人類文明的進化先有史學，後來產生歷史方法學，中西皆然。中國史學方法成為一門獨立的學問，始自唐朝劉知幾的《史通》，《史通》是世界第一部有系統談論史學方法的書。第二部談史學方法的書是清朝章學誠的《文史通議》。時間是《史通》問世後一千年。西方一直到十九世紀才開始發展史學方法論。

史學方法論發展到今天，非但己成為一門獨立的學問，而且日趨專精，可謂百家爭鳴、琳瑯滿目。本文不擬對史學方法做深入的討論，而只想從史學方法的基本常識來檢視台灣學術界對台灣史的一些問題。

一、絕對證據主義：歐洲在一百年前的法學家就提出「絕對證據主義」理論，證據有一點瑕疵都不可入人於罪。史學亦然，所謂「有一分證據說一分話」，資料不足是只能根據已有之資料暫做假設。如有新證據出土，應立刻根據新證據修正錯誤。如長久以來史學懷疑孫臏就是孫子，孫子就是孫武，而孫子兵法就是孫臏所做，錢穆就認為孫臏就是孫子，孫子兵法是孫臏的作品，並對此做了大量考據。但是大陸一考古學家在山東發現了一部漢代竹簡孫臏兵法有一萬一千多字，內容與孫子兵法不同。地下文物的出土，證明了許多史家的考據是錯的，新資料証明，孫子、孫臏是兩人，孫子兵法有兩部。

二、新方法推翻老方法：治史方法不停的在進步，歸納法不但彌補了演繹法的缺點也導正了許多演繹法的錯誤。科學的進步許多高科技也被應用在史學界研究。如古文明的時間、年代等問題對考古學而言是一個痛苦的題目，考據時間，年代要引用大量的資料比對，結果不見得正確，但是發明了碳十四測定法以後，無論古人類遺骸、或古器物年齡之推算就相對準確得多了。又如人類之起源、多元說、一元說一直爭論不休，爪哇人、北京人、尼安德塔人，曾經被認為是歐洲人，中國人的祖先。經過DNA人類圖譜的完成，誰也沒想到我們居然是一家人，都是六萬年前非洲移民。歷史方法學不斷的改進，歷史也要不停地被改寫。

三、避免泛道德主義：褒貶歷史人物應從歷史人物對歷史文明的影響是否屬於正面以及不可用今日之標準來衡量古人等基本原則。把歷史人物二元化，強調好人、壞人是很幼稚的想法。以二二八為例：把當時二二八政府的處置說得一無是處，把處委會的作為、老百姓的動亂認為一點錯都沒有。把參加與二二八的台灣人一律視為英雄,烈士，把政府官員一律視為貪官汙吏，不但背離事實，而且也背離了基本證據原則，從法院的檔案，我們發現許多人被判刑，罪名是「搶劫」是罪有應得，用「泛道德主義」，用「二分法」來寫歷史是笑話。

四、判別資料真偽的能力：研判史料的真偽是一個史學家的必備功力，研判史料的真偽除了核勘、比對等基本功夫以外，邏輯訓練也是基本功夫之一，如對二二八官方檔案的真偽之辨，去懷疑大量地方鄉鎮、公所、學校、事業單位的檔案真偽是很愚蠢的事、因為他們層級太低，沒有作偽的動機、數量太大沒有作偽的可能。

坊間看到有關二二八的著作，幾乎完全違背上述史學方法。他們完全無視於解嚴以後大量官方資料，或者選擇性的引用官方資料。完全不理會暴民打殺外省老弱婦孺的罪行，完全無視當時各地蜂起的反抗組織，單位之多、分子之複雜，滿街自封總司令、總指揮之類的大官，「新華民國」也封了一大堆文武百官。各地軍方、警方武器損失調查表等等一手資料的出現，還把二二八定調成「官逼民反」，把暴民的主張視為「單純的政治改革」，把軍事鎮壓視為「國家大屠殺」，軍人殺「手無寸鐵的百姓」。這些文字都忽略了史學方法最基本的證據原則，當然也無視於新證據推翻舊論述的原則。當年二二八參與者的分子包括不識時務的書生、皇民奉公會的走狗、大陸返台的「台灣歹狗」--日軍翻譯、地方角頭、逃亡日軍，他們的行為打殺外省人、搗毀機關學校。二十一師登陸後大多數的反抗組織聞風而逃，後來治安恢復以後不少人搖身一變成為軍警單位的線民，或為報私怨或邀功求償出賣誣陷台灣人。這些人、事，可以說鐵證如山。根據這些證據來評斷二二八，無論如何二二八都不能算革命，都不能算起義。革命、起義要有一個偉大的、共同的理想，而二二八的目標是模糊的是不統一的。一場起義向權力挑戰，總要有幾個烈士吧！照綠色學者的論述受難者全是冤死的，沒有人要革命、要造反，既是冤死何來烈士，既無烈士如何能稱之謂革命？

綜觀目前坊間大多綠色學者的二二八著作如何從歷史方法的角度來檢視，包括陳翠蓮的《派系鬥爭與權謀政治-二二八悲劇的另一面相》，都不及格，用方法學的角度去批評二二八歷史著作。如同要一個大學教授用修辭學的標準去改小學生的作文一樣，有無從改起之嘆，一篇小學生寫的作文錯字連篇、文法不通、語意不清。這些問題都是基本國文程度問題，其實與修辭學無關。在台灣坊間看到的二二八歷史莫不如此。大多數的二二八文章非但立場褊頗，而且選擇性的引用資料，如大量引用粗製濫這的口述歷史而不是重視國家檔案、或選擇性的引用資料如引用楊亮功報告批評長官公署、批評柯遠芬的部份而絕口不提有關柯遠芬指責暴民暴行的部份。大量引用唐賢龍指責官方的文字而絕口不提唐賢龍文中台灣人殺外省人的記載，這種選擇性的引用資料其目的不在寫歷史，而只不過是找「罪證」，先認定有罪，再找罪證不是歷史家的工作，是預設定見檢察官的工作，用史學法的標準去評論這種故意入人於罪的檢察官，是牛頭不對馬嘴。是一件很滑稽的事。就好像大學教授用修辭學的標準去改小學生的作文一樣。這是一種荒唐到極點的無奈，我們不幸就生活在這樣的一個「無奈」的島上。