在復仇後，尊者并未得到復仇的快感，反而開始生起悔疚罪業的心。在這種日益折磨他內心的罪疚感變得越來越強時，尊者便輾轉來到了著名的瑪爾巴譯師居地。瑪爾巴是一位居士，曾不畏危險多次遠赴印度，依止那諾巴等大師修學，更帶回大量珍貴佛典，成為了在藏地受人敬重的大譯師及大修行者。透過瑪爾巴的神通，他知道了密勒日巴的殺人重罪，同時也知道尊者有緣成為他的上首弟子。瑪爾巴早已是一位証悟了無上慈悲心的大成就者，但為了令密勒日巴懺淨罪障，他便對尊者拳打腳踢，又命尊者為他在山上建造大型樓房，自己卻表現為脾氣暴躁、不近人情及常常飲酒的人。尊者為了替師父建房，身心被折磨得很利害。瑪爾巴更規定尊者要以背扛大石上山，令尊者背部被磨至潰爛不堪。在每次建成一樓房後，瑪爾巴卻會發脾氣命尊者把房子拆去重建為不同形狀。就這樣，尊者不屈不撓地捱著痛苦折磨及責打多年。在這期間，瑪爾巴常有對其他弟子開示，卻從不允許尊者參與聞法，更多次施以責打。這樣地過了多年後，瑪爾巴才對尊者說：「你是我有緣的弟子。這些年來，為了令你洗盡極重的罪業，我才對你多番留難。這些磨難你本應歷受九 次，但因著你師母的阻撓，我只施行了八次！」。自此，譯師便終於對尊者開示，并授記尊者將成為極為杰出的行者。

　　尊者修行時，是在山洞中進行的。在上座時，尊者會頭頂一油燈，至油枯燈滅方肯下座略事休息。有一次，尊者夢見家宅已全毀，母親老逝，其妹如乞丐般流浪，於是向瑪爾巴辭行。瑪爾巴對他說：「世事本就是無常，你去了也沒有甚麼意思，但你要去便去吧！今後我倆恐怕再見不上面了！」，便對他授予了最深妙的耳傳心訣。這些心訣，瑪爾巴只給予密勒日巴，并未授予其他弟子，更囑咐密勒日巴只能傳予最有根器的一位弟子，又叫尊者在看透世間無常後，便應往岡底斯山及喜瑪拉雅山聖母峰等的山洞中努力修行。

　　尊者回鄉後，發現家鄉已人面全非，其家族大樓已成敗瓦，母親早已死去，妹妹不知所蹤。在已變為廢墟的大宅中，尊者體悟了無常，頓時入於定中竟達七日。在出定後，尊者走上了終生在洞中修行的生涯。

　　在跟著下來的日子中，尊者便流浪於一個山洞及另一個山洞間，隱跡人間。尊者從不下山乞食，在沒有糧食時便取山間 麻而吃。這種苦行導致他身泛綠色，頭發也變成呈綠色的怪異情況 。在冰天雪地中，尊者只穿單層的棉布，有時更因布料最終爛了而赤身露體。此時，尊者心中只念及修行及自己的罪業深重，對世俗的眼光及飯食等事已不挂在心上。由於他的內火修持有成，在他周圍的冰雪都會融化，這便吸引了山下人民的注意。為了避開來朝禮的人，尊者便遁入更深的山中。在這樣地在無人山洞中苦行多年後，尊者最終証得了即身成佛的境界，并以佛法攝受了很多弟子，其中包括了本欲來挑戰的魔類。

　　尊者在世壽八十四歲時示寂，終其一生，絕大部份的時光都是在不同的山洞中修持渡過的。在後期，尊者已証得神通，遷洞時便以神通飛行至另一個洞，其一生中住過的洞有很多，現在這些地方都被視為聖地及修持閉關的最佳地點。

　　密勒日巴的形相，在後世多繪為身泛綠色、披白色棉布的長發體瘦苦行相。

　　在尊者的一生中，分別對弟子及在深山中遇上的獵人等以唱歌的方式開示極多。這些歌的內容，有些是其修行的過程，有些是對修行人的導引，也有些是他自己的証境之描述。這些道歌，在後世被結集為《十萬道歌》，是藏族學者研究的對像、修行人的導引及民間的歌謠。尊者的開示傳承， 主要付托予岡布巴大師，成為了現今稱為「噶舉派」的教法。

　　除了其道歌及傳承外，尊者當年為師所建的九層大樓，至今仍可在西藏見到。

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"此內文摘自《與西藏有緣》一書"