蔡英文得票百分之四十五點六三、六百零九萬三五七八票。她在國際記者會上承認敗選，並宣布請辭民進黨主席。宋楚瑜得票百分之二點七七、卅六萬九五八八票。

這次總統選舉異常激烈，選戰後期「九二共識」成為雙英主戰場，雖然面臨泛藍分裂的嚴酷考驗，但馬英九仍勝出，等於九二共識的「公投」過關。

與蔡英文拉出較預期更佳的八十萬票差距，馬英九說，台灣人民已給他清楚訊息和明確使命，「要我繼續朝清廉繁榮與和平的台灣路線繼續走下去，完成創造台灣新歷史的任務」。

馬英九表示，競選過程中，蔡英文和宋楚瑜對他提出很多批評與建議，「他們的意見都非常寶貴，我感謝他們，也會慎重評估研究，只要是對台灣人民有利的，我一定會採納」；他承諾連任後至少每半年會邀請在野黨領袖共商國是，找出對台灣人民有利的政策。

對兩岸關係，馬英九說，「不急著討論政治問題，現在時機沒成熟」；兩岸關係依目前速度發展是最好的，對兩岸人民、區域穩定與世界和平都有幫助，「不必忙著立刻開啟政治性協商，此時也不一定是最好選擇」。

蔡英文請辭黨主席案將由民進黨中常會通過，並遴選代理黨主席，基層則將發動慰留蔡英文。

媒體詢問，選舉結果是否代表台灣人民支持馬總統的兩岸政策？蔡英文說，她還是認為台灣必須要有國內共識，不然兩岸問題會持續變成台灣社會分裂或對立的主要來源。