對於董卓部曲，王允與呂布最初的結論是由皇帝下赦令，將一切歸零。但王允隨後反悔，反悔不是因為起了殺意，而是他認為：「這些人只是遵從主子的命令，本來就無罪，今天對他們下達赦令，等於是先在他們頭上安上罪名，再赦免，這只會讓他們起疑，不是安定人心的方法。」

    莎士比亞說：「赦與不赦，此誠為人生之難題。」(我亂掰的)，正是此時王允的寫照。事實上，王允確實沒有加害於董卓部下的記錄，例如胡軫與徐榮兩位主要的董家軍將領，在董卓死後均歸順新朝廷，王允不喜歡他們，但也沒為難他們。

    不過不加刑罰是一回事，要如何處置這十幾萬的軍隊又是另一回事。董家軍人數眾多、火力強大，有人便建議：「涼州軍素來害怕關東軍，若將他們驟然解散，必定人人自危；最好還是請出皇甫嵩這塊神主牌，讓他統領涼州軍，繼續駐紮陜縣，朝廷再和關東軍好好談，看之後怎麼處理。」

    王允搖頭說：「關東聯盟都是自己人，今天讓涼州人拒守陜縣，固然安定了涼州軍心，卻惹來關東人懷疑，行不通啊！」

    從先前袁紹企圖另立新帝的行為看來，即便董卓已死，袁紹仍不一定認同這個長安朝廷；王允認知到雙方關係的脆弱，因此在董卓死後第一時間便派使者張種宣撫關東，也不想在董家軍和關東軍之間玩恐怖平衡的遊戲。最終所有董家軍安置方案都被否決，只留下最簡單粗暴的甲案：下達裁軍令，所有董家軍立刻放下兵器，就地解散。

    王司徒要處置的最後一群人，也是最渣的那群，就是阿附董卓的士大夫，這其中最邪惡最該死的，自然是董卓在世時最嗆紅的蔡邕。當時許多大臣都為蔡邕求情，蔡邕也上書自我批判，希望能帶刑完成漢史，但鐵血王司徒不為所動，蔡邕早流亡多年，沒死，一代天才遂被殺害。這事對王允名聲造成很大的傷害。

    柏陽認為，王允之所以一定要殺蔡邕，是擔心蔡邕記下他諂媚董卓的醜態，我不反對這種看法。不過我會認為，王允和蔡邕是董卓最信任的兩名士大夫，蔡邕行逕還要更張揚些，在那個困難的時刻，在長安的蔡邕宅邸可是經常「車騎填巷，賓客盈坐」，因此要論媚董醜態，蔡邕未必能好看到哪去。我覺得，以王允嫉惡如仇的個性，想到之前自己折節附董的樣子，恐怕是難堪到搥心肝的，他殺蔡邕，大概就是為了殺掉那個過去的自己吧。

    除了蔡邕外，「諸阿附卓者皆下獄死」，具體受刑人名單不清楚，只知道還有一位名叫「丁彥思」的名士因附董而遭處決，但不知此丁公為何人就是了。

    簡言之，王允處理董卓餘黨的原則是「捉大放小」，董卓親屬滅族，附董士人處死，至於廣大涼州軍團則不加刑責，只是解除武裝。這樣的原則其實不能說錯，但王允顯然只有原則，缺乏具體落實步驟，更沒有進行政策溝通。史載，董卓死後，王允變得極為剛愎自用，凡事只講政治正確，不顧現實考量，開會時不給同僚好臉色看，對於刺董搭檔呂布，王允更是露出名流嘴臉，視呂布為「劍客」之流，不與之談論正事。

    於是，王允對涼州軍團的「不加刑罰」的善意完全沒有傳達出去；反之，當時關中百姓對涼州軍團普遍抱有敵意，輿論盛傳「當悉誅涼州人」，而駐在關中一帶的涼州軍團對此報持警覺，結果就是雙方敵意越來越濃，裁軍令不行，擁兵者更加自守。

    當然，真正的問題還是在東方的陜縣。(77)