孔傑榮先是在國際媒體上頻頻發表文章，質疑馬政府侵害陳水扁司法人權。去年12月份，更是親自不請自至地來到臺灣，當面教訓馬英九，質疑陳水扁遭羈押、上手銬的必要性；馬英九則強調，是否要上手銬可以討論，但不應該針對某一個人。1月17日，受美聯社訪問時，他又批評本月9日臺灣法務部門與司法機構合辦的司法節慶祝活動中，有人扮演陳水扁被羈押並高喊“司法迫害、法警打人”的場景。孔傑榮說，陳水扁案件的審訊，越來越像是馬戲團。這不僅是司法機構取笑陳水扁的短劇演出，也包括臺灣法院在釋放陳水扁候審後不久，又將他羈押的判決。 孔傑榮認為，在處理陳水扁案件中反映出，馬英九是在安撫國民黨的激進分子，而不是照顧到臺灣大多數的政治中間路線的民眾。

我們先看看孔傑榮關註陳水扁的邏輯性和正確性。臺灣羈押犯罪嫌疑人和給其上手銬，不是從陳水扁才開始的。孔傑榮如果關註人權，其實在他的另一個學生呂秀蓮當副總統時，就應該發聲，對臺灣人的人權表示自己的關切。如果孔教授對人權是選擇性關註，或者是執行的是中國古代“刑不上大夫”的兩套標準，上手銬在陳水扁這裏是人權，在一般老百姓哪裏就叫制度和法律。相信，在哈佛大學教法律的時候，這種觀點很可能沒有傳授給馬英九，轉到紐約大學教法律時卻充分教授給了另一個學生呂秀蓮。因這他和呂秀蓮的腔調一模一樣，判決陳水扁無保釋放的法官周占春執行的更是徹底。至於孔傑榮關註的檢察官扮演陳水扁上手銬的短劇，怕審判陳水扁成為鬧劇，更是弄錯了因果。因為陳水扁一家人決心要把這整成鬧劇。如吳淑珍可以適時昏倒，17次不出庭，陳水扁監獄絕食卻半夜偷偷吃東西；監獄裏寫情書、作歪詩，除了綁架民眾對抗司法外，也不忘記賺錢等等。而這些，孔傑榮教授不去奇怪陳水扁為什麼沒有總統的高度，卻責怪法官甚至是馬英九，實在是讓人質疑孔傑榮教授的邏輯判斷和所謂關註臺灣司法人權的動機。樹欲靜而風不止，陳水扁一定要做小醜幹擾司法的正常審判，別人能夠有什麼辦法?如果說檢察官模仿陳水扁上手銬是否合適，那孔傑榮教授又是明顯的選擇性關註，因為他從來沒有對親綠媒體上連篇累牘地登載所謂的法官，寫文章甚至是跑到司法院院長哪裏親自要求幹涉個案做過評價。

退一步講，孔傑榮即使關註得正確，但他關註的方式不是探討性的而是指導性的，好像馬英九的老師不是一個教師而是一個比馬英九職務更高的太上皇：你必須聽他的。教師傳道授業解惑也。孔傑榮完全激動得出位，而失去了一個在觀點開放的民主國家的美國大學教授應有的風範，儼然就是另一個李遠哲。但孔傑榮連李遠哲都不如，因為李遠哲是鐘情於臺獨而讓自己的是非判斷發生混淆，其對信念的執著畢竟還有的讓人尊敬之處，就像古代可以暫時逃跑卻不跑，而甘願走上去被皇帝殺頭的愚忠的忠臣。孔傑榮對臺灣司法人權的關註只及於陳水扁一身，而且偏袒得赤裸裸的，只能給人無限的遐想：是因為呂秀蓮是最早當上臺灣的副總統加上是女生，上學時和當副總統後都比較會和已經提前討了孔教授的歡心，讓孔教授聽了呂秀蓮的說話後，而愛屋及烏不自覺的主動替陳水扁說話呢？還是當年孔教授受過獨派甚至陳水扁親自或者是秘密外交經費的資助、溫潤，養兵千日用兵一時而不得不有所表示呢？因為從常理判斷，孔傑榮的知識和常識不應該有這樣的判斷，他忘記了自己的身份僅僅是馬英九的老師而已，他也忘記了自己這樣的關註方式不但不會對臺灣的司法人權有任何促進和幫助，還將對臺灣的社會造成更大的紛擾。顯然，孔傑榮清楚自己是馬英九老師對社會和公眾的影響力，也顯然他沒有僅僅把自己當成是馬英九一個人的老師，他更要做呂秀蓮甚至是陳水扁的老師，他甚至是覺得自己的傾向性和偏頗性都不影響自己作為臺灣民主自由的總教師，他也顯然沒有僅僅把自己當成一個老師，因為一個老師不會那麼急匆匆、赤裸裸地讓自己陷入一個個案之中。老師就是老師，不是太上皇。

針對孔傑榮數次的指責和發難，馬英九的應對基本恰當：即尊重他曾經是自己的老師，而不口出惡言，並適時指出對那種孔教授感到不合適的現象可以討論，如果有共識可以修法改善，而不是用馬英九自己一個人也無法改變法律制度的問題進行無端地質疑。馬英九應對孔傑榮為老不尊（此老除了孔傑榮年齡大之外，也有老師之意），還應該以進為退，對涉及陳水扁案件棘手的問題，向該老多請教：如，陳水扁一家如果都涉案，辦，有抄家滅族之嫌，不辦，無法伸張司法正義，應該如何平衡？（孔杰榮的數學一定不好，因為看過台灣多種民調的人，只要具備小學生的知識和智商就會知道，是孔老師自己，還是他的學生馬英九在滿足、迎合少數人了）。陳水扁一家那麼多錢而能夠不交代錢的來源，又不認罪應該怎麼辦？是不是用自己手中的權力洗錢漂白成功，利用國家機器脫罪就應該放他一馬？老師擔心不擔心我會和陳水扁一樣？如何從制度上防範、偵破和審判？如果有直系血親的、在一起住的人犯罪如何防範串供、律師聘請相關的問題？自己尋求的司法獨立和國家的責任應該如何平衡等。如果給孔教授提出一些課題讓他動腦筋，讓他自己感到被尊重之外，也檢驗他真的是為了學術或者是臺灣的司法人權的進步還是根本就是，已經被同化了陳水扁之流的說客。另外，應對孔傑榮，如果孔傑榮公正和真心愛臺灣，馬英九據理力爭，就像上大學時和老師一起探討觀點一樣，激烈點都沒有關系，但如果孔傑榮一定受他人挾持、影響利用是馬英九的老師的身份，替陳水扁脫罪、粉飾，馬英九還真不大方便親自應對：你不聽孔老師的，外界不但說你不夠民主，還落個頂撞師長、不尊師重道，而回應得輕了，則給臺灣的司法和社會造成更大的困擾。所以此時，國民黨陣營和媒體應該發出更明確的聲音，而馬英九如果不能夠把問題回答得透徹、完整就什麼也別說，否則，像以前那樣，順著孔傑榮的口氣，軟趴趴地說，要註意人權了什麼的，好像目前，馬英九自己的治下正在侵害人權一樣，只能給不了解事情的全貌或者是別有用心者更多的解讀和利用的空間。