子宮內膜異位症的不孕症治療和子宮內膜異位症的嚴重程度有關，而子宮內膜異位症的診斷必需以腹腔鏡診斷，才能加以分級。

輕度以下（minimal and mild）：其不孕症治療和一般人一樣，從自然懷孕、人工受孕到試管嬰兒，都是選項，基本上視精子品質及輸卵管是否阻塞而定。

中度及重度：這是預後比較不好的，復發率可以高達50％以上，而術後懷孕的黃金期約是術後的3-6個月之內，6個月之後懷孕成功率明顯下降，而2年之後則很難懷孕。因此術後要儘快懷孕，而重度沾黏的病患則建議以試管嬰兒治療，成功率比較高。

另外兩個個比較難處理的是子宮內膜異位症或巧克力囊腫的復發，以及子宮肌腺瘤。這些問題的處理目前是傾向以Lupron depot先治療，再以試管嬰兒治療。如果失則，再考慮再次手術治療。