康熙帝崇尚儒學，曾親臨山東曲阜拜謁孔廟。他又重用熊賜履、李光地等理學名臣，奉程朱理學為正宗。在位期間集結精英，編纂多部圖書，包括：

1.《康熙字典》

康熙五十五年 (1716 年) 成書，記錄了漢字的點畫寫法、音讀和義訓，乃東漢《說文解字》後字書的集大成者。由文華殿大學士兼戶部尚書張玉書及經筵講官、文淵閣大學士兼吏部尚書陳廷敬主編，參考明代《字彙》、《正字通》兩書，歷六年而成。

2.《古今圖書集成》

福建人陳夢雷編。內容涵蓋曆象、方輿、明論、博物、理學、經濟等，「凡在六合之內，鉅細畢舉，其在十三經，二十一史者，隻字不遺。其在稗史子集者，亦只刪一二」(＜進彙編啟＞)。

3.《數理精蘊》

由陳厚耀、何國宗、明安圖等人編纂，融中西算學於一爐。上編五卷，下編四十卷。上編名為立綱明體，內容為《幾何原本》和《演算法原本》。下編名為分條致用，包羅算術、代數、幾何、三角等初等數學的多方面材料。

為了與翰林學士研討學問，康熙帝下旨在乾清宮西南角特闢房舍，名南書房。入值南書房者，除了陪皇帝作詩寫字，還要擬寫諭旨、發佈命令。張英、高士奇皆任過「南書房行走」。

康熙帝唯一的污點是《南山集》案。

戴名世 (南山先生) 是「桐城派」的奠基人之一，康熙二十五年 (1686 年) 由貢生入京師國子監，太學諸生稱其為「狂士」。四十八年 (1709 年) 己丑科殿試，與趙熊詔爭魁，熊詔取狀元，名世榜眼。二人因此有嫌隙。

戴名世有《南山集》傳世，書中引用不少方孝標的《滇黔紀聞》，全祖望曰：

桐城方孝標，入滇受吳三桂偽翰林之職。吳敗，孝標丸迎降，得免死。因著《鈍齋文集·滇黔紀聞》，極多悖逆語，戴名世見而喜之，所著《南山集》多採錄孝標所紀事。尤雲鴉、方正學等為之捐資刊行。」(＜江浙兩大獄記＞)

宗人方孝標者，故翰林，失職游滇中，陷賊而歸，怨望，語多不遜，里人戴名世《日記》多采其言。(＜前侍郎桐城方公神道碑銘＞)

加上《滇黔紀聞》對南明寄以同情，使用永曆年號。趙熊詔之父趙申喬趁此良機，五十年 (1711 年) 參奏：

翰林院編修戴名世，妄竊文名，恃才放蕩。前為諸生時，私刻文集，肆口游談，倒置是非，語多狂悖，逞一時之私見，為不經之亂道…… (《東華錄》)

戴名世卒之被處斬。

康熙帝不久以牽連太廣，改原定處死者為流放，三百餘人得以保命。

雍正帝登基，認為《南山集》「雖皆非臣子之所宜言，實無悖逆之語，當時刑部復旨，亦未謂此外更有違礙之詞，故亦以為冤。」下特詔：「凡此案牽連隸旗籍者，盡得釋歸。」《南山集》案才告一段落。

後世方苞、姚鼐等祖述「桐城派」淵源時，均不敢向人提及戴名世與方孝標，以其身陷逆案故。