目前相信這種疾病是由於案例本身產生自體免疫抗體造成特殊的細胞毒性傷害的一種自體免疫疾病，包括有溶血性貧血，血小板缺少症。有些會形成免疫複合體而形成免疫複合體發炎反應，包括有腎炎，皮膚炎，及中樞神經的發炎反應。

在遺傳上，主要和HLA DR2及HLA DR3有關係。其他尚有藥物引起之狼瘡症狀，例如Hydralazine，Alpha methyldopa，Procainamide，Quinidine，henytoin，Phenobarbital等可能誘發其發生。

SLE是一種異質性的疾病，真正的制病機制仍然未知，其根源是多因素的，由基因，auto-antibody，immune complex，內分泌荷爾蒙，環境因子以及其他一些未知的因子等複雜的交亙反應所造成的。這些因子合作產生顯著Ｔ協助細胞和Ｂ細胞的活化，引起一些多專一性（polyspecific）抗體的分泌。在這複雜的過程中，每一個因子都是必須的，但每一個分子單獨都不足以引起此病的臨床表現，不同因子間的相對重要性則因人而異。