除了對初期教會誤解之外，我們對教會的本質也有很多誤會。我們以前常有的觀念是教會是恆古不變的：教會從兩千年前耶穌創立、指定了伯鐸當第一任教宗以後，就這麼一代代傳下來。這樣的想法是把教會當做博物館裏沒有生命的標本。

但是，教會是活生生、在聖神的引導下不斷成長的有機體。用有機體來形容教會，一方面指的是教會内部各個單位的互動與平衡，一方面指的是教會與外在環境的互動與適應。

以初期教會爲例，最早的教會都是地方教會，而其中四個最大的是耶路撒冷、安提耶基亞、亞歷山大和羅馬。當時還沒有所謂的教廷和教宗。每個教會的成員不一樣，他們的生存環境不一樣，面臨的困難和需要解決的問題也不盡相同。每個教會對信仰的認識，對環境的適應，以及每個教會的組織也都有差異。慢慢地，他們找出大家的共同點，彼此學習，互相幫助。

初期教會對社會環境的適應，也在信仰的希臘化的過程中表現出來。猶太人宗教信仰的重點本來在於對律法的實踐，一旦傳到了講求哲理的希臘文化領域裏，基督信仰的重點變成在於對信理的忠實，信經變成了分辨信徒與非信徒的準繩。

在禮儀方面也是如此，初期教會並無所謂的「官方」語言，聚會用的都是當地語言。在羅馬帝國境内，國語的希臘文很自然的成爲大部分教會的通用語言。一直到後來，拉丁文在帝國的西半部逐漸地取代了希臘文，成爲羅馬人在日常生活中的通用語言，這個拉丁化的趨勢也反映在教會的禮儀當中。希臘文只有在帝國的東半部仍然保存著。

到了公元313年奧古斯督皇帝宣佈人民有信仰天主教的自由，自然地，位於帝國首都的羅馬教會重要性提升。但是330年羅馬皇帝遷都到君士坦丁堡後，君士坦丁堡教會又與羅馬教會相提並論。381年天主教變成羅馬帝國的國教，395年羅馬皇帝把帝國分成東西兩帝國，分別以君士坦丁堡與羅馬為首都，兩個教會之間的競爭也隨之提高，加上希臘文化與拉丁文化的差異，終於演變成天主教與希臘正教的分裂。從這裡我們可以了解到：教會的發展如何受到外界社會和政治因素的影響，教會這個有機體如何不斷地變化，以求適應環境。

在第一世紀末期，宗徒們逐漸凋零以後，教會的制度化在所難免。尤其在教會成爲羅馬國教（381年）以後，教會無形中模仿起帝國的組織形態。東西教會分開了以後，羅馬在西羅馬帝國的天主教會裏已經沒有競爭的對手。但是那時候的教會是由羅馬的主教（亦即教宗）與主教團共同治理，各個地方教會的主教或是自行選出，或是由地方郡王指派。目前這個「教宗至上」的局面，是後來慢慢發展，到了梵一（1869-1870）決定了教宗絕對權柄和教宗不能錯的兩端道理以後才定型的。

集中化的趨向不止於教會的組織而已，就是教會的信理也開始標準化和統一化，凡是不合主流的，就被宣佈為異端，輕則開除教籍，重則有性命之憂。

教會的禮儀也是如此，當年因爲本地化的關係而取代了希臘文的拉丁文，到了西羅馬帝國崩潰，歐洲進入黑暗時期以後，已經沒有多少人懂得，卻一直被當作教會彌撒聖祭的官方語言。甚至到了梵二宣佈以當地語言取代拉丁文時，有些主教、神父和教友還眷戀不放。

教會這個龐大的有機體慢慢地失去了活力。

到了中古世紀，一方面，教會的修院成了西歐文化的保留者。另一方面，大權在握的羅馬教廷也學起皇宮貴族的生活形態。從第八世紀中葉開始，整個意大利半島的中間部分完全歸屬教宗，教宗有了自己的領土、人民和稅收。耶穌當年說的「凱撒的歸凱撒、天主的歸天主」，這個界限由此開始模糊。

到了文藝復興以後，許多教宗沒學到人文主義的精神，卻學會了附庸風雅，大量的收購書畫藝術品。爲了籌措重建現在聖彼得大殿的經費，教宗里奧十世大量販賣赦罪券，引起奧斯丁修會會士馬丁路得的反對。這時的教廷完全無心聽取改革的聲音，終於逼迫馬丁路得和他的隨從者和教會決裂。

當然在教會裏，還是有很多的革新忠心教會的人士。但是一般說來，教會的有機體是逐日的僵化，沒有彈性。這樣的教會在十七世紀現代主義興起的時候，是完全沒有招架之力，只有閉關自守，採取與世隔絕的政策。

隨著現代主義而來的是民族主義的興起。十九世紀意大利統一運動開始，教宗國的領土逐漸失去，到了1860年，只剩下羅馬城及近郊的小片土地。靠著法國軍隊保護著。教廷的官員爲了要防止意大利政府用武力奪取羅馬城，在1869-1870召開梵蒂岡第一次大公會議，宣佈教宗不能錯，以及教宗至上，各國的地方教會都要絕對服從，希望借此能夠阻止意大利軍隊佔領羅馬城。但是天不從人願，1870年的秋天，法國和俄國開戰，法皇拿破侖三世把駐在羅馬的軍隊撤回，意大利軍隊隨即佔領羅馬。此後教宗國只剩下梵蒂岡的一小塊土地。

梵二以前的教會就是這個樣子的教會：閉關自守、排外、沒有活力、僵化掉了的教會。

唯一可以挽救這樣死氣沉沉教會的，就只有春風化雨的天主聖神了。