台灣的台北時報(一份在台灣發行的英文報紙)在四月十一日發表了一封前美國在台協會理事長白樂崎和其他加拿大澳洲歐洲的學者給馬英九總統的公開信。    在這封信裡多人質疑在民進黨總統提名前政府以國家檔案法及相關法律對十七名民進黨前任官員展開調查的時間及動機。    公開信的最後一段說

We therefore urge you and your government to sustain Taiwan’s democracy at the highest levels and refrain from using the judicial system for political purposes. The Taiwanese worked hard to make the transition to democracy only 20 years ago. They deserve to have leaders who play by rules that are fair, balanced and unbiased.

(我們因此強烈請求你和你的政府以最高規格維護台灣的民主並避免使用司法系統來達到政治目的。    台灣民眾努力後於二十年前達到民主，他們值得一群願意遵守公平平衡不偏袒的領袖。)

這封公開信由白樂崎和Coen Blaauw署名，加上其他學者的簽名。     Coen Blaauw是荷蘭人，在1989年加入台灣人公共事務會(FAPA) ，目前是FAPA的執行長(Executive Director) 。     想來應該是他主動發起，邀請白樂崎和其他人簽名，因為白樂崎顯然在台灣最出名，因此公開信由兩人領銜。     相關人士都是外交系統或是公關出身，這封公開信寫的也不會太咄咄逼人，不過含意很明顯。     公開信的連署人認為這個調查有政治目的，並且暗示如果調查繼續下去，馬總統就不是一個願意遵守公平原則的領袖。    

在公開信裏這些學者提出質疑，公文遺失應該在政府官員職務交接時便發現，而不應該拖到三年後才爆發出來。     另外這個新聞爆發時是蘇貞昌宣布參加民進黨總統大選初選的前一天，似乎是安排好要讓民進黨及其黨員喪失可信度(......gives the impression of a political ploy intended to discredit the DPP and its candidates) 。     對於這些指控，台北方面提出解釋。     首先有疑點的公文太多，必須靠人工慢慢比對「密不錄由」的文號資料，三位秘書花了兩年多時間才完成初查及複查。     另一方面，台灣年年有選舉，任何時間宣布這種調查結果，都可能被人質疑有政治動機。     在一個局外人的眼裡，第一個解釋十分合理。     第二個解釋則比較難說，要說時間點純屬巧合也說的通，要說故意有政治動機也不能說不可能。    

不過目前為止這些學者提出的第三個質疑好像政府官員還沒有提出解釋。     他們指出在一個政府機關，通常是高階官員批閱公文，由較低階的官員處理並將公文歸檔。     這些官員一般屬於事務官，不隨國民黨民進黨執政而變動，也不會輕易的偏離固定的公文處理程序。     這一段文字輕描淡寫，但明指一個問題: 當初民進黨執政時在總統府負責處理公文的這些事務官大部分應該還在國民黨執政的總統府裏，不調查詢問這些在職的官員而直接調查那些離職的官員，要說沒有政治動機很難說的通。    

白樂崎目前在台灣自由時報上有時候撰寫專欄並擔任該報顧問，Coen Blaauw則是FAPA執行長。     他們提出的問題可能有自己的立場，但合理的問題仍然應該有政府提供的平衡答案。     如果監察院及司法機關調查公文遺失案時有某位總統府官員作證說某民進黨前任官員於某年某月某日左右將某公文借出從未歸還，或是某承辦人員作證說某公文處理後送交上級長官批閱但從未接到回覆，那麼這些質疑自然消弭於無形。     否則如果調查工作只集中在民進黨籍的前任官員而對仍任職於總統府處理公文的事務官視若無睹，就難免給人政治調查的口實。