駭客任務裡的主角安德森是匿名尼歐的網路駭客，在網路上交到同好崔妮蒂與莫斐斯，莫斐斯告訴他 這一切都是無所不在的“母體(Matrix)”造成  給他2顆藥丸選擇 一顆吃下去 就當什麼都沒發生 另一顆吃下去  尼歐就會看清一切 他選擇看清一切，他醒來時卻發現自己是在一個培養槽醒來，他身體生活在黏搭搭的營養液中，而思想則生活在 Matrix 創造給人類的虛擬實境空間。莫斐斯救起了尼歐，人類實際已經過到22世紀。

21世紀初人類與AI大戰 人類遮蔽陽光 希望能斷掉利用太陽能的AI的能源，但已先一步發現人體大腦的生物電和身體熱量，會產出核融應效獲得能源。因此機器就大戢勝利的母機不止沒有趕盡殺絕人類，還開始大量養殖人類，將人類成為能源工廠。

機器開始創造了一個完美的 Matrix 空間，是一個毫無生活壓力的烏托邦。但人類天生的基因缺陷導致它們無法長久生存，出現大量的死亡。 所以機器重新模擬了一個基於 1999 年真實人類社會現狀的虛擬空間，希望人類可以長久的存活下去。

人類並沒有在最後大戰中完全滅絕，剩下少部份的人類在地底下一個叫鍚安的基地活下來，並在裡面生活。人類的領袖就是尼歐結交的莫斐斯！莫斐斯帶著人類在極其惡劣的環境下求生存，他們的信心來自於一個傳說，世間有一個先知，他知道有一個救世主會來拯救人類！他認定了尼歐的特質認為他就是救世主！而先知預言救崔妮蒂與救世主相愛！

最後機器發現了鍚安的地點，派出數量龐大的機器烏賊要去殲滅鍚安，最後的結果是莫斐斯是對的，尼歐就是救世主，最後成功的以電磁波消滅了烏賊，保衛了鍚安！