民國24年,在日本人的支持下,殷汝耕在通州成立冀東防共自治委員會,鼓吹華北自治、防共緩衝自治.11月,殷汝耕發動冀東事變,宣佈建立冀東防共自治政府,石友三任保安隊總司令,下轄兩個總隊,總隊長分別為張慶餘、張研田,但自治政府成立的次月,在石友三的默許、牽線下,兩張開始與駐平津之29軍暗中接觸,建立了默契.

民國26年7月7日,日軍砲轟廬溝橋,抗戰爆發,29軍以大刀、步鎗對抗日本人的飛機、大砲,以血肉捍衛山河,通州保安隊軍心浮動,為了安軍心,殷汝耕親至通州,安撫軍心,並要保安隊保證後方治安,做皇軍的後盾,此舉令保安隊士兵深深不滿.

26日,國民政府宣傳「廬溝橋29軍大敗日軍，中國軍隊已經陸續奪回豐台和廊坊，中央政府將陸續向華北派遣野戰軍，殲滅日軍指日可待。」的謠言，而事實正好相反。國民政府最後還宣稱「軍事會議決定， 蔣委員長命令附近的29軍大舉進攻冀東，血洗偽都通州，並血祭漢奸殷汝耕的決議」的決定。這個宣傳,令保安隊士氣大振,石友三也深受鼓舞.

同日,日軍轟炸機因分不清楚冀察和冀東的分界線，誤炸了靠近寶通寺軍營的冀東保安隊幹部訓練所，導致發生數名保安隊員死亡的事件。接到誤炸的報告後，細木特務機關長直接前往冀東防共自治政府向殷汝耕長官致歉，並親自前往現場視察，慰問死者家屬。次日28日，細木召集了保安隊教導總隊的幹部，解釋了誤炸的原因，並表示會處理善後.但保安隊巳決定動手...

29日,駐通州之日軍萱野聯隊,向南苑進軍,城內僅留下100多名的守備兵力,石友三趁機,向保安隊下達反正指令.3000多名的保安隊士兵,突擊長官公署,活捉了殷汝耕,趁日軍尚未發覺前,齊向北平前進,欲與29軍會合,一起抗日.但到了北平城前,發現29軍撤退,日軍已經進城...

石友三急令士兵退回通州,再做打算.但在通州城前,殷汝耕掙脫保安隊的控制,躲進了日本軍營...進退失據的石友三,下達了作戰命令:通州城中,所有的日本人,全是敵人,不分男女老少,全部加以殲滅,為死難的同胞報仇....所有的保安隊士兵,拿起了武器,向城中的日本守備隊、日本平民開火!日軍進行短暫的抵抗,很快就被殲滅,保安隊衝進日本人家中,見人就殺,放火燒屋,搶奪日人財物.駐北平之關東軍,見城中火光處處,一時不明狀況,不敢馳援...30日,殷汝耕逃抵北平,日軍方發覺是叛亂,立刻率兵前進通州.抵城時,保安隊早己撤離,只留下了滿地的日本人的屍骸.日人怒極,下令盡屠通州城以為報復,並派兵追擊保安隊....

此次事件,史稱通州保安隊起義事件或通州事件,日方稱之為通州慘案,或是通州大屠殺,死亡人數一直成謎.有資料稱被殺之日本僑民(包含朝鮮人)共兩萬多人,亦有200、500之說法.遠東軍法審判時日方稱包含軍人,共235人慘遭保安隊屠殺,但日軍因此在通州屠城三日,共達數萬百姓遭日軍殺害.冀東防共政府向日方道歉,賠償120萬日圓,殷汝耕遭日軍判刑三年,出獄後威信全無,而後梁鴻志的中華民國臨時政府成立,防共政府被併入了臨時政府之中...

民國26年9月,駐上海之第三戰區司令部接見一名身著日本軍服的士兵,該兵要求見 蔣介石委員長. 蔣介石親自接見,該兵取出一封信,面交 蔣介石.竟是石友三的親筆信!信中直書通州保安隊自起義後,遭日軍日夜追擊,犧牲慘重,但仍願報國殺敵,請委員長成全... 蔣介石閱畢,令該兵請石友三至司令部...石、蔣兩人一夕長談,石友三保證絕對效忠國家,永不再叛...蔣即令保安隊士兵加入第五軍戰列.

由於保安隊士兵全副日軍裝備,又全部會說日語,因此冒充增援之日軍部隊,混入日軍陣營.保安隊士兵趁夜在日軍陣地放火、襲擊,令日軍陣腳大亂,自相殘殺...而後回過神之日軍部隊,瘋狂反撲,保安隊士兵堅守陣地,奮勇作戰,傷亡慘重,後 蔣介石以該部為基礎,組建69軍,以石友三為軍長,開赴山東,受韓復榘指揮.韓復榘不戰而放棄山東,石友三拒絕撤退,在魯省與日軍、共產黨游擊隊周旋、抗衡,成為日、共極欲拉攏、殲滅之對象.

民國29年4月,石友三積勞成疾,仍指揮部隊向魯南山區之八路軍進擊,慘遭擊潰,日本藉機拉攏,石友三不為所動.中共趁機造謠石與日本聯合,造成其軍心浮動,石友三內外交迫,病情加劇,數度吐血.12月,被其部下高樹勖謀殺...

關於石友三的去世,國府的版本不同.當初石友三雖遭共軍擊敗,但蔣仍屬意由其接任第11戰區司令長官,但其部回報石友三重病,吐血而亡,令蔣為之扼腕.除令其部高樹勖代其職,並令其厚葬石友三.抗戰勝利後,石友三等為國犧牲的國軍將士,皆迎入忠烈祠,受民國永遠的祭祠,以彰其功...