馬英九與林義雄，在風雨交加的颱風天會面，同被外界視為道德高標準的兩位主席，對新聞自由的見解卻各有不同。馬英九批評新聞局撤照，將造成媒體寒蟬效應，林義雄則認為新聞局依現行法律不繼續發照，有其道理。

馬英九在會前表示，不知道林義雄要談些什麼議題，但他會提醒林義雄，現在台灣言論自由受到很大的威脅，希望林義雄能夠關心。林義雄後來與馬英九會面時送了兩本書，其中夾有「為了美麗夢土、為了台灣子孫」文宣，內容談及他為何控告聯合報與自由時報。

馬英九說，他向林義雄提及新聞局撤照換照問題，認為大家都關心台灣民主自由的發展，這是台灣有別於中國大陸的特徵，應好好珍惜。

媒體問林義雄，撤照會不會違背民進黨成立時主張的新聞自由與政黨開放，對此會不會有感慨，林義雄說，他不會有感慨，依現行法律，新聞局做的是「不繼續發照」，而非「撤照」，他反過來質疑媒體為何要用「撤照」？「一般媒體在用字遣詞方面，都對事實有一點偏差，這個情形很不好！」

林義雄說，依現行法律，新聞局不繼續發照，有他的道理，如果認為這個道理不對，可以繼續向有關機關爭取。他認為，媒體要怎樣自律？是不是修改現行發照辦法？這些都可以考慮、可以討論的，但是如果要說民進黨不尊重新聞自由，他不肯苟同。

媒體詢問換照的標準應該如何，林義雄說，怎麼做大家可以考慮，而非他決定，他沒有那麼大的學問，不是什麼事情通通知道，但他知道依現行法令，新聞局發出決定，若大家不滿的話，可就事論事討論，而不是這樣就說民進黨對新聞自由不尊重。

林義雄認為，可以要求民進黨修改辦法，想一個更好的辦法使新聞媒體做更好發揮，「但不能用這樣角度，很簡單的說他（新聞局）怎麼樣怎麼樣，然後就很簡單的罵罵他，我想這沒有用。」

媒體追問大家都質疑撤照程序，林義雄表示，「沒有大家，我都不質疑啊！」媒體又問國際組織新聞自由評比，在民進黨執政後逐年下降，林義雄則回應，「那民進黨要好好檢討」。

媒體問，老戰友鄭南榕在世時追求的是百分之百言論自由，若鄭還在世，會不會對現在狀況有遺憾？林義雄說，「我不知道，妳去問他！」他說，言論自由是表達意見的自由，而不是罵人的自由、隨便謾罵的自由，媒體經常曲解當事人的言語，用不正當的標題曲解。

他舉例，國大職權行使法在立法院覆議時，他在民進黨時說了幾句話，主張總統應該跟行政院依憲法增修條文提出覆議，當時他說，若總統提出覆議，因為立法院長王金平本來就主導此一議題，所以找王金平談大概也不會改變，且國民黨主席連戰對民進黨覆議也很有意見，很多負面批評，因此他想見見馬英九，請馬發揮一些影響力。

林義雄說，當時他表示說總統如果提出覆議，看看國民黨立委是不是開放投票，我說的就是這麼簡單的幾句話；結果當天晚上某電視台說，「林義雄揚言，如果總統公布法律的話，就要罷免總統」，另一電視講，「林義雄痛批連王，矢言要找馬英九說清楚」。

林義雄說，「你們是這樣子亂搞啊，你們是這樣亂搞，所以我不再跟你們談這個問題，再見！」隨即從一群記者中間穿出離去，口中還喃喃有辭：「不必留步啦！」留下在場媒體一臉錯愕。

林義雄走後，馬英九表示，林義雄說的是純法律觀點，新聞局根據廣電法即使有權行使，過程也滿粗糙的，因為新聞局沒有讓接受管制的單位有時間改善，也沒有考慮業者員工生計，「更何況內容的管制，是非常敏感的事情，任何一個行政部門都應該要謹慎。」