同年,楊森自四川投奔,一開始,聲勢已如日中天的吳佩孚,根本不把楊森放在眼裡,但四川的局勢,亦讓吳佩孚相當關心,吳佩孚早就有意揮軍四川.但四川封閉、保守,非外人所能介入,吳佩孚曾想派兵入川,但卻無戰勝把握,楊森入鄂,對吳而言,是個機會,但他的幕僚認為楊只是個小軍閥,對局勢並無多大的影響,因此....只收留他當個食客.

但,楊森卻對吳佩孚仗義收留,相當感激,願對吳效忠.一次,在騎術比賽中,吳佩孚發現一陌生的將領,始終跟在他的後頭,不超過一個馬身.這對騎術相當精湛的吳子玉而言,是相當稀有的,同時,以吳佩孚的觀察,該將的馬術猶在吳之上,會這麼禮讓,不是忠心耿耿,便是心中另有圖謀.因此,比賽結束後,吳令副官請該將至花廳密談.

談話中,吳佩孚知道了該將便是楊森,也知道楊森與自己一樣,都是行伍出身,憑一己之力,打下基礎,對於楊的好感,更增幾分.楊森也將四川的局勢,國民黨熊克武如何背信棄義,告之了吳佩孚,令吳佩孚陷入深思.因吳佩孚曾至四川鎮壓護國軍,深知以四川的民風強悍、保守,絕不許外來軍隊介入.北洋混戰,更是四川軍閥羅佩金、劉存厚所開始,因此,要處理川事,便要有個代理人,及一合理的藉口,不能讓川人起反感,方能為之.

但直軍入川,能不讓川人反感嗎?且雖然吳佩孚根本看不起 國父,認為他只是個任人招之即來,揮之則去的理想主義者,根本成不了大事.但此次有滇黔軍為其後盾,若不能控制四川,直軍為人作嫁,軍心士氣必定大受影響,官兵肯不肯拼死效力?

楊森看出吳佩孚的心意,懇切地道:大帥揮軍入川,助川民討伐不義,川民只會感激大帥的高義,並不會指責大帥侵略.而大帥不伎不求,施恩不求回報,川民感念恩義,則大帥雖無控制四川之名,卻有控制之實.....

這一席話,讓吳佩孚茅塞頓開,同時,對楊森心思之慎密,更有幾分英雄相惜之感,因此,再無任何疑慮,次日,吳佩孚即任命楊森為陸軍第十六師師長,率軍兩旅,殺回四川.

直軍入川,對川滇黔各省軍閥,造成極大震撼,滇黔軍軍心浮動.楊森擊破滇黔軍外圍補給線,使各地川軍,加入了討熊的陣營,讓懼直軍軍威的滇黔軍,棄熊克武而去,令熊克武更是坐困愁城.熊克武通電指責楊森引北軍入川,號召全川驅逐直軍,卻無人理會,相反地,當楊森率軍反攻成都時,全川各地的軍隊,紛紛加入.當楊軍包圍成都時,軍力已達十萬,熊克武負隅頑抗.楊森久攻不下,再向吳佩孚求援,吳再派砲兵一營,熊克武再也擋不住楊森的攻勢,退出成都,楊森一路追擊,熊克武退守瀘州,再也無力反擊...

吳佩孚此時手握重兵,國內聲望正隆,各國政府競相拉攏,尤以蘇聯最為積極.民國11年8月,蘇聯全權代表越飛,抵達北京,積極與吳佩孚聯絡,希望建立合作關係.但吳佩孚不滿日本人,更恨俄國人,拒絕與蘇聯合作,並強力取締共產黨在其領地內的活動.在不得要領之下,蘇聯轉而聯絡廣州的國民黨,得到 孫中山的重視與回應.心懷不忿的越飛,開始策動、分化直軍.十六混成旅旅長馮玉祥,被蘇聯吸收,成了蘇聯的突破口,也為日後國共內戰,埋下了血腥的伏筆......民國12年2月,吳佩孚強力鎮壓由共產黨員張國燾、項英、許白昊、林育南、陳潭秋、羅章龍、包惠僧等人所領導的京漢鐵路大罷工,雙方仇恨,更添一樁,

民國12年,北京政府為解決國會會場狹小問題，決定拆掉三大殿改建為西式議院。吳佩孚聽聞後，立即給大總統、總理、內務總長、財政總長發了電報：「……據云，百國宮殿，精美則有之，無有能比三殿之雄壯者。此不止中國之奇跡，實大地百國之瑰寶。……若果拆毀，則中國永喪此巨工古物，重為萬國所笑，即亦不計，亦何忍以數百年故宮，供數人中飽之資乎?務希毅力維一大地百國之瑰寶無任欣辛盼禱之至。」各報刊爭相登載吳氏通電，舉國上下堅決擁護，故宮二三大殿得以保護。,4月在洛陽舉行五十大壽，維新派首領康有為送了一副壽聯，曰：「牧野鷹揚，百歲功名才半世；洛陽虎踞，八方風雨會中州。」吳大喜，賞給大洋一千元。同年6月，未能阻止曹錕利用馮玉祥驅逐黎元洪。10月曹錕以重金收買國會議員,當選總統,由於手段過於卑劣,被人稱之為:豬仔總統.

