--98年01月07日，陳水扁不服羈押提出抗告，高院裁定抗告駁回。

--98年01月16日，陳水扁認為換法官，法律有違憲疑義，提出釋憲申請。

--98年01月19日，扁案展開一審審理，14名被告中，9名當庭認罪，1名重病暫緩審理，僅陳水扁、馬永成、林德訓未認罪，吳淑珍認罪一半。

--98年01月20日，陳水扁提出抗告，要求蔡守訓合議庭法官迴避，高院裁定抗告駁回。

--98年01月23日，黃芳彥主動以電話告知藏放處所查扣吳淑珍寄放之珠寶、鑽錶共八十餘件。鑑價後，裸鑽部分共有11顆，其重量2克拉者6顆、3克拉者2 顆、4克拉者1顆、5克拉者2顆，共約四千七百餘萬元，其餘五十八項珠寶經專家鑑定，共值五千五百餘萬元，合計一億餘元。另六項手表需另行鑑定。

--98年02月11日，監察院以高檢署未能充實所屬特偵組檢察官人力、未能落實督導嚴守偵查秘密及對朱朝亮、吳文忠檢察官未能適時調整偵辦工作對該署提案糾正。

--98年02月16日，最高法院第三次發回更裁，針對陳水扁要求返還扣押物之抗告，高院裁定發回台北地院重新更裁。

--98年02月20日，高院二度駁回陳水扁對聲請蔡守訓等法官迴避之抗告。

--98年02月23日，扁辦斷章取義指控檢察官偵訊陳鎮慧、李界木過程不當。

--98年02月24日，陳水扁指控越方如要求他特赦余文。

--98年02月27日，陳水扁不服台北地院駁回其聲請撤銷羈押，提出抗告，高院裁定，發回台北地院重新裁定。

--98年03月03日，陳水扁聲請移轉管轄權，高院裁定駁回。

--98年03月03日，黃芳彥以被告身分簽請分偵案依法偵辦。18日發布通緝。24日註銷護照。

--98年03月03日，陳水扁延押兩個月(3/26~5/25)。

--98年03月05日，陳水扁不服台北地院駁回其聲請｢停止羈押｣，提出抗告遭高院駁回。

--98年03月13日，陳水扁不服台北地院駁回其聲請｢撤銷羈押｣，提出抗告遭高院駁回。

--98年03月13日，陳水扁不服台北地院延長其羈押之裁定，提出抗告遭高院駁回。

--98年05月05日，特偵組追加起訴陳水扁、吳淑珍收受前中信金控副董事長辜仲諒、前台北101董事長陳敏薰給款，涉嫌收賄。併入扁四大案一起審理。

--98年05月11日，陳水扁續押兩個月(5/26~7/25)。

--98年05月21日，陳水扁解除律師委任並捨棄所有證人傳訊與詰問。台北地院諭知公設辯護人為扁辯護。 

--98年05月22日，陳水扁不服台北地院對其二次延押及駁回其聲請撤銷羈押之裁定，提起抗告，高院裁定駁回。

--98年06月03日，特偵組簽發北檢吳淑珍、陳幸妤、陳致中、趙建銘、陳敏薰偽證罪。

--98年07月13日，陳水扁三度延押兩個月(7/26~9/25)。

--98年07月17日，北檢起訴吳淑珍教唆偽證罪，陳幸妤、趙建銘、陳致中、陳敏薰偽證罪。

--98年07月21日，陳水扁不服台北地院對其第三度延押之裁定，提起抗告，高院裁定駁回。

--98年07月21日，公設辯護人幫陳水扁提出停止羈押之抗告，高院駁回抗告。

--98年08月13日，偽證罪一審審理，扁家4人當庭認罪。

--98年09月01日，偽證罪一審宣判，吳淑珍一年，扁家二代各六個月，陳敏薰一年六個月有期徒刑。

--98年09月11日，扁案首波4大案與追加起訴部分，台北地院一審宣判，依貪污、洗錢等罪，判陳水扁、吳淑珍無期徒刑，褫奪公權終身。 

--98年09月18日，特偵組針對國務機要費等六大案一審判決，提出上訴。

--98年09月22日，特偵組偵結第2波扁案，認定陳水扁、前國安會祕書長邱義仁、前外交部次長高英茂涉嫌侵佔機密外交款，起訴3人貪污。 

--98年09月24日，陳水扁移審台灣高等法院，高院裁定羈押陳水扁三個月(9/24~12/23)。

--98年10月08日，陳水扁提出抗告成功，重開羈押庭，9日凌晨00:15裁定繼續羈押。

--98年10月09日，扁六大案二審開庭，上訴者共12名，除陳水扁、吳淑珍、馬永成、林德訓外，其餘被告維持認罪(蔡銘杰未上訴，蔡美利重病停止審判)。

--98年10月16日，大法官第665號解釋，國務機要費案後案併前案換法官不違憲。

--98年10月21日，機密外交案一審開庭，因事涉機密，採秘密庭，不公開審理。

--98年11月23日，偽證罪案二審開庭，陳敏薰翻供認罪，扁家維持認罪。

--98年11月27日，吳淑珍自行委任律師辯護，原指定公設辯護人依法終止。

--98年12月17日，高院裁定陳水扁繼續延押兩個月(98/12/24~99/2/23)。

--98年12月24日，特偵組偵結第3波扁案，認為陳水扁夫婦於二次金改等案涉及收賄、洗錢，部分企業高層涉嫌協助扁家洗錢，共起訴21名被告。 

--99年01月13日，吳淑珍、陳致中及黃睿靚等不服高檢署所為扣押處分，聲請撤銷，高院裁定「高檢署民國98年10月23日吳淑珍部份所示財產之扣押處分於新台幣肆佰陸拾萬貳仟元範圍內撤銷之。其他聲請(按係吳淑珍其他聲請及陳致中、黃睿靚部份）駁回。」

