子宮肌腺瘤的治療基本上和是否保留子宮有關。.

子宮的作用是生育，因此子宮腫瘤的治療必需要考量的一定是否要保留生育能力。如果不保留生育能力的話，那治療以手術為主：從全子宮切除，次全子宮切除都主要的治療方式；如果不生育但仍要保留子宮的話，可以用子宮內投葯系統；而腫瘤的部份切除也可以考慮的治療方式，但是考量到復發及沾黏的可能，對於不再生育的病患而言，這個方式並非治療的首選。

而如果是不孕症的病患，那這個治療則以內科為主，但和肌腺的嚴重程度比較有關（可惜的是沒有一個簡單的分級方法）。如果子宮肌肉層明顯變厚了，那通常是比較嚴重的，這樣的子宮是比較難以受孕的。那如何治療呢？以前都是給予一些抗雌激素的葯物，如danazol，dimetriose，而現在則是lupron depot為主。主要的差別於前者只是使子宮內膜異位組織處於休眠狀態而已，而後者則會讓子宮內膜異位症的細胞走向死亡（細胞凋亡，apoptosis），因此對於懷孕的助益，是lupron depot比較大。

由於肌腺瘤中的子宮內膜組織和不孕、流產及早產有關，因此肌腺瘤的切除也是有幫助。除了對痛經及經血過多有明顯改善之外，懷孕的機率是可以增加的。肌腺瘤切除的優缺點都必需仔細考量：好處是懷孕的機會會提高；壞處是可能會形成沾黏（反而可能影響懷孕），以及如果懷孕之後，早產、子宮破裂的風險都提高了。因此目前對於子宮肌腺瘤的不孕症治療，是以lupron depot的治療為首要考量，必要時考慮肌腺瘤的切除了並作防沾黏的措施。