歷史事件的意義通常要經過一段時間之後才會清楚，有時甚至要經過數年、十數年甚至數十年，或者更久。此次兩岸兩會協商首度在台北舉行，其歷史意義自然也不是現在或稍後幾週就可以蓋棺論定的。歡迎此次北京海協會會長陳雲林正式應邀來台的，著眼於其伴隨的經濟效益；不歡迎的，宣稱其伴隨的政治效應將不利於台灣的事實上獨立地位。此次雙方協議究竟有多少經濟效益，獲利的是哪些工商業者或者一般民眾，有待協議生效與相關措施實施後檢證。至於對於台灣的政治地位是否折損，到可以先從協議文本一窺蛛絲馬跡。

    此次兩岸簽署的協議文本有四項，其中三項是在原定的議程內，儘管有國際法學專家認為這些協議文本具有國際法中條約的效力，不過協議中議定的「聯繫主體」都是「白手套」，就是以民間團體形式成立海基、海協兩會，或者其他民間同業組織，如處理空運協議的台北市航空運輸商業同業公會和海峽兩岸航空運輸交流委員會，處理海運協議的台灣海峽兩岸航運協會和海峽兩岸航運交流協會，只有郵政合作協議例外在雙方成立的民間郵政團體外，將具體郵政業務的聯繫工作，同意由雙方的郵件處理中心執行。由於台灣的郵政業務已經由行政機關改制為國營公司，而迴避了雙方行政機關直接聯繫的問題，而維持了某種「民間協議」的模糊性。

    因此，因為三聚氰胺污染事件而臨時加入卻最快生效的食品安全協議，卻有一個輿論相對不太重視的「突破」。在食品安全協議文本裡，雙方同意的「聯繫主體」是雙方食品安全等「業務主管部門」指定的「聯絡人」，並且同意要建立兩岸（食品安全等）「業務主管部門」專家定期會商與互訪制度（當然協議文本裡的「業務主管部門」是沒有加引號的）。雖然，協議也預留了未來回歸由雙方同意指定其他單位擔任聯繫主體的空間。不過，把雙方的「業務主管部門」正式寫入協議文本，也許是迫於形勢的不得不然，但顯然是打開兩岸「漢賊不兩立」的僵局的一個好的開始。

    如果再加上，以海協會會長身分來台的陳雲林，淡然地在公開場合「接受」我方人員在其面前提及或稱呼「馬總統」、「陸委會賴主委」等中央政府官銜，那麼許多呼籲執政的國民黨和在野的民進黨都要因應兩岸關係新形勢的聲音，就不僅僅是書生論政了。