摘錄王和雄大法官之部分不同意見書：「更進而言之，當國民憲法上義務之履行與其憲法上所保障之宗教信仰自由相衝突時，該義務之履行將對其宗教信仰造成限制或影響，則對宗教行為之規範或限制，即應以嚴格審查標準盡到最大審慎之考量，非僅為達成國家目的所必要，且應選擇損害最小之方法而為之，尤應注意是否有替代方案之可能性，始符憲法基本權利限制之本旨。此乃德國基本法一九五六年第七次修正第十二條規定，於修正後之第十二條第二項第二句規定：任何人基於良心自由，拒絕使用武器之兵役義務時，得使負擔補充役之義務（一九九四年八月修訂版為第十二條之一第二款：任何人基於良心理由而拒絕武裝之戰爭勤務者，得服替代勤務），及美國一九六七年Military Selective Service Act, 50 U.S.C. Appendix 456(j)規定：基於宗教之訓練與信仰而良心上反對各種戰爭之人，得免除其戰鬥性之兵役；乃至於奧地利憲法第九條之一第三款規定：奧地利男性公民有服兵役之義務，以良心理由拒絕服兵役之義務並因之而免除者，需服替代勞務，其詳細辦法由法律定之等各國憲法與法律之所由設也，而其所以然者，乃深切體會本於宗教核心理念之教義而為之行為，除非明顯妨害公序良俗、社會價值等情形且屬重大者外，亦屬宗教信仰自由宜予保障之範圍。本此原則而論，則宗教之信仰者，基於教義及戒律之關係，並因虔誠之宗教訓練及信念上等原因而在良心上反對任何戰爭者（例如專職之神職人員）至少應在兵役法上規定，避免使其服戰鬥性或使用武器之兵役義務，而以替代役為之，俾免宗教信仰之核心理念與國家法令相牴觸而影響宗教信仰自由之保障，庶幾憲法之目的與原則暨宗教信仰自由之保障，均能予以兼顧。或以國情不同，社會狀況有異，法律之規定不宜貿然套用外國之制度，尤以我國並無宗教登記（非核准）制度之設，專職神職人員之認定標準不一，且本於前開原則，所應保障（即使服替代役）範圍之認定難免有所爭議等原因而不宜以法律定之。雖然，在兵役法修正時，若有替代役制度之設，亦宜使此等人員於符合該當要件時，改服替代役，始不失憲法規定人民於依法律盡其服兵役義務之同時，也能保障因信守教義與戒律，並因虔誠之宗教訓練及信念等原因而在良心上反對殺害生命及反對任何戰爭行為者之宗教信仰之自由。」

另，我同意劉鐵錚大法官的不同意見書，亦摘錄之：「兵役法施行法第五十九條第二項違反憲法「禁止雙重處罰原則」，應為無效。兵役法施行法第五十九條第二項規定：「同條第一項判處徒刑人員，經依法赦免、減刑、緩刑、假釋後，其禁役者，如實際執行徒刑時間不滿四年時，免除禁役」。故免除禁役者，倘仍在適役年齡，將不斷因良心因素持續拒絕服役，而遭受重複之處罰。按「一事不二罰原則」、「禁止雙重處罰原則」係民主國家彰顯人權保障之展現，其本意在禁止國家對於人民之同一行為，以相同或類似之措施多次處罰。美國聯邦憲法早於西元一七九一年增訂之人權典章第五條即有明文（nor shall any person be subject for the same offense to be twice put in jeopardy of life or limb）。我國憲法第二十二條係關於人民基本權利保障之補充規定，即除同法第七條至第十八條及第二十一條所為例示外，另設本條規定，概括保障人民一切應受保障之自由權利。禁止雙重處罰原則，既為現代文明法治國家人民應享有之權利，且不妨害社會秩序與公共利益，自亦在該條保障之列。」