌體製成的粉末、錠狀製品。

直接食用以比福多菌菌體的製品，因為其本身仍處於活菌狀態，對增加菌體數量有即時性的效果。但由於人體的比福多菌菌屬有許多種不同的型，而且即使是同一個人，其體內的比福多菌菌型都會隨著時間而有所變異，因此並非每個人所需要的比福多菌均相同，這是以食用比福多菌菌體製成的產品作為菌數增加所面臨的第一個問題。另外，比福多菌菌體直接由口攝取，勢必經過消化系統的層層考驗，在到達大腸之前已經泰半被強酸所殺死，因此，頂多只有極小部份能安抵大腸。更不幸的是，這小量好不容易才到達大腸的比福多菌很快的會在所謂「生物體恆常功能」（註）作用下，又被強制排出體外。

基於上述理由，直接食用比福多菌菌體製品，只能應急，而無法真正達到增加腸道內比福多菌定殖的效果。因此，在醫學上，此類製品乃應用在治療上，而不定位在增加宿主體內的比福多菌數量。