由於曹錕賄選,令奉系張作霖為之憤恨,再加上吳佩孚仇視帝國主義、蘇聯共產黨,使得日蘇兩大強鄰加緊武裝奉軍.張作霖因此秣馬厲兵,準備與直軍一戰.吳佩孚亦提高警覺,加緊戒備,殊不知.....禍起蕭牆.民國13年9月8日,吳佩孚以「中國最強者」成為首次亮相美國《時代》雜誌週刊封面的中國人。是時，人們普遍看好吳佩孚的前途，上海英文雜誌《密勒氏評論報》的主編、美國人約翰·鮑威爾甚至認為他「比其他任何人更有可能統一中國」.但盛極反衰.

9月3日浙江盧永祥與江蘇齊夑元爆發衝突,齊燮元向直系求援,曹、吳一致決定助齊抗浙.張作霖逮到機會,揮軍入關,由於奉軍兵力十五萬,又有日、蘇在其後撐腰,使曹錕不敢大意,令吳佩孚為討逆軍總司令,率軍二十萬迎戰,第二次直奉大戰,因而爆發.10月,吳佩孚正與張作霖激戰時,受蘇聯指使的第三軍總司令馮玉祥,率軍自熱河撤退,使直軍陣腳大亂,反被奉軍包圍.

馮玉祥並買通胡景翼、孫岳,發動政變,迎張作霖入京,囚禁曹錕.堂堂民國總統,成了奉軍階下囚,失去後援的吳佩孚,於11月全軍崩潰,僅率兩千殘兵,逃離戰塲.悲痛之極，於十七日致電馮玉祥：……與足下袍澤數年，以心相印，今被暗算夫復何言!昔樂毅云：「君子絕交，不出惡聲；忠臣去國，不潔其名。」佩為亡人，亦曾受教於君子，惟不明心跡，是以不免耿耿耳。吳佩孚泣啟十一月十七日.

逃離戰塲後,吳佩孚想逃回武漢,那還有五萬精兵足以東山再起,但沿途遭閻鍚山、馮玉祥、張作霖的追殺,魯、鄂等地軍閥拒絕其入境,在其危難之際,英、法租界發表聲明,願給吳佩孚庇護.使得其倖存之軍官,為之心動,勸吳佩孚入租界避難,吳佩孚卻以「堂堂軍官，托庇外人，有傷國體」為由，未曾向外國人求救.後避進鄂豫交界的雞公山.馮玉祥將其圍困一個多月.

值此風雨漂搖之際.民國14年,曾受其恩惠的浙江、江蘇、湖南三省督軍孫傳芳、齊燮元、趙恆惕聯名致電吳佩孚，願一如既往地跟隨其後.趙恆惕並派兵前往雞公山解圍.自知不敵的馮玉祥,終撤圍他去.吳佩孚即由湘軍護衛,登「決川號」和「睿蜀號」兩艘軍艦前往岳州趙恆惕處。自此役後,世人皆稱馮玉祥為「馮二瞎子」,意指其眼睛、心眼都瞎了.也因此惡評,張作霖也與其保持距離.

10月,孫傳芳以三省的軍力,發動反奉戰爭,並將吳佩孚迎回武漢,出任「十四省討賊聯軍總司令」,吳佩孚的東山再起,令北京為之震撼.為自身利益,也為拔除眼中之釘,張作霖選擇與吳佩孚和解,聯手驅逐馮玉祥,馮玉祥慘敗後,在蘇聯的安排下,與廣東國民政府合流,加入國民黨.在此其間,四川楊森因與劉湘交惡,兩方開戰,楊森不敵,再度逃到漢口求援.吳任命楊森為討賊聯軍川軍第一路總司令，糾集舊部，殺回四川。劉湘與楊森求和，雙方在武漢簽定「丙寅公約」，歸還原來楊森所屬的兵權，駐川東萬縣.同時,楊森趁機將勢力伸進川北,並驅逐袁祖銘,平定貴州,成了二劉之外,最大的勢力,並開始覬覦成都,同年,北京政府從吳佩孚之請,任命楊森為四川省長,亦引起二劉的警戒.

民國15年7月,國民政府誓師北伐,以孫傳芳、吳佩孚為首要目標.汀泗橋血戰,雙方主力盡出,浴血奮戰,雙方死傷慘重,其後的賀勝橋戰鬥, 更讓 蔣介石懾於直軍戰鬥力之頑強,對吳也生起了英雄相惜之心,不忍將其致之死地.最後圍困武昌城時, 蔣介石力排眾議,不採強攻,而以飛機空投傳單,勸吳佩孚以蒼生為念,放棄抵抗.不忍百姓遭殃的吳大帥,終率軍離開武昌.

