洪仲丘案的發生令整個社會躁動不安，也牽動了全國父母的心，擔心孩子在軍中是否受到公平、合理的對待。軍檢調查過程中，許多疑為不透明、不合理，甚或欺瞞迫害情事，令國人對於軍法審判的信心跌入谷底。社會大眾希望將洪案由軍法審判轉交至普通司法審判，必使全案水落石出，還給洪家公道以及廓清社會大眾的疑慮。為此，在第2次臨時會特別針對此事件召開司法及法制與外交及國防委員會聯席會議，針對軍事審判法之隸屬進行研議。

　　碧涵認為，整體社會對國軍的期待，是長官要照顧下屬，要對待士兵如同手足與同袍。要求可嚴格，訓練要合理，社會大眾要的是優質的國軍制度、結構與文化。對於洪家的訴求：保全證據、要第三方公正單位參與司法調查與軍中人權之改革，碧涵認為這些要求相當合理，不僅如此，國防部有義務要求盡速找出真相，勿枉勿縱。更希望國防部應該加快腳步提出之人權改革方案。

        對於此次國防部提出提高親教、親考、親監之層級一事，碧涵認為實有不妥。洪案的問題在於未落實分層管理、依權責行事，而非層級節制監督問題。

　　洪仲丘案的發生，突顯管、考、訓、用等機制的缺失。少數軍人造成這種惡質的案例，以深涉刑事責任、破壞軍譽，莫此為甚。軍中各領導階層在深切反省、引為戒鑑，喚醒軍中手足之情、袍澤之愛、凝聚向心力，更為當務之急。至於軍事審判法的修正與存廢，應與時俱進，應做整體考量，要有周延且嚴謹的配套措施。