在組織架構上，直轄市、縣市選委會主委人選，中央選委會是有指派的權利，但在尊重地方自治的前提下，中央要不要強力干預地方選委會委員人事、干預之後會帶來中央與地方權責衝突的嚴重性，才是問題所在。
選舉罷免法第八條明指中央選舉委員會隸屬行政院；直轄市、縣（市）選舉委員會隸屬中選會，各置委員若干人，由中選會提請行政院院長派充之，並指定一人為主任委員。直轄市和縣市選委會相關組織規程也都有此規定，中選會用這條法令強力干預地方選委會主委或其他委員人選，自有理由站得住腳。
但地方選委會的主委不是縣、市首長兼任，就是副縣長、市長或祕書長擔任，選委會總幹事由民政局長或副局長出任。這種組合，完全從順利推動地方選務著眼，因為選舉期間，各投開票所選務人員、治安維護、場地租借，有地方政府首長統籌，推動起來事半功倍，命令可直接下達。
行政院若要撤換主張兩階段領投的縣市選委會主委，等於得撤銷縣市正、副縣市長或幕僚長的委員資格。換主委或許容易，換掉縣市主政官員，要找什麼人才能取代？何況選委會委員多是無給職的地方人士，是縣市長找來的人選，換了主委，對採合議制的選委會其實沒有多大作用。
行政院或可指揮中選會把不聽話的地方選委會委員統統換掉，不過選委會委員是任期制，今年六月到八月間新委員才陸續聘定，用「不遵守中央選委會一階段領投的決議」當做換大部分委員的理由，情理法都說不過去。何況泛藍執政十八縣市一輪換下來，沒有兩百人的種子部隊，還玩不起這種「新手上路」的遊戲，更重要的是，中央一手操控全台半數以上地方的選務，一旦出了事，閣揆以下介入選務的高官要員可有作「歷史罪人」的準備？
