由於前曾提及，市場上存在一些不當的紫外線殺菌燈應用設計，將紫外線殺菌燈應用在生飲水的淨水器上，並非紫外線殺菌燈不可以應用在淨水器的殺菌流程，而是必須很清楚的了解紫外線殺菌特性，才不至於弄巧成拙。當紫外線應用於水中時，殺死相同量大腸桿菌所需要之幅照強度要比乾燥空氣中大 3--30 倍，主要因素取決於水之透明度及輻射可透入水中之距離。

下表為 不同透明度的水質與紫外線輻射深度 ：

就上表觀之，水的透明度影響紫外線輻射深度極鉅。如果紫外線殺菌燈的設計位置不正確（比如說：將之設置於過濾前），或者是通過紫外線殺菌燈燈管表面的水所含雜質過高，希望得到良好的殺菌效果，必然難以獲致滿意的結果。

紫外線之穿透能力，會因中間的任何物質，包括紙片、鉛玻璃、塑膠、水中雜質等隔層而大幅減低照射強度。因此燈管上之灰塵、油漬都會直接影響其穿透能力。所以新燈管在使用前，應用沾以 75% 酒精的紗布擦拭，清除油漬、手汗及灰塵。使用中之燈管、石英管應定期擦拭清潔，以免影響紫外線穿透率及照射強度。

使用紫外線燈管的注意事項：

紫外線既然對細菌有殺傷力，對人體同樣有一定之傷害，人體最易受傷之部位是眼睛之眼結膜，引起結膜炎之最低劑量約 5MJ/CM2 。最好在任何時候都不要用眼睛直視點亮中之燈管，以避免受傷，萬一必須要看時，應用普通玻璃 ( 戴眼鏡 ) 或透光塑膠片，作為防護面罩。千萬勿錯用石英玻璃（因紫外線可透穿石英玻璃），而紫外線對普通玻璃幾乎 95% 無法透過，所以具有相當程度之保護作用。一旦受傷，不必驚慌，面部灼傷，幾天後表皮脫落，不藥而愈。眼睛受傷，會紅腫、流淚、刺痛，約三、四天才能痊愈。不論如何，一遇到傷害，請務必立即至醫生處求診。

目前所知，國內尚無紫外線殺菌燈管的專業生產工廠，主要原因是石英玻璃管，完全須要進口，材料成本高。由於石英玻璃的熔點極高，約高達 1700C o 左右，而低壓放電燈之燈絲上應含之電子輻射物質，卻只能耐溫 1200C o ，製造加工過程控制不易，損壞率甚高。如果生產工廠的品質管制不夠嚴謹，使用者將蒙受其害。由於一般使用者並無法評估紫外線燈管的品質良劣，因此有些生產燈管的工廠也會刻意將不良品以低價出售，甚至不良的下游工廠刻意採購此種低成本的劣質品，不得不防。