人之所以死後能被奉祀為神，生前定是做了不少利益眾生之事，造福了很多百姓，不然就是做了什麼捨生取義或殺身成仁的偉大事蹟，才會這麼受人尊崇，像在雲林虎尾這座「清雲宮」，規模幾乎等同當地的庄頭廟一樣，甚至連廟前路名都以「清雲」命名，可見所奉祀的「清雲伯」和「清雲姆」對地方的貢獻有多大，是多麼地受百姓敬重。

但「清雲伯」又是何許人也？

原來祂姓黃名清雲，字臣之，原籍福建安溪，明崇禎年間，曾任兵部職方司。

明崇禎十七年（西元1644年），滿清入關，崇禎帝在北京自縊而亡，祂也隨著從洛陽逃出的福王子朱由崧來到了南京，後來眾臣擁護朱由崧為帝，並改年號為「弘光」。

沒想到隔年清軍就攻破南京，弘光帝被俘，於是不願降清的黃清雲，便再度南去來到廈門，主動投效鄭成功之父鄭芝龍。

而鄭芝龍得知弘光帝被俘，擔心百姓聽到了這個消息，定認為山河恢復無望，恐寧作太平犬，也莫為亂世人，所以得趕緊另立新主，才能師出有名，使萬民歸心，之後再興北伐。

於是便與禮部尚書黃道周等朝臣，扶持唐王朱聿鍵於福州登基稱帝，再改年號為「隆武」。

南明隆武元年（西元1645年）八月十七日，鄭芝龍帶兒子鄭成功覲見隆武帝，隆武帝對鄭成功讚譽有加，立即擢升鄭他為御營中軍都督，贈尚方寶劍，並賜國姓朱。

而鄭成功也不負所望，屢次出征皆傳捷報，再封鄭成功為忠孝伯，賜尚方寶劍，掛招討大將軍印，鎮守仙霞關等軍事重地。

但好景不常，南明隆武二年，也就是清順治三年（西元1646年）五月，清將博雒貝勒率兵征浙、閩。

七月庚申清兵陷金華，八月甲申陷建寧，武毅伯施天福、武功伯陳秀、靖安伯郭熺降清，連鄭芝龍也向清軍投降，隔年破仙霞關，南明隆武政權徹底被覆滅後，鄭成功即擁朱由榔在廣東肇慶登基稱帝，年號「永曆」。

無奈永曆帝朱由榔為避清軍，流亡緬甸，即使如此，鄭成功仍矢志效忠明室，打算以台灣為復興基地，於是在永曆十五年（西元1661年）三月乃領兵二萬自金門出發渡海攻打台灣，黃清雲亦隨之渡海驅荷闢台。

四月五日登陸鹿耳門將荷蘭人驅逐，沒想到十二月初三永曆帝卻被逮，送交吳三桂，南明政權瓦解，但鄭成功不忘其志，在台灣建立政權，即改赤崁為「東都明京」，設承天府及天興、萬年二縣，仍沿用「永曆」年號，並以反清復明為終生抱負，無奈壯志未酬身先死，隔年五月八日，鄭成功就因病逝世，年僅三十九歲。

這時在台灣的黃昭擁立鄭成功之弟鄭襲繼位代理，以定軍心。

但駐守廈門的鄭成功長子鄭經卻不服，就帶著陳永華、馮錫範一同進攻台灣，擊敗黃昭的軍隊，結束這場內鬥，正式繼位延平王，並任命陳永華為諮議參軍。

可是，面對之前荷蘭人未積極開發的台灣，鄭經眼看台灣仍是荒蕪一片，他也不知該如何是好？

而這時，陳永華看出了鄭經的憂慮，於是說道︰「其實世子也不必過於憂慮，臣發現台灣土地肥沃更勝閩粵，只要『寓兵於農，兵農合一』，將軍隊分派到各地去屯田開墾，就不用擔心糧食匱乏的問題了。」

「復甫真乃今之臥龍也，這主意實在是太好了，如此一來，我軍不但能自給自足，還可以駐守各地開發台灣，真是一舉多得啊，好，就依先生之見，即刻執行。」

就這樣，鄭經廣行屯田制政策，分派眾部將至台灣各地屯兵開墾。

此時鄭成功曾授予「右弼參軍」的林圯卻自動請纓，願率兵前往內山屯墾，而黃清雲也願意隨同，於是就與右弼參軍林圯率兵數百餘人，從台南出發往北遠征。

就這樣，漢人拓墾隨著林圯的腳步，漸漸擴展到了「打鹿」（今斗六），雖然一路上常遭到原住民的襲擾，林圯仍努力的開疆闢土，只是糧食生產的數量，還是遠遠不及人口的食量，因此，林圯便把腦筋動到阿拔泉溪（今清水溪）對岸的東埔蚋（今竹山）。

但橫亙在林圯眼前就是一道天險，該要如何渡過河水滔滔不絕向西奔流的阿拔泉溪？

因此林圯開始想辦法渡河，可是岸邊沒有任何船隻可供使用，也沒有樹木可作為渡船的材料，後來黃清雲發現山坡上長滿了竹子，便向林圯建議，可以砍下竹子做成竹筏，便可渡過阿拔泉溪。

林圯接受黃清雲的建議，果然順利渡過阿拔泉溪，來到了東埔蚋（今竹山），看到是一片肥美的草原，林圯一行人非常地高興，立刻率領部下開始開墾種植穀物，建立屋舍，認為美好前景就在眼前。

可是沒想到在明永曆二十二年（西元1668年）十月，林圯眾人被原住民團團包圍在竹圍中，而這時糧食也快吃完了，於是眾人商議要棄守土地回到打鹿，林圯卻認為不可，畢竟這塊土地是不辭勞苦、拚死拚活才得到的，怎可輕言放棄，就這樣，林圯仍死守竹圍，靜待打鹿方面救援。

豈料此時阿拔泉溪河水暴漲，黃清雲數次率眾渡溪卻無功而返，過了幾天，林圯眾人的糧食都吃完了，力氣也耗盡了，無法再作抵抗，最後待黃清雲率援軍來時，他和部下數十人，早已遭到原住民所殺害，所以，為了紀念林圯，後人就把此地稱為「林圯埔」（今竹山）。

為此，黃清雲覺得自己難辭其咎，而深感愧疚，所以便離開了打鹿，歸隱在大坵田堡尾寮（虎尾溪北方）。

由於黃清雲允文允武，又通曉岐黃之術，不僅在教導孩子們讀書，還常替鄉親治病，佈仁施義，濟弱扶傾，地方百姓敬其如父，故以「清雲伯」喚之。

豈料，在清康熙二十年（西元1681年）竟爆發癘疾，病情非常慘重，清雲伯與清雲姆為施救患者，日以繼夜，廢寢忘食，結果反而雙雙染疾，不幸先後病逝，享年五十五歲。

因此當地民眾感念其恩，乃倡議建廟奉祀，就這樣，慢慢由小廟蓋成了大廟，但香客仍絡繹不絕，善信出入為艱，因此才在民國六十八年（西元1979年）購地重建廟宇，即成今貌。