佛教的神識與一般概念中的靈魂並不相同，其最大差別有二。

一、神識不永生

一般人認為靈魂是可以永恆存在的，並在追求靈魂永生，但佛教認為神識並非永恆存在的，因為所謂的「永恆」必然需包含幾個條件：1、它可以自己單獨存在，不須與它物共生，包括時間與空間。這就是自性；2、它沒有生時也沒有滅時，亦即，無始以來即存在，無窮之後也不毀滅，如果有一個生存區間，就不是永恆。這就是自體。3、它不會再起任何變化，因為如果會再起變化，就不是永恆。這就是不易性。所以，很顯然的，在形下界（佛教稱為緣起），根本沒有所謂的永恆，至於形上界（佛教稱為真如）是否有永恆，其實就超出人類理性所能理解，而進入信仰層面，至於信仰就隨個人而信了。所以，佛教除了不認為神識永生，還認為神識是應該斷滅的，這樣才能真正的涅槃寂靜。

二、神識非色物

所謂色物就是由物質組成的相體，一般人認為靈魂是由極微小物質或能量組成，同時還有心理功能，包括認識、認知、感受、記憶、想像、企圖等，所以一般人認為的靈魂是心、色（心靈和物質）合一的。但佛教將「色」和「識（心理功能）」分開，人的身體是色，神識是識，兩者在卵子受精時結合，在生命告終時分開，身體毀壞，神識去輪迴。但，就因為神識不是色物，所以在欲界、色界等物質世界中時，它必須以色物為載體才能存在，才能行使功能（但在非物質的無色界，神識就可以獨自存在），所以在入胎當時、活著期間、死亡當時，它以人體為載體；而在死亡後到入胎前這段期間，它以中有（中陰身，漢人認知的遊魂）為載體。中有是由人在死前的意識作用凝聚極微小物質構成的，所以，中有就是一個類似人體的飄渺結構裡面有神識，當入胎時，神識就由中有轉移到人體，然後中有結構就會開始毀壞。

神識不永生與神識非色物這兩個觀念與一般人認知的靈魂有所差距，但仔細想想，佛教說法是有道理的。