在孔廟大成殿的東邊，還有一個獨立院落，是奉祀孔子上五世的地方，在大成殿西邊，也有一個院落，是奉祀孔子父母的地方。

此外，在大成門內東側，有先師手植的檜樹一株，高約十六米，在詩禮堂院中，尚有唐朝所栽的檜樹，和宋朝所植的銀杏各二株，於今仍然枝葉繁茂。

孔　府

孔府在曲阜城的中心，位於孔廟的東側，是孔子歷代嫡系長孫居住的府第，大門前有照壁，兩側為八字形的粉牆，左右有石獅和上下馬石。大門正中上方高懸一塊藍底金字「聖府」匾額，兩旁的明柱上懸掛著一副藍底金字對聯：「興國咸休安富尊榮公府第，同天并老文章道德聖人家」，上聯中的「富」字寶蓋頭卻少了一點，叫做「富貴無頂」，下聯中的「章」字下半的早字的一豎又直通立字，這又表示「文章通天」的意思，這充分表現了「公府第」、「聖人家」的氣派。

進入孔廟大門第一進院落便是二門，二門中間上方，高懸著「聖人之門」豎匾一方，二門內有一別具風格的屏風，前後綴有八個倒垂的木雕花蕾，又稱為「垂花門」，門上懸有明代皇帝朱厚親題的「恩賜重光」匾額一塊，故又稱「重光門」。過了重光門，院中有一片台基，其後為正廳，就是孔府大堂，大堂五間，是衍聖公處理要公的地方，大堂後門有穿堂與二堂相連，二堂也叫後廳，是衍聖公會見四品以上官員的地方。二堂之後，又有一個庭院就是三堂，是衍聖公接見四品以下官員，及處理家族事務的地方。

孔府的後半部是內宅，孔府東路稱為東學，有觀賞台、慕思堂、家廟、一貫堂、避難樓等。西路則有西學，是衍聖公讀書及會客的所在，孔府的北部是花園，四週圍以高牆，園名叫「鐵山園」。

孔　林

出了曲阜城門到孔林大門，有一條長約千米的「神道」，兩旁檜柏夾道，如虯如龍，神道正中巍然屹立一座「萬古長春坊」，坊北即是「至聖林門坊」及「大林門」，再進入為「二林門」、「洙水橋」、「擋墓門」，過了此門，便是供奉孔子木主的享殿，殿後是孔子墓塚。在孔林正北緊靠環林大道，有一座醒目的精緻木版坊，是孔子七十三代孫給他母親于夫人所立的牌坊，名為「鸞音褒德墓坊」。（註：于夫人乃是乾隆皇帝的女兒。）

孔林的墓群分為：林中林、中興祖墓、衍聖公墓、孔氏才子墓、十八婆子墓，而最特殊的則是油簍古墓，又名牛籃墳，此墓形如倒扣的漏斗，下面底子很大，上面口很小。據傳說，這種墓制，一說是發生在秦代，又有一說是始於宋代，內容是這樣的：人活到六十歲就沒有用了，應該活埋，所以當時的制度規定：人活到六十一歲，不管身體健康狀況如何，一律要送進這種油簍墓內，以後的生命就只有活在「油簍」中了，吃喝拉撒睡全在這裡面，和外面隔絕，如果兒子孝順，能按時送茶飯，或許老人還能多活些時日，如果兒子不孝，就沒有幾天好活了。據說當年有個孝子，他按當地制度，把年滿六十歲的父親送進油簍墓中，一日三餐，按時送到，還替父親清理屎尿，備極關懷，有一天他把飯菜送到墓前，一語不發，只是低頭哭泣，其父問他緣故，他說：「近來城內來了五個碩大的老鼠精，每天都要吃一個童男子，已經吃掉很多人，明天就要輪到我了，我死不要緊，只是今後無人給你老人家送茶飯了。」其父說：「兒子可放心，古語有說：八斤重的貓，能逮千斤重的鼠，你回城後找一隻八斤重的貓，放在你的袍袖中，明天去見老鼠精時把貓放出來，就能除掉鼠精。」第二天兒子如法泡製，果然除掉老鼠精，也為地方除去大害，此事傳遍了鄉里，大家才體認到：人老了不是沒有用，而是人越老經驗越多，對社會還是會有貢獻的。於是從此便廢除了這種不人道的制度。但為何讓這油簍古墓常留在孔林之中，實在令人不解。又據當地人說，在民國十幾年時，常有土匪綁票藏匿在此油簍古墓中。