博物館是一個跟隨時代脈動的有機綜合體，在博物館發展長河的奔騰流動下，作為「文明與文化容器」的博物館建築，其形式、功能與象徵意涵也呈現多元繽紛的面貌。當前的博物館建築，除了符應博物館之典藏、展示、保存、研究、教育等功能外，尚且被賦予達成休閒娛樂、城市行銷、社區發展等重要目的。

十三行博物館坐落於淡水河左岸八里鄉，博物館所在的十三行遺址，相傳曾是清朝時重要的貿易商港，當時有多達十三家行商在此駐店，所以稱為「十三行」。民國四十六年，十三行遺址首由一位空軍少校於無意中發現，民國七十八年時，台灣省住都局計畫在十三行遺址上興建八里污水處理廠，考古學者大力呼籲搶救遺址，獲得社會大眾熱烈的回響，終於在民國八十一年經行政院指定，由台北縣政府成立「十三行遺址文物陳列館」，後來更名為「十三行博物館」，以保存、展示十三行遺址出土文物。

曾獲2002年台灣建築獎首獎與2003年遠東建築獎首獎的十三行博物館，由孫德鴻建築師所設計。主建築佔地一點二公頃，北側陽光廣場佔地約四公頃，全館面積約兩千坪。孫德鴻建築師於民國八十六年十月開始著手博物館之設計與規劃，民國八十九年二月至九十年十一月進行施工，竣工後大約經過一年五個月，十三行博物館於民國九十二年四月正式對外開放。 

根據孫德鴻建築師自述，建築的原始構想來自於考古發掘及先民乘船渡海來台的意念。「孫德鴻希望像說故事一樣，用建築物來呈現地理的、歷史的、以及時空交替的十三行。」因此，建築設計的主要概念是由十三行人的「來處」與「去處」開始，想像當年先民由大海而來，並向內陸擴展的遷徙脈絡。全館藉由三組不同型態的建築群，架構成完整的概念，分別表達山與海、過去與現在的意象，並以真實透心的材質，如清水混凝土、砂岩及老化的金屬板等，構築成完整的理念。

欣賞十三行博物館建築群猶如館內常設展示參訪經驗之延伸。順著前往博物館的道路指引，首先映入眼簾的是象徵山型的清水混凝土建築。三層樓的量體簡潔樸雅，側邊往東南方向延伸而出的兩道梯形長牆，其中心軸線直指觀音山上的大坌坑遺址，隱含十三行與大坌坑兩個文化的連結。

位於清水混凝土建築後方的八角塔，外貼紫紅色砂岩，狀似岸邊礁石，象徵山與海的交會處。八角塔以傾斜十七度的設計，影射毀壞的遺跡及無法還原的歷史真相。「重返十三行」常設展，即在挑高十八公尺的塔內呈現，四層樓的動線安排，引導觀眾在不同的空間轉換中，感受時間長廊的悠久，體會考古文化的歷史深刻意涵。

與八角塔相交的鋼構建築，則是象徵海洋的海向量體。鋼骨結構的弧狀曲線，以放射狀指向西北方的海岸線，猶如翻騰的浪頭，又仿如隱喻十三行先民的來處與原鄉。沿著斜緩屋頂的階梯拾級而上，抵達館方所謂的「鯨背沙丘」平台，站在木製平台上，眺望遠方，淡水河右岸的淡水小鎮以及不遠處的海岸線，盡在眼前。不過，根據建築師的初衷，「當時所提出的競圖方案是想像遠渡重洋的十三行人抵達八里海灘後，第一個夜晚是將渡海所用的木船倒扣在沙灘上變成一個暫時避風棲息的地方。」

除了分別象徵山、海、山海交界的建築群外，全館凹陷於地下一點五米，暗示著十三行人當時的生活場景，也是建築師的巧思與安排。觀眾入館前，需經歷一段緩緩往下斜伸的坡道，象徵走入考古學家發掘的地下寶庫。入館前的玻璃反射倒映了觀音山景，藉以隱喻希望看見先民賴以維生的山野林場。

美國博物館學者喬治‧艾里思‧博寇（G‧Ellis Burcaw）曾說，博物館建築的主要功能是保護藏品的安全，其次是協助博物館從業人員的工作，以促進觀眾的學習經驗。十三行博物館的建置，主要是為了保存與展示珍貴的史前文化遺址。博物館基地約11,890平方公尺，建築面積3,028平方公尺，樓地板面積為6,920平方公尺。整體空間規劃為內、外兩部分，館外設置「陽光廣場」與第一和第二停車場，廣闊的「陽光廣場」佔地四公頃，很多與社區合辦的活動，都在「陽光廣場」舉行，例如近期的「八里竹石藝術節」，即在「陽光廣場」熱鬧登場。

館舍內部根據博物館營運的需求，在一樓規劃了辦公室、志工室、教室、賣店、服務台、餐廳、學習體驗室、演講廳、第三特展室、寄物櫃、和廁所等空間，其中辦公室緊鄰賣店和教室，分布在入口右方；學習體驗室和演講廳等教育活動空間，則安置在入口左側。二樓主要是展示區與典藏區，包含第一特展廳、常設展廳、第二特展走廊、考古探坑、典藏區等空間。

根據孫德鴻建築師的說法，他在設計階段並無法取得館方的展示計劃，因此，常設展示只能先決定建築的形式才考慮展出，但深具創意的船型展示櫃，卻因其不規則外形與又大又深的空間，造成展出文物受限制，連帶使得教育功能大打折扣，甚為可惜。

孫德鴻建築師以酷炫新奇的當代建築語彙，傳達出歷史久遠的考古文化意象，設計出一座全球在地化的博物館建築，十三行博物館儼然成為淡水河左岸的新地標。然而，建築師在建築物設計之時，館方若能提供相關營運規劃書，讓建築師充分了解展示的內容與需求，並配合其主題來設計其硬體空間，如此形隨功能而生、由內而外設計的館舍，或許更能真正符合博物館的營運需求吧!