--99年01月19日，檢察總長陳聰明辭職。26日曾勇夫交接代理。

--99年02月03日，偽證罪二審宣判，吳淑珍、陳幸妤、趙建銘、陳致中、陳敏薰，刑期降低。

--99年02月05日，特偵組對台新金控等11處地點執行搜索，並於同日夜間傳訊台新金控董事長吳東亮等5人。

--99年02月08日，高院裁定陳水扁繼續延押兩個月(99/2/24~99/4/23)。

--99年04月16日，高院裁定陳水扁繼續延押兩個月(99/4/24~99/6/23)。

--99年06月08日，機密外交案，陳水扁一審判無罪。

--99年06月11日，國務機要費等六大案高院二審宣判，扁珍由無期徒刑降為有期徒刑20年。 

--99年06月18日，高院裁定陳水扁繼續延押兩個月(99/6/24~99/8/23)。

--99年06月25日，特偵組針對國務機要費等六大案提出上訴。

--99年07月14日，美國政府向美國紐約南區及維吉尼亞西區的聯邦地方法院提出民事訟訴，要求法院沒收中華民國前總統陳水扁夫婦及子媳以贓款在美國購置的兩處房地產，交給美國政府。紐約市曼哈頓區西廿八街二六一號「ONYX Chelsea」公寓大樓的5B公寓；以及維吉尼亞州凱斯威克Ferndown Lane二二九一號獨棟住宅。

--99年07月19日，被告及特偵組上訴，高院將國務費案等卷證移送至最高法院，併裁定駁回陳水扁之辯護人前聲請具保停止羈押。自同日起執行羈押(99/7/19~99/10/18)。

--99年09月15日，特偵組、保安警察、臺北市刑警大隊等司法警察共二十餘人，前往扁辦館前路舊址、臨沂街新址等二處所執行搜索。查扣疑似陳前總統擔任總統期間公務持有之文件共計58 箱。

--99年09月29日，特偵組收受法務部轉送美國司法部之刑事司法互助請求書，請求我方代為送達以陳致中、黃睿靚、陳潔歆為受送達人，針對維吉尼亞州及紐約州兩處房產之沒收訴訟通知書及對物之訴沒收告訴狀。非將陳潔歆列為刑事被告。

--99年10月07日，高院裁定陳水扁繼續延押兩個月(99/10/19~99/12/18)。

--99年10月11日，特偵組於扁辦扣押機密公文啟封程序完畢後，執行搜索陳水扁看守所舍房。

--99年11月05日，金改洗錢弊案台北地院一審宣判全部無罪。

--99年11月11日，最高法院判決龍潭案及陳敏薰案三審定讞有罪。國務機要費、南港案、洗錢案發回更審。

--99年11月25日，特偵組針對金改洗錢弊案一審判決提出上訴。

--99年11月29日，高檢署特偵組因被告陳水扁等貪污等案件，不服台北地方法院駁回其對被告陳水扁、吳淑珍、陳致中及黃睿靚4人之財產酌量扣押之聲請，提起抗告，高院裁定發回台北地院重新裁定。

--99年12月02日，陳水扁發監執行。從台北土城看守所移往桃園龜山台北監獄。(代號1020)

--99年12月06日，高院裁定陳水扁數罪併罰，合併執行17年6個月，併科罰金新台幣壹億伍仟肆佰萬元，罰金如易服勞役，以罰金總額與陸個月之日數比例折算。

--99年12月13日，高院裁定吳淑珍數罪併罰，合併執行17年6個月，併科罰金新台幣壹億伍仟肆佰萬元，罰金如易服勞役，以罰金總額與陸個月之日數比例折算。

--99年12月15日，吳淑珍、黃睿靚及陳致中等3人聲請撤銷扣押處分案件，高院裁定因聲請逾5日之期限故駁回聲請。

--99年12月15日，高檢署特偵組聲請酌量扣押扁家財產，高院裁定駁回，理由摘要：（1）特偵組以被告陳水扁、吳淑珍2人因另有併科罰金之執行，聲請扣押被告等人之財產，但該罰金之執行與貪污條例、洗錢條例之扣押保全，係以犯罪所得為限之規定不符。（2）同一聲請案，特偵組於俗稱二次金改案時即向一審法院聲請，目前由台北地院更裁中。

--100年01月18日，陳水扁機密外交案二審判決無罪。

--100年02月17日，特偵組針對機密外交弊案二審判決提出上訴。

--100年02月18日，吳淑珍發監到台中監獄培德醫院。台中監獄醫療團隊評估，認為吳淑珍無法自理生活，宣布拒絕收監。將吳淑珍責付給陳致中，限制住居、禁止出境。

--100年04月28日，最高法院判決，陳水扁機密外交案無罪定讞。

--100年05月20日，葉盛茂洩密、隱匿公文罪二審宣判，合併執行6年。

--100年07月29日，陳水扁教唆偽證罪一審判刑2個月。

--100年08月17日，偽證罪三審定讞，吳淑珍判刑九個月，陳致中、趙建銘判刑三個月，陳幸妤緩刑兩年，陳致中解除高雄市議員職權。

--100年08月26日，陳水扁等人國務費案、南港案、洗錢案更一審判決，陳水扁、吳淑珍國務費案判無罪。

--100年08月30日，邱義仁、高英茂機密外交案一審判決無罪。

--100年09月16日，特偵組針對陳水扁等人國務費案、南港案、洗錢案更一審判決提出上訴；針對邱義仁、高英茂機密外交弊案一審判決提出上訴。

(麻煩幫忙看看，有沒有疏漏沒寫上的，感恩)