離開武昌後,吳佩孚率殘兵五千,退往河南.但卻受到奉系的排擠與譏嘲,無可奈何之際,致電楊森:我已無路可走，不論你允許與否，我都只有入川一途了。」吳因此率殘兵五千人,經襄陽入川,馮玉祥不斷追殺,在溝陵關其秘書長兼多年好友張其鍠死於西北軍樊鐘秀之手,更令吳哀痛逾恆,雄心盡失.吳佩孚歷經萬難由黃柏坪到歇馬河，到馬良坪，到巫山界嶺，7月13日越秭歸抵巴東。這一帶都是楊森的防區，楊部旅長賀國權迎吳於歇馬河，並電告楊森云：“吳公偕其少數侍從人員及衛隊約五千人已安抵馬良坪，權聞訊曾馳赴歇馬河面謁，渠欲來川一游，可否接待？請示辦法！”

楊森這時已受任國民革命軍第廿軍軍長，但卻仍保留討賊聯軍川軍第一路總司令及四川省長之位.所以他覆電賀國權命他妥為接待。一方面電呈南京蔣中正，謂吳佩孚退川，志在江湖，準吳入川純出私誼，保證吳息影林泉，不問政治，如有軌外行動，願負全責。

另方面並向四川地方將領疏通。同時派第一師師長白駒及前任四川省財政廳長熊煜星夜乘輪赴興山界嶺迎迓，並請吳暫以奉節縣白帝城永安宮作為吳的行館，由賀旅護衛.國民政府令楊森交出吳佩孚,楊置之不理.

 蔣介石不願置吳於死地,乃派人密令楊森勸吳通電表示決不作政治活動,以杜悠悠之口.吳接受楊森的勸告,乃發表號電，這是吳失敗后一封著名的不聞理亂，表明心跡的電報，電云:萬縣楊惠弟鑒：舉世滔滔，亂靡有屆，欲資游憩，名勝為宜。因念蜀中山水，半屬舊游，而蜀中將士又皆舊雨，業於號日間道抵夔，暫憩此間，專事徜徉，不聞理亂。甫澄、積之、晉康、自干、德祥、頌堯諸兄處及各師旅長等，乞弟為之道意。一俟秋涼，溯江而上，再續舊歡。特電奉達，即希注察。小兄吳佩孚。號。印”。

楊森即根據吳的號電，分電四川中各將領:特急。重慶劉總指揮甫公，賴軍長德祥兄，綏定劉督辦積公，成都劉軍長自干兄，鄧軍長晉康弟，三台田軍長頌堯弟，暨各軍師旅團長諸兄鈞鑒：頃接吳玉老號日由夔來電云云。竊玉老自解除兵柄後，久已厭棄時事。此次挈眷到川，純係遊歷山水，並無政治作用。森擬俟其暫駐夔門稍事憩息後，或當送往西行。諸公均屬袍澤舊誼，當不讓弟獨為東道主也。楊森。養。印。

吳入川後,其麾下五千兵成為各方覬覦之勢,各方勢力都想收編為己所用,但吳堅持帶在身邊,不讓他們捲入四川的戰亂.後四川爆發八部同盟之戰,吳佩孚即以此軍力,助楊森攻下成都,威逼各方停火,使四川再現和平.....

吳佩孚在白帝城時,日本第一遣外艦隊總司令荒城二郎少將，海軍駐滬特務機關長佐藤秀大佐率將佐十五六人由宜昌乘小型艦到白帝城，專誠拜訪吳大帥，表示（一）願供給私人借款100萬，（二）願贈步鎗10萬支，小砲500門，機關鎗2000挺連同彈藥，由小型艦艇運來白帝城。這對於有意東山再起的人自然是一個大誘惑。可是對吳佩孚這位硬漢，則毫不發生作用。吳義正詞嚴地對日本人說：“過去我有鎗不止十萬，有錢不止百萬，尚且一敗塗地，可見成敗是不在於鎗砲和金錢，我如果願意借外債，引外援，何必待到今日。中國事應該由中國人自了。貴國貴官的盛意我是不會承受的”

民國17年,吳佩孚移居大竹,途經萬縣,受到四川各界的盛大歡迎,從此吳佩孚居住大竹,其居處仿洛陽八大處,成了川中各方不敢侵犯之所在.民國20年,張學良以子侄身份邀請定居北平,楊森派兵護送,於北平重現其大帥府八大處的盛况,蔣對此一笑置之,馮玉祥卻是羞愧難當.

九一八事變後,他質問張學良為何不抵抗,張無言以對.事變後,日本令特務令井武夫請他出山組織偽政府,被他羞辱回去.七七事變後,日軍攻佔北平,吳佩孚來不及撤出,但為民族氣節,無論日軍如何威逼利誘,吳佩孚始終不與日軍合作,終令日本起了殺機.民國28年12月4日,吳佩孚因牙痛入協合醫院由日本牙醫診治,死於拔牙的手術臺上.日本宣稱其病死,但因屍體全身發黑,毒殺之說甚囂塵上,日方也未做否認.....抗戰勝利後，為表彰其保持晚節，國民政府追贈他為陸軍一級上將,並入祀忠烈祠,永受民國之崇敬.....