此篇文章中提到以物質流（Material Flow）去查帳是一解決之道，過去食品安全問題發生時習於利用追溯來發現源頭，然追溯只能看出食安問題是發生在原料、加工、包裝哪一段的作業發生問題，這是在發現已經標準化的作業流程中所發生的例外狀況，然當食安問題根本問題在於由廠商自我決定使用不當的物料、作業方式、混合比例，此時利用追溯並無法面面俱到。而所謂物質流的基本概念，是利用物質投入=輸出+累積+排放，抓出所投入的物質是否有不當使用於輸出或排放。

過往物質流大部分是應用在工廠汙染排放管理，近年則有往能源管理方面應用的趨勢。回歸正題，物質流的分析與應用於食品安全未來是屬於專業人員的領域，這邊舉例做簡易的說明。如果每一百cc的黑豆醬油原汁投入醬油製程合理規範下應產出85cc的醬油？而在生產過程中所發生15cc的損耗、逸散、流失是發生在那些製程？合理的比例是多少？合理的比例在那些製程條件穩定下能保持？廠商本有義務保持合理的製程條件，因為這會和產品的品質、成本、以及生產出來的食品是否安全有關。而廠商所有的黑豆醬油原汁若用在所有黑豆醬油產品的個別產品生產批次中不在85%上下一個界限內，就可合理懷疑其中存有問題：而問題有可能是添加了其他添加物或者是利用成本更低的原料取代黑豆原汁。而廠商所提供的背景資料是否真實，應不定期隨機抽樣廠商到製造現場，實地對製造流程進行了解。

這裡討論另一個問題，為何不簡化只稽查所有黑豆醬油產品醬油原汁的合理使用比例，原因是若不以個別產品的每一生產批次來稽查，將可能發生有問題的產品，其使用比例因被平均化，而導致問題無法被發現。

再來討論廠商所採購的食品添加物原料：銷售食品添加物原料的廠商所銷售給個別食品廠商的數量，應該要等於每種產品的食品添加物使用數量+庫存數量+轉售同業數量+產品生產過程中合理的損耗，而每種產品的食品添加物使用數量會等於已經出貨的產品使用數量+仍在生產中的產品使用數量。理論上利用物質流管控，能稽查是否有不當使用問題原料，然實務上這些過程龐大的資料管控與分析作業所需要使用的IT投資與專業人力恐怕所費不貲，如果把對廠商的罰款轉而作為在輔導、稽查、與試驗食品安全的相關環節上所需的經費上，是否會對提升食品安全具體作為帶來正面的效益，是一個值得思考的問題。