在陳總統提出一審有罪下台的承諾將另做考慮的說法後，行政院新聞局長謝志偉立即以「轉型正義」為由，「要求」凡涉政治人物官司的司法官都應公佈黨籍，此舉已引發行政介入司法的嚴重爭議，同時也讓所謂的轉型正義遭到扭曲。

國務機要費弊案爆發之初，在紅衫軍強大的反貪壓力下，陳總統為了化解黨內的反扁勢力，公開宣佈如果吳淑珍因國務費案一審被判有罪他將下台，黨內反扁勢力隨之噤聲，陳水扁也因而得以繼續安坐大位。如今，隨著國務機要費案一審即將終結，陳水扁卻以如果法官有政治顏色為由，聲稱他原先「一審有罪就下台」的承諾要另做考慮。

陳總統或許是擔心國務機要費案吳淑珍一審可能有罪，所以他才施放法官有政治顏色的煙幕彈，以做為自己不下台的下台階，而謝志偉立刻呼應陳水扁的說法，拋出司法官應公佈黨籍的話題，顯然非是一時興起。不過，謝志偉所謂他「要求」司法官公佈黨籍是代表行政院的「政策」，應該不是事實，因為謝志偉雖然是行政院發言人，但他的談話除非是根據行政院院會的決議，或是出自行政院長的授權，否則只是「個人意見」而已；更何況，在現行憲政體制之下，行政權不能干預司法權，謝志偉搬出「轉型正義」的大帽子要司法官公佈黨籍，還自稱是行政院的「政策」，那是扭曲「轉型正義」的真義。

所謂的轉型正義（TransitionalJustice）通常是指新興民主國家，特別是東歐國家，對舊政府違法和不正義行為的彌補，特別是侵害人權部分，新政府在檢討過去因政治思想衝突或戰爭罪行所引發之各種違反國際法或人權保障之行為，追究舊時代加害者之犯罪責任、取回犯罪行為所得之財產權利。簡言之，轉型正義最重要的意義即是檢討過去惕勵將來，避免再度重蹈覆轍。

一般而言，轉型正義應於政府轉型或政黨輪替之初就該執行，否則時過境遷即會有「遲來的正義不是正義」的問題。以此而言，台灣在民國七十六年解嚴之後，乃至是八年前政黨輪替之初，即應就轉型正義問題進行處理，但令人遺憾的是，於解嚴第二年掌權的李登輝前總統與八年前繼位的陳總統，都未積極處理轉型正義的問題，尤其是陳總統主政後，政府每每於選舉時才搬出轉型正義的大旗，進行追討國民黨黨產的行動，如今並以轉型正義為名，要檢察官與法官公佈黨籍，這實在是缺乏說服力，難怪引發院檢的大反彈，有人甚至嚴詞批評陳總統沒資格當法律系學生。