馮錫範等發動「東寧政變」，擁立鄭克塽繼位。克塽乃鄭經次子，錫範女婿。正當明鄭政權內部混亂不堪，康熙帝已接納李光地建議，起用施琅，密謀平台。

施琅，福建泉州人，鄭芝龍頭號猛將，順治三年 (1646 年) 隨鄭芝龍降清。未幾叛清投入鄭成功陣營，成為其得力助手。因與鄭成功手下不和，鄭成功下令誅殺施琅全家，施琅逃走，父親、兄弟被殺。施琅後來再次降清，先後擔任副將、總兵，協助清朝對付鄭軍。

明鄭政權矛盾不斷，李光地覺得攻台時機成熟，推薦施琅給康熙帝。康熙帝授施琅福建水師提督，加太子少保銜，命其部署攻討明鄭政權，作好準備。康熙二十一年 (1682 年)，康熙帝力排眾議，堅決攻台。施琅初受福建總督姚啟聖節制，及後康熙帝改以施琅負責前線作戰，姚啟聖負責後勤，施琅正式取得清朝水師統帥權。

姚啟聖軍權旁落後，轉與明鄭政權談判，但施琅戰意堅決，談判破裂，澎湖海戰卒之爆發。

明鄭政權自清朝實施海禁，貿易受損，糧食補給出現問題。其對老百姓橫徵暴斂，以補軍餉之不足，但始終未能令軍隊滿意。對外受清兵威脅，對內有財困及軍隊叛變危機，明鄭政權在戰前其實已經岌岌可危。

康熙二十二年 (1683 年) 六月，施琅進攻澎湖娘媽宮，受挫，返回八罩島。不久，他取虎井嶼、桶盤嶼，並決定把艦隊分三路發動總攻。鄭軍潰敗，殘部退回台灣。七月，施琅率軍登陸台灣，鄭克塽受劉國軒等「主和派」慫恿 (馮錫範為「再戰派」，主出兵打呂宋)，選擇投降清朝，剃髮易服，明鄭政權滅亡。

鄭克塽投降後，清廷就是否將台灣納入版圖起爭議，經施琅上《恭陳台灣棄留疏》解釋，康熙帝明白台灣具有重要戰略地位，遂派兵屯戍鎮守、設府管理。施琅因功授靖海將軍，封「靖海侯」。

施琅一度奉命管治台灣，康熙三十五年 (1696 年) 逝世，享年七十五歲。

施琅有兩子。長子施世綸，任漕運總督，清朝中晚期的公案小說《施公案》，主角施公即施世綸。次子施世驃，曾領兵到台灣平定朱一貴起事。

連橫《台灣通史》：

伏讀康熙三十九年聖祖仁皇帝詔曰：「朱成功係明室遺臣，非朕之亂臣賊子，敕遣官護送成功及子經兩柩歸葬南安，置守塚，建祠祀之。」

康熙帝都算仁厚！

鄭克塽至北京，仍獲清朝分封，其弟、子皆擔任過佐領。康熙四十六年 (1707 年)，鄭克塽薨於北京，年僅三十七歲。

鄭成功征台前，發表文告：

本藩矢志恢復，切念中興，恐孤島之難居，故冒波濤，欲闢不服之區，暫寄軍旅，養晦待時，非為貪戀海外，茍延安樂。

錢海岳《南明史》、謝國楨《南明史略》因此視明鄭政權為南明的延續。

不過，顧誠《南明史》則認為，明鄭政權自鄭成功去世以後，便不再屬於南明。觀乎鄭經詩作，＜滿酋使來，有不登岸、不易服之說，憤而賦之＞：

王氣中原盡，衣冠海外留。

雄圖終未已，日夕整戈矛。

＜悲中原未復＞：

胡虜腥塵遍九州，忠臣義士懷悲愁。

既無博浪子房擊，須效中流祖逖舟。

故國山河盡變色，舊京宮闕化成丘。

復仇雪恥知何日，不斬樓蘭誓不休！

充滿華夷之辨、力圖恢復的意識，顧氏之說不盡